Wiki - Факультет компьютерных наук - Вклад [ru]

Майнор Биоинформатика 2 год 2026/27

2026-09-16T08:27:37Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

= Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 03.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/1tKeHKAbqT00mxJ4j_jIJTKfvwwXdIz-s/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]

|-
| 2
|| 10.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-

Майнор Биоинформатика 1 год 2026/27

2026-09-08T11:03:14Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
TBD

'''Условия автомата'''

TBD

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||

|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.
|-
|}

Майнор Биоинформатика 2 год 2026/27

2026-09-03T09:39:57Z

Dkonovalov: Новая страница: «= Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования == === Формула расчет оценки === Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''д...»

Майнор Биоинформатика 1 год 2026/27

2026-09-01T11:44:00Z

Dkonovalov: Новая страница: «=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''== <nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гом...»

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
TBD

'''Условия автомата'''

TBD

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код.
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.
|}

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-05-26T23:52:39Z

Dkonovalov: /* Домашние задания */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
| 10 || Сравнительная геномика человека и шимпанзе. [https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]
||
Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. [https://docs.google.com/document/d/1-OQFDunK7SCPW46D_BmTmfaybroSYNYEDsDkVJjwrrI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 11 || Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца.
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]
||
Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК.
[https://docs.google.com/document/d/12KtCRdDVwIqZv8KMnuThKg6ZqguTt-J-/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные] [https://colab.research.google.com/drive/1d6g2J-V7i7oKJmr7nq8kaQUa6tIH4YPT?usp=sharing тетрадка]
|-

| 17 || Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК
[https://drive.google.com/file/d/1c0Mii0ai9-PZvBAqiDbz3mND-g5IlV6t/view?usp=sharing презентация]
||
Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля
[https://docs.google.com/document/d/13uKxLtqvZXWvLLZuqJb2C---acHqBFBM_unhTWAKiy8/edit?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1LUgfKpmwiTnoLIIawkNMVNsklTQD5j0g?usp=sharing Блокнот]
|-
| 18 || Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК.
[https://drive.google.com/file/d/1NwKPxNYRo1Shl1skn0oSbXXSazf0G0V-/view?usp=sharing презентация]
||
Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam.
[https://docs.google.com/document/d/1SCYn3obPjqTq3K8WgbPLGkaGlA0nzJCc0kBOEe3CFRQ/edit?usp=sharing содержание]
|
|-
| 19 || Введение в метагеномику. Основные методы секвенирования.
[https://drive.google.com/file/d/1mYrpGclNRWD5LtxDOlItJgppArleED24/view?usp=sharing презентация]
||
Введение в R.
|-
| 20 || Метагеномика. Альфа-, бета- и гамма- разнообразие.
[https://drive.google.com/file/d/1zuL9qk32JFwaGgGUqDtAGDJHJl7yJEnE/view?usp=sharing презентация]
||
Обработка данных [https://drive.google.com/file/d/1vhBsoxHfJuYuGGuRmj-X-Qgn7HZFFQRE/view?usp=sharing код]
|-
|}

=== Домашние задания ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing Текст ДЗ 1]

[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing Текст ДЗ 2]

[https://docs.google.com/document/d/1OrHg0MMfRKXL-hMuU2vZC7L-IUSlEKroNPw3lG_E5gE/edit?usp=sharing Текст ДЗ 3]

[https://docs.google.com/document/d/1IojZdqJYGGVzanzwzZGgCcMEpLQWIpoDneqJWl8yCX0/edit?usp=sharing Текст ДЗ 4]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-05-26T09:54:23Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
| 10 || Сравнительная геномика человека и шимпанзе. [https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]
||
Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. [https://docs.google.com/document/d/1-OQFDunK7SCPW46D_BmTmfaybroSYNYEDsDkVJjwrrI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 11 || Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца.
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]
||
Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК.
[https://docs.google.com/document/d/12KtCRdDVwIqZv8KMnuThKg6ZqguTt-J-/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные] [https://colab.research.google.com/drive/1d6g2J-V7i7oKJmr7nq8kaQUa6tIH4YPT?usp=sharing тетрадка]
|-

| 17 || Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК
[https://drive.google.com/file/d/1c0Mii0ai9-PZvBAqiDbz3mND-g5IlV6t/view?usp=sharing презентация]
||
Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля
[https://docs.google.com/document/d/13uKxLtqvZXWvLLZuqJb2C---acHqBFBM_unhTWAKiy8/edit?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1LUgfKpmwiTnoLIIawkNMVNsklTQD5j0g?usp=sharing Блокнот]
|-
| 18 || Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК.
[https://drive.google.com/file/d/1NwKPxNYRo1Shl1skn0oSbXXSazf0G0V-/view?usp=sharing презентация]
||
Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam.
[https://docs.google.com/document/d/1SCYn3obPjqTq3K8WgbPLGkaGlA0nzJCc0kBOEe3CFRQ/edit?usp=sharing содержание]
|
|-
| 19 || Введение в метагеномику. Основные методы секвенирования.
[https://drive.google.com/file/d/1mYrpGclNRWD5LtxDOlItJgppArleED24/view?usp=sharing презентация]
||
Введение в R.
|-
| 20 || Метагеномика. Альфа-, бета- и гамма- разнообразие.
[https://drive.google.com/file/d/1zuL9qk32JFwaGgGUqDtAGDJHJl7yJEnE/view?usp=sharing презентация]
||
Обработка данных [https://drive.google.com/file/d/1vhBsoxHfJuYuGGuRmj-X-Qgn7HZFFQRE/view?usp=sharing код]
|-
|}

=== Домашние задания ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing Текст ДЗ 1]

[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing Текст ДЗ 2]

[https://docs.google.com/document/d/1OrHg0MMfRKXL-hMuU2vZC7L-IUSlEKroNPw3lG_E5gE/edit?usp=sharing Текст ДЗ 3]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-05-20T18:45:05Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
| 8
|| 12.03
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Знакомство с Encode.
|-
| 9
|| 19.03
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Модификации гистонов
|-

| 10
|| 02.04
||
Доступность хроматина ATAC-seq [https://docs.google.com/presentation/d/14dSAplW1GagGivLffZIwwmI_Q6fLVksX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
| 11
|| 16.04
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/1bSrhcY8aKIYZWiHLTpBIUh74NtnFQZLg/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 23.04
||
3-dimensional genome [https://docs.google.com/presentation/d/1lMWd_4UpTBfWjrprgEY4krbwCmHB-KRu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Работа с данными HiC [https://colab.research.google.com/drive/1CKbmnzVapuBoXxkFTrqrfS-qFP8h1hyU?usp=sharing тетрадка]
|-
| 13
|| 30.04
||
3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/1BaWkYfWFGTuYcGahDBtsxFvXrfuxNoCV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Cooltools. Cooler
|-
| 14
|| 14.05
|| Секвенирование отдельных клеток в эпигеномике. Мультиомика. [https://docs.google.com/presentation/d/12Ax-fB7VLmU-sI4O6sYV2yHgCCFydft0/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
|| Проект (введение)
|-

|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-05-19T14:43:06Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
| 10 || Сравнительная геномика человека и шимпанзе. [https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]
||
Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. [https://docs.google.com/document/d/1-OQFDunK7SCPW46D_BmTmfaybroSYNYEDsDkVJjwrrI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 11 || Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца.
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]
||
Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК.
[https://docs.google.com/document/d/12KtCRdDVwIqZv8KMnuThKg6ZqguTt-J-/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные] [https://colab.research.google.com/drive/1d6g2J-V7i7oKJmr7nq8kaQUa6tIH4YPT?usp=sharing тетрадка]
|-

| 17 || Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК
[https://drive.google.com/file/d/1c0Mii0ai9-PZvBAqiDbz3mND-g5IlV6t/view?usp=sharing презентация]
||
Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля
[https://docs.google.com/document/d/13uKxLtqvZXWvLLZuqJb2C---acHqBFBM_unhTWAKiy8/edit?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1LUgfKpmwiTnoLIIawkNMVNsklTQD5j0g?usp=sharing Блокнот]
|-
| 18 || Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК.
[https://drive.google.com/file/d/1NwKPxNYRo1Shl1skn0oSbXXSazf0G0V-/view?usp=sharing презентация]
||
Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam.
[https://docs.google.com/document/d/1SCYn3obPjqTq3K8WgbPLGkaGlA0nzJCc0kBOEe3CFRQ/edit?usp=sharing содержание]
|
|-
| 19 || Введение в метагеномику. Основные методы секвенирования.
[https://drive.google.com/file/d/1mYrpGclNRWD5LtxDOlItJgppArleED24/view?usp=sharing презентация]
||
Введение в R.
|-
|}

=== Домашние задания ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing Текст ДЗ 1]

[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing Текст ДЗ 2]

[https://docs.google.com/document/d/1OrHg0MMfRKXL-hMuU2vZC7L-IUSlEKroNPw3lG_E5gE/edit?usp=sharing Текст ДЗ 3]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-05-14T08:46:52Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
| 8
|| 12.03
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Знакомство с Encode.
|-
| 9
|| 19.03
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Модификации гистонов
|-

| 10
|| 02.04
||
Доступность хроматина ATAC-seq [https://docs.google.com/presentation/d/14dSAplW1GagGivLffZIwwmI_Q6fLVksX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
| 11
|| 16.04
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/1bSrhcY8aKIYZWiHLTpBIUh74NtnFQZLg/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 23.04
||
3-dimensional genome [https://docs.google.com/presentation/d/1lMWd_4UpTBfWjrprgEY4krbwCmHB-KRu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Работа с данными HiC [https://colab.research.google.com/drive/1CKbmnzVapuBoXxkFTrqrfS-qFP8h1hyU?usp=sharing тетрадка]
|-
| 13
|| 30.04
||
3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/1BaWkYfWFGTuYcGahDBtsxFvXrfuxNoCV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Cooltools. Cooler
|-

|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-05-14T08:46:31Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
| 8
|| 12.03
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Знакомство с Encode.
|-
| 9
|| 19.03
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Модификации гистонов
|-

| 10
|| 02.04
||
Доступность хроматина ATAC-seq [https://docs.google.com/presentation/d/14dSAplW1GagGivLffZIwwmI_Q6fLVksX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
| 11
|| 16.04
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/1bSrhcY8aKIYZWiHLTpBIUh74NtnFQZLg/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 23.04
||
3-dimensional genome [https://docs.google.com/presentation/d/1lMWd_4UpTBfWjrprgEY4krbwCmHB-KRu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Работа с данными HiC [https://colab.research.google.com/drive/1CKbmnzVapuBoXxkFTrqrfS-qFP8h1hyU?usp=sharing тетрадка]
|-
| 13
|| 30.04
||
3-dimensional genome (часть 2) https://docs.google.com/presentation/d/1BaWkYfWFGTuYcGahDBtsxFvXrfuxNoCV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Cooltools. Cooler
|-

|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-04-29T12:02:10Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
| 10 || Сравнительная геномика человека и шимпанзе. [https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]
||
Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. [https://docs.google.com/document/d/1-OQFDunK7SCPW46D_BmTmfaybroSYNYEDsDkVJjwrrI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 11 || Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца.
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]
||
Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК.
[https://docs.google.com/document/d/12KtCRdDVwIqZv8KMnuThKg6ZqguTt-J-/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные] [https://colab.research.google.com/drive/1d6g2J-V7i7oKJmr7nq8kaQUa6tIH4YPT?usp=sharing тетрадка]
|-

| 17 || Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК
[https://drive.google.com/file/d/1c0Mii0ai9-PZvBAqiDbz3mND-g5IlV6t/view?usp=sharing презентация]
||
Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля
[https://docs.google.com/document/d/13uKxLtqvZXWvLLZuqJb2C---acHqBFBM_unhTWAKiy8/edit?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1LUgfKpmwiTnoLIIawkNMVNsklTQD5j0g?usp=sharing Блокнот]
|-
| 18 || Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК.
[https://drive.google.com/file/d/1NwKPxNYRo1Shl1skn0oSbXXSazf0G0V-/view?usp=sharing презентация]
||
Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam.
[https://docs.google.com/document/d/1SCYn3obPjqTq3K8WgbPLGkaGlA0nzJCc0kBOEe3CFRQ/edit?usp=sharing содержание]
|
|-
|}

=== Домашние задания ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing Текст ДЗ 1]

[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing Текст ДЗ 2]

[https://docs.google.com/document/d/1OrHg0MMfRKXL-hMuU2vZC7L-IUSlEKroNPw3lG_E5gE/edit?usp=sharing Текст ДЗ 3]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-04-28T16:33:58Z

Dkonovalov: /* Домашние задания */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
| 10 || Сравнительная геномика человека и шимпанзе. [https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]
||
Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. [https://docs.google.com/document/d/1-OQFDunK7SCPW46D_BmTmfaybroSYNYEDsDkVJjwrrI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 11 || Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца.
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]
||
Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК.
[https://docs.google.com/document/d/12KtCRdDVwIqZv8KMnuThKg6ZqguTt-J-/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные] [https://colab.research.google.com/drive/1d6g2J-V7i7oKJmr7nq8kaQUa6tIH4YPT?usp=sharing тетрадка]
|-

| 17 || Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК
[https://drive.google.com/file/d/1c0Mii0ai9-PZvBAqiDbz3mND-g5IlV6t/view?usp=sharing презентация]
||
Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля
[https://docs.google.com/document/d/13uKxLtqvZXWvLLZuqJb2C---acHqBFBM_unhTWAKiy8/edit?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1LUgfKpmwiTnoLIIawkNMVNsklTQD5j0g?usp=sharing Блокнот]
|-
|}

=== Домашние задания ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing Текст ДЗ 1]

[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing Текст ДЗ 2]

[https://docs.google.com/document/d/1OrHg0MMfRKXL-hMuU2vZC7L-IUSlEKroNPw3lG_E5gE/edit?usp=sharing Текст ДЗ 3]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-04-28T16:33:39Z

Dkonovalov: /* Домашние задания */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
| 10 || Сравнительная геномика человека и шимпанзе. [https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]
||
Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. [https://docs.google.com/document/d/1-OQFDunK7SCPW46D_BmTmfaybroSYNYEDsDkVJjwrrI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 11 || Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца.
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]
||
Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК.
[https://docs.google.com/document/d/12KtCRdDVwIqZv8KMnuThKg6ZqguTt-J-/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные] [https://colab.research.google.com/drive/1d6g2J-V7i7oKJmr7nq8kaQUa6tIH4YPT?usp=sharing тетрадка]
|-

| 17 || Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК
[https://drive.google.com/file/d/1c0Mii0ai9-PZvBAqiDbz3mND-g5IlV6t/view?usp=sharing презентация]
||
Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля
[https://docs.google.com/document/d/13uKxLtqvZXWvLLZuqJb2C---acHqBFBM_unhTWAKiy8/edit?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1LUgfKpmwiTnoLIIawkNMVNsklTQD5j0g?usp=sharing Блокнот]
|-
|}

=== Домашние задания ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing Текст ДЗ 1]

[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing Текст ДЗ 2]
[https://docs.google.com/document/d/1OrHg0MMfRKXL-hMuU2vZC7L-IUSlEKroNPw3lG_E5gE/edit?usp=sharing Текст ДЗ 3]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-04-23T11:45:20Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
| 8
|| 12.03
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Знакомство с Encode.
|-
| 9
|| 19.03
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Модификации гистонов
|-

| 10
|| 02.04
||
Доступность хроматина ATAC-seq [https://docs.google.com/presentation/d/14dSAplW1GagGivLffZIwwmI_Q6fLVksX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
| 11
|| 16.04
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/1bSrhcY8aKIYZWiHLTpBIUh74NtnFQZLg/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 23.03
||
3-dimensional genome [https://docs.google.com/presentation/d/1lMWd_4UpTBfWjrprgEY4krbwCmHB-KRu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Работа с данными HiC [https://colab.research.google.com/drive/1CKbmnzVapuBoXxkFTrqrfS-qFP8h1hyU?usp=sharing тетрадка]
|-

|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 2 год 2024/25

2026-04-23T11:44:45Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.4*ДЗ + 0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 09.01
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка]
|-
| 2
|| 16.01
||
Метилирование ДНК (введение) [https://docs.google.com/presentation/d/1aP6mQBnXY-3dtgucSDh2BLiTNgFbUn8p/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Анализ частоты CpG [https://colab.research.google.com/drive/1hkMeUfRTvbfBn-FUPdZ_S1b7X-PJKn_V?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 23.01
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 4
|| 30.01
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Структура гистонов в pymol. Знакомство с Encode.
|-
| 5
|| 06.02
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов
|-
| 5
|| 13.02
||
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) [https://docs.google.com/presentation/d/15op2dKfqtb9QW1zTm9867EIXLxp6cbNP/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
| 7
|| 20.02
||
ChromHMM [https://docs.google.com/presentation/d/1BBCi6WUBEdUS_1vky6UKGiKtM6d2kFlS9UEvpPPsQgE/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-3''' ChromHMM [https://docs.google.com/document/d/1G5T6NO4f769bvVnoGs7kOHdPIbO5NLHj9clu4E-95YE/edit?usp=sharing текст]
|-
| 9
|| 27.02
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 10
|| 06.03
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/1bSrhcY8aKIYZWiHLTpBIUh74NtnFQZLg/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 13.03
||
3-dimensional genome [https://docs.google.com/presentation/d/1lMWd_4UpTBfWjrprgEY4krbwCmHB-KRu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Работа с данными HiC
|-
| 13
|| 20.03
||
3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/16mHjHIB287RwQO9NMBbMaFLVGTn_DCxl/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Cooltools. Cooler
|-
| 13
|| 18.04
||
Chromatin structure: feature calling [https://docs.google.com/presentation/d/1fFmed9Q88KJM7WPgSkGEyIJyyjCI4TVvm-Mb8j2yMrs/edit?usp=sharing слайды]
|| Chromatin structure: feature calling
|-
| 14
|| 25.04
|| Квиз
|| Проект (введение)
|-
| 15
|| 15.05
||
Проект (выбор организмов и организация в группы)
|| -
|-
| 16
|| 22.05
||
Проект (вводные презентации групп)
||
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта
|-
| 17
|| 29.05
||
Проект (вводные презентации групп 2)
||
|-
| 18
|| 05.05
||
Предзащита проекта
||
|-
| 19
|| 19.05
||
Экзамен
||
|-
|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.8 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 05.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 12.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 19.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ1''' Сборка генома [https://docs.google.com/document/d/1crbL0gFkk2kBEFMSB9gfqFCCE1LeV9wf61u3l0Q2ADo/edit?usp=sharing текст]
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ2''' Аннотация генома [https://docs.google.com/document/d/1IVYr_tCQwJmstoXm8Mzs5P6qYLWrTOJhiN8u3Fn7ZX0/edit?usp=sharing текст]
|-
| 6
|| 10.10
||
Сдвиг рамки считывания [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар
|-
| 7
|| 24.10
||
Геном человека и некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1Ej6zMr7t979QKULmTQOeCNMExD5Rd3LU/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' Предсказание генов [https://docs.google.com/document/d/1Z7D_lD1XCBrbj-3xcvW1klgtN96ks-AbGPae_vMGAtQ/edit?usp=sharing текст]
|-
| 8
|| 31.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/12j8h7g6biR1L28TXsN8K3I2kuSpBC4Uy/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар о РНК-сек
|-
|
||
!scope="row" colspan="2"| Сессия
|-
| 9
|| 07.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/14YX0cJuSRs33FSZRO64VG851Mjqq37ch/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ4''' РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1ZFBj0o-Hv7sECVVPSx7ULhOHKIz2bYeX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 11
|| 14.11
||
Секвенирование отдельных клеток [https://docs.google.com/presentation/d/1TkAd7eVwyzJOvxHX1HquhIwWHJGRoepv/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек
|-
| 12
|| 21.11
|| Проверочная работа по теме РНК-сек
|| Разбор '''ДЗ5''' single cell РНК-сек
|-
| 13
|| 28.11
|| GWAS
|| GWAS
|-
| 14
|| 05.12
|| Метагеномика. Лекция [https://docs.google.com/presentation/d/1igHG5VHqRrtmkTNgjRHvFtiR6a7YdxpjBVXat4FtWqI/edit?usp=sharing ссылка]
|| Семинар
|-
| 15
|| 12.12
|| Заключение
|| Заключение. Дописывание квиза.
|-
| 16
|| 19.12
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|}

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-04-23T11:43:45Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
| 8
|| 12.03
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Знакомство с Encode.
|-
| 9
|| 19.03
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Модификации гистонов
|-

| 10
|| 02.04
||
Доступность хроматина ATAC-seq [https://docs.google.com/presentation/d/14dSAplW1GagGivLffZIwwmI_Q6fLVksX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
| 11
|| 16.04
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 23.03
||
3-dimensional genome [https://docs.google.com/presentation/d/1lMWd_4UpTBfWjrprgEY4krbwCmHB-KRu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Работа с данными HiC [https://colab.research.google.com/drive/1CKbmnzVapuBoXxkFTrqrfS-qFP8h1hyU?usp=sharing тетрадка]
|-

|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-04-22T11:58:05Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
| 10 || Сравнительная геномика человека и шимпанзе. [https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]
||
Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. [https://docs.google.com/document/d/1-OQFDunK7SCPW46D_BmTmfaybroSYNYEDsDkVJjwrrI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 11 || Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца.
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]
||
Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК.
[https://docs.google.com/document/d/12KtCRdDVwIqZv8KMnuThKg6ZqguTt-J-/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные] [https://colab.research.google.com/drive/1d6g2J-V7i7oKJmr7nq8kaQUa6tIH4YPT?usp=sharing тетрадка]
|-

| 17 || Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК
[https://drive.google.com/file/d/1c0Mii0ai9-PZvBAqiDbz3mND-g5IlV6t/view?usp=sharing презентация]
||
Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля
[https://docs.google.com/document/d/13uKxLtqvZXWvLLZuqJb2C---acHqBFBM_unhTWAKiy8/edit?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1LUgfKpmwiTnoLIIawkNMVNsklTQD5j0g?usp=sharing Блокнот]
|-
|}

=== Домашние задания ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing Текст ДЗ 1]

[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing Текст ДЗ 2]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-04-15T11:32:26Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
| 10 || Сравнительная геномика человека и шимпанзе. [https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]
||
Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. [https://docs.google.com/document/d/1-OQFDunK7SCPW46D_BmTmfaybroSYNYEDsDkVJjwrrI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 11 || Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца.
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]
||
Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК.
[https://docs.google.com/document/d/12KtCRdDVwIqZv8KMnuThKg6ZqguTt-J-/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные] [https://colab.research.google.com/drive/1d6g2J-V7i7oKJmr7nq8kaQUa6tIH4YPT?usp=sharing тетрадка]
|-
|}

=== Домашние задания ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing Текст ДЗ 1]

[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing Текст ДЗ 2]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-04-13T21:03:00Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
| 10 || Сравнительная геномика человека и шимпанзе. [https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]
||
Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. [https://docs.google.com/document/d/1-OQFDunK7SCPW46D_BmTmfaybroSYNYEDsDkVJjwrrI/edit?usp=sharing содержание]
|-
|}

=== Домашние задания ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing Текст ДЗ 1]

[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing Текст ДЗ 2]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-04-08T15:49:25Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
| 8
|| 12.03
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Знакомство с Encode.
|-
| 9
|| 19.03
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Модификации гистонов
|-

| 10
|| 02.04
||
Доступность хроматина ATAC-seq [https://docs.google.com/presentation/d/14dSAplW1GagGivLffZIwwmI_Q6fLVksX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-04-08T15:25:16Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
| 8
|| 12.03
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Знакомство с Encode.
|-
| 9
|| 19.03
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Модификации гистонов
|-

| 10
|| 02.04
||
Доступность хроматина ATAC-seq [https://docs.google.com/presentation/d/14dSAplW1GagGivLffZIwwmI_Q6fLVksX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-04-08T15:22:19Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
| 8
|| 12.03
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Знакомство с Encode.
|-
| 9
|| 19.03
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Модификации гистонов
|-

| 10
|| 02.04
||
Доступность хроматина ATAC-seq [https://docs.google.com/presentation/d/14dSAplW1GagGivLffZIwwmI_Q6fLVksX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
|}

https://us06web.zoom.us/rec/play/rqmuWPl4bH8w27L6ZTxQdcutpR26R5r7fJzizYJtZYt_rJnC58s5X4I9jEa_BdSednBhirKKSdXB2uAf.VZKnBOkWHCtE6UWq

https://us06web.zoom.us/rec/play/-1w53HGic26s24CUmHuVBmqkLQm2jsrDMoBfNQxNwn2bh2w3oScjPUL7fWCVYhIDicOB6YknEh2HiwtS.NxkyEP9xLiN7MItz

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-04-07T10:53:17Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
| 8
|| 12.03
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Знакомство с Encode.
|-
| 9
|| 19.03
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Модификации гистонов
|-

| 10
|| 02.04
||
Доступность хроматина ATAC-seq [https://docs.google.com/presentation/d/14dSAplW1GagGivLffZIwwmI_Q6fLVksX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-03-18T15:23:09Z

Dkonovalov: /* ДЗ */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
|}

=== Домашние задания ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing Текст ДЗ 1]

[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing Текст ДЗ 2]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-03-18T15:22:16Z

Dkonovalov: /* ДЗ */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
|}

=== ДЗ ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing ДЗ 1]

[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing ДЗ 2]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-03-18T15:22:06Z

Dkonovalov: /* Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4) */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
|}

=== ДЗ ===

[https://docs.google.com/document/d/1Jv6QVeLhlgFipxr2zKHXp1bMh4qZEzmCuZwA7x5DzVY/edit?usp=sharing ДЗ 1]
[https://docs.google.com/document/d/1GQtv0Xg6pUP8ir1_7gMw7MJPCmFm4Ms1ugnoKm68kFU/edit?usp=sharing ДЗ 2]

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-03-14T20:53:08Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-03-12T00:41:39Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-03-11T11:53:39Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
| 8 || Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. [https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация] || Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]
[https://colab.research.google.com/drive/1iRaSKpOyjS-qOY7SauxMxj-Ng4sgVQVP?usp=sharing содержание]
|-
|}

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-03-05T08:45:05Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-03-05T08:44:26Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4.
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 17.02
||
Введение в эпигеномику [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 5
|| 17.02
||
Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 04.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-03-04T12:07:49Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Исследования GWAS. [https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]
||
GWAS, основные форматы файлов, plink. [https://colab.research.google.com/drive/1OIIjJJzUbAEoyGBPMwY0ctemGNsuEZi2?usp=sharing]
|-
| 7 || Генетика рака. [https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]
||
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1uFkDNs_58AIx2BM924vXm7_QaBfUS-C9c-qJwAHEsgs/edit?usp=sharing таблица группы Коновалова]
|-
|}

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-02-25T16:06:34Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-02-25T16:03:55Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-02-24T12:31:08Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. [https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]
||
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. [https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание]
|-
| 5 || Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. [https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]
||
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. [https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание]
|-
|}

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-02-10T13:40:28Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-02-04T12:02:26Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1m3jQBjJff1H8kHKabsArWuIqr-3ip5Z-?usp=sharing тетрадка]
|-
|}

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-02-04T12:00:02Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

=='''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''==

В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.

===== Оценивание =====
НАКОП=0.3*(среднее по квизам)+0.3*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10)

Оценка за каждый написанный квиз не менее 4.

Написание всех ДЗ. Оценка за каждое ДЗ не менее 4.

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

Округляется только итоговая оценка.

Экзамен является блокирующим (при отсутствии автомата).

'''Пересдачи и дописывания'''

На последней неделе четвертого модуля будет происходить дописывание квизов пропущенных по уважительной причине. Дописывание квиза без уважительной причины, подтвержденной документально не допускается. Также можно переписать квиз, если вы его писали, но получили неудовлетворительную оценку.

Пересдача экзамена проходит в том же формате, что и сдача в период пересдач.

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. [https://docs.google.com/presentation/d/1xEY4aepFmae17QOb4vVzHD0eH7a851OO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. [https://docs.google.com/document/d/13sPrEltCSQ53Km18ei7k2RRKIsMYK7_a/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true материалы]
|-
| 2 || SNPs и структурные варианты. Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы [https://docs.google.com/presentation/d/1o_JDeAALCrHeJu6qrHV3kHkwkiHzv6SA/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1JerhX82Xi8jOKwc57hhVPDzGIg08Avrn?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. [https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]
||
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. [https://colab.research.google.com/drive/1Rx8fegpScrsCL59_fuuCH0Jx2YxJYQGg?usp=sharing тетрадка]
|-
|}

=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''==

<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki> 
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki>

===== Оценивание =====
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен

Накоп округляется стандартным образом.

'''Условия автомата'''

Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.

Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)

Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:

ИТОГ = НАКОП * 1.6

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! № !! Лекция !! Семинар
|-
| 1 || Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]
||
Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] [https://docs.google.com/presentation/d/1R4Fwt33xdg_UA_R-z31vAQe5XDnXIFecAclYTNfyGk0/edit?usp=sharing презентация группы Коновалова Д.Л.]
|-
| 2 || Продолжение. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. [https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация] || Linux, colab [https://colab.research.google.com/drive/1IWnJm_Oq-8rNHTAMs3t2rzqLhMKmtvX1?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3 || Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры. [https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация] || UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 4 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Bedtools.
|-
| 5 || Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. [https://docs.google.com/presentation/d/1XVrDFEtTOGm7Vn3vIyDxZbCb68EA948B/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
||
BLAST.
[https://docs.google.com/document/d/1suCytYXQBnDoA3cIt0LttFchxXrALJtxzc-5PvJ_5CI/edit?usp=sharing содержание]
|-
| 6 || Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. [https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]
||
BLAST.[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cdbjw_rC_I727lDWyIFwienfYdl77ouY9RgtVhsESP4/edit?usp=sharing таблица к семинару] Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
|-
| 7 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. [https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]
||
Закрепляем NW. Обсуждение ДЗ. Работа с bed файлами, bedtools. [https://colab.research.google.com/drive/1b_Grc0hCL9ldF7NM-Nu6NPcj5lOSCT2z?usp=sharing содержание]
|-
| 8 || Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]
||
Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). [https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные]
|-
| 9 || Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. [https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]
||
Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. [https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 10 || Гомологи, ортологи и паралоги. Дерево видов и дерево генов. [https://docs.google.com/presentation/d/1DtTLm2odor6LmzqZBfRnCUL6p4HA8QsYuHt2QIisip4/edit?usp=sharing презентация]
||
Определение ГПГ, ортологов и паралогов. Базы ортологов и паралогов. [https://docs.google.com/document/d/1P2EBB3hTvAvd_1KC7we-xLx-oNY4kbJDqpzg0MOFSFM/edit?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Коронавирус. Семейство коронавирусов. Структуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 [https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]
||
Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. [https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные]
|-
| 11 || Вакцины. Коронавирус.
||
Знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. Знакомство с pymol. [https://docs.google.com/document/d/1UND0rGbgNap5Nd0RllB4DcaGzJDDMV9izjZsEL_yavs/edit?usp=sharing содержание]
|}

=='''Литература'''==
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-01-30T12:58:08Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-01-30T11:11:09Z

Dkonovalov: /* Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику */

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-01-30T11:10:40Z

Dkonovalov: /* Формула расчет оценки */

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-01-30T11:10:11Z

Dkonovalov: /* Формула расчет оценки */

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-01-27T00:28:21Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-01-26T21:38:59Z

Dkonovalov:

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-01-22T13:33:57Z

Dkonovalov: /* Формула расчет оценки */

Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26

2026-01-22T10:21:03Z

Dkonovalov:

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-01-21T12:03:56Z

Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-01-20T09:23:09Z

Dkonovalov: /* Оценивание */

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-01-18T17:10:59Z

Dkonovalov:

Майнор Биоинформатика 1 год 2025/26

2026-01-12T13:35:06Z

Dkonovalov: /* Оценивание */