https://wiki.cs.hse.ru/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Mpoptsova
Wiki - Факультет компьютерных наук - Вклад [ru]
2026-09-21T14:28:17Z
Вклад
MediaWiki 1.43.9
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=54153
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-05-12T07:32:44Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e-yL-I6RVe9ldyNkEMVIwnRbxqbrVo2C/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Кирилл Песков, CEO M&S Decisions Математическое моделирование лекарств <br /><br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12''' Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14mcPPj8zhmQQZm07eW-MGmvAcsPA5ePC/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13''' Транскрипционные факторы и мотивы. Позиционно-весовые матрицы. Генные сети. Вакцинация. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJW8NGXME-o5a5cWtFPIo0Tj3OGpsaFl/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1CQ_R7FvitxaEIBrdsfSTcm_7enb3F4fp/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1NgkbRSeg0tf-bVgm5vchPi2HUr2X_kEA?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 14''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NwKPxNYRo1Shl1skn0oSbXXSazf0G0V-/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PxkgX8ukpNdbxJJ-pgmn2m-ujdKZZqxn/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 15''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1c0Mii0ai9-PZvBAqiDbz3mND-g5IlV6t/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 15.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zOpPSocsHX9238L2HW6GqTZbi9VTTiW0/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=54152
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-05-12T07:18:25Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e-yL-I6RVe9ldyNkEMVIwnRbxqbrVo2C/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Кирилл Песков, CEO M&S Decisions Математическое моделирование лекарств <br /><br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12''' Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14mcPPj8zhmQQZm07eW-MGmvAcsPA5ePC/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13''' Транскрипционные факторы и мотивы. Позиционно-весовые матрицы. Генные сети. Вакцинация. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJW8NGXME-o5a5cWtFPIo0Tj3OGpsaFl/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1CQ_R7FvitxaEIBrdsfSTcm_7enb3F4fp/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1NgkbRSeg0tf-bVgm5vchPi2HUr2X_kEA?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 14''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NwKPxNYRo1Shl1skn0oSbXXSazf0G0V-/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PxkgX8ukpNdbxJJ-pgmn2m-ujdKZZqxn/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 15''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1c0Mii0ai9-PZvBAqiDbz3mND-g5IlV6t/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 15.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля <br /><br />
[ содержание] <br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=53806
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-04-27T19:20:32Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e-yL-I6RVe9ldyNkEMVIwnRbxqbrVo2C/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Кирилл Песков, CEO M&S Decisions Математическое моделирование лекарств <br /><br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12''' Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14mcPPj8zhmQQZm07eW-MGmvAcsPA5ePC/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13''' Транскрипционные факторы и мотивы. Позиционно-весовые матрицы. Генные сети. Вакцинация. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJW8NGXME-o5a5cWtFPIo0Tj3OGpsaFl/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1CQ_R7FvitxaEIBrdsfSTcm_7enb3F4fp/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1NgkbRSeg0tf-bVgm5vchPi2HUr2X_kEA?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 14''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NwKPxNYRo1Shl1skn0oSbXXSazf0G0V-/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PxkgX8ukpNdbxJJ-pgmn2m-ujdKZZqxn/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=53586
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-04-21T07:26:25Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e-yL-I6RVe9ldyNkEMVIwnRbxqbrVo2C/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Кирилл Песков, CEO M&S Decisions Математическое моделирование лекарств <br /><br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12''' Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14mcPPj8zhmQQZm07eW-MGmvAcsPA5ePC/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13''' Транскрипционные факторы и мотивы. Позиционно-весовые матрицы. Генные сети. Вакцинация. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJW8NGXME-o5a5cWtFPIo0Tj3OGpsaFl/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1CQ_R7FvitxaEIBrdsfSTcm_7enb3F4fp/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1NgkbRSeg0tf-bVgm5vchPi2HUr2X_kEA?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=53268
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-04-14T07:05:42Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e-yL-I6RVe9ldyNkEMVIwnRbxqbrVo2C/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Кирилл Песков, CEO M&S Decisions Математическое моделирование лекарств <br /><br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12''' Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14mcPPj8zhmQQZm07eW-MGmvAcsPA5ePC/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=52957
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-04-07T06:57:24Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e-yL-I6RVe9ldyNkEMVIwnRbxqbrVo2C/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Кирилл Песков, CEO M&S Decisions Математическое моделирование лекарств <br /><br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=52956
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-04-07T06:54:50Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e-yL-I6RVe9ldyNkEMVIwnRbxqbrVo2C/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Лекция 10''' Кирилл Песков, CEO M&S Decisions Математическое моделирование лекарств <br /><br />
<br />
'''Лекция 11''' Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=52209
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-03-17T06:24:38Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e-yL-I6RVe9ldyNkEMVIwnRbxqbrVo2C/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=51963
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-03-10T07:06:14Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов] <br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=51962
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-03-10T06:57:21Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qog5Ip0iFqc5Pry4-XFldzAOQTtmJj44/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1yhB73-SO5XLYQoECsiHJfWvFSPj-YxhC/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[ содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=51961
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-03-10T06:50:19Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1pvczcMga2hQlVqPGjBSAje6TnrsO_xMU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1D-RzLXTRxDol6ND_sT6hd0LrfGqLOD1S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=51255
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-02-17T07:47:11Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=51025
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-02-10T07:43:13Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=50726
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-02-03T07:04:33Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1bU4T8OPxTGvzSsfxtCbnvlZb15xtZILU/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=50386
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-01-27T07:10:36Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
<br />
<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br /><br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2''' Предсказание генов de novo - Glimmer, Prodigal, GenMark. Аннотация геномов de novo. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Серверы аннотации геномов Prokka and RAST, . <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1u0fDTrbjH4OYhuvyw19WRNXTEeOzXuPW/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/10Iv5cuH4niIIQhWVAtQJD38yeUzYoBg-?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=49977
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-01-20T07:48:57Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br /><br />
<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=49976
Майнор Биоинформатика 1 год
2021-01-20T07:48:03Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)<br />
<br />
'''Лекция 1''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
Семинар 1. Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=48676
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-12-16T07:35:57Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=48675
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-12-16T07:35:26Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=48674
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-12-16T07:34:37Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Эволюция коронавируса SARS-Cov. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U_ev1zPZLoDvGs6y71JtyvxZYjLvvwYm/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=48329
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-12-09T07:14:25Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Коронавирус. Семейство коронавирусов. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NydObtnSmBEcDJzNXLDOB7C2TmKJ5iCR/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing данные]<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=48026
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-12-02T07:46:14Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Трехмерная структура белка. Уровни организации. Предсказание трехмерной структуры белков. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RUQlQMzEtektuEN8S9FD57KFaOSlD_zI/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Программа визуализации трехмерной структуры белка PyMol. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1z79lixj0_jtwzbCvufnGxJohLSDkplxF/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=47704
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-11-24T21:44:54Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Методы автоматического поиска ортологов. Базы данных семейств ортологов - COG, Pfam, Quest for orthologs. База данных трехмерной структуры белков PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qR_q8QralR8B5p6oaaJVKw2bslIdCg6L/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=47451
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-11-18T07:33:57Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=47284
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-11-14T20:43:06Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=47283
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-11-14T20:37:37Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=46579
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-10-27T22:01:45Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=46577
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-10-27T21:56:36Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=46092
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-10-14T07:04:07Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=46091
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-10-14T07:00:21Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=46069
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-10-13T14:31:59Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=46067
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-10-13T14:27:16Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14PwDpFmD1-WKhcHugYjPU_dNsDi6LJ9G/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1MkLBhWdzmmlUAG-Zw0m_Layg0keCNXfr?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=45409
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-09-30T10:02:37Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=45407
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-09-30T09:42:39Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=45400
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-09-30T07:01:51Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=44957
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-09-23T06:56:04Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=44426
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-09-16T07:31:56Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=44425
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-09-16T07:21:07Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=44424
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-09-16T07:19:45Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=44423
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-09-16T07:17:14Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ztbsYvKollDlx81Wd5ovTpsyn9_CB9DV презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4&diff=44418
Майнор Биоинформатика 1 год
2020-09-16T07:08:11Z
<p>Mpoptsova: Новая страница: «'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)''' <nowiki>В курсе «Элементарная гено…»</p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ztbsYvKollDlx81Wd5ovTpsyn9_CB9DV презентация]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Wiki_-_%D0%A4%D0%B0%D0%BA%D1%83%D0%BB%D1%8C%D1%82%D0%B5%D1%82_%D0%BA%D0%BE%D0%BC%D0%BF%D1%8C%D1%8E%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%BD%D1%8B%D1%85_%D0%BD%D0%B0%D1%83%D0%BA:Wiki_%D0%A4%D0%9A%D0%9D&diff=44416
Wiki - Факультет компьютерных наук:Wiki ФКН
2020-09-16T07:05:56Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>__NOTOC__ <br />
<br />
= Учебные курсы факультета компьютерных наук =<br />
<br />
== Курсы за 2020/21 учебный год ==<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! 1 курс !! 2 курс !! 3 курс !! 4 курс !! майноры и факультативы<br />
|-<br />
|<br />
<br />
[[Математический_анализ_1_2020/2021_(пилотный_поток) | Математический анализ-1 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Математический_анализ_1_2020/2021_(основной_поток) | Математический анализ-1 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Линейная_алгебра_и_геометрия_на_ПМИ_2020/2021_(пилотный_поток) | Линейная алгебра и геометрия на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Линейная_алгебра_и_геометрия_на_ПМИ_2020/2021_(основной_поток) | Линейная алгебра и геометрия на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Основы_и_методология_программирования_на_ПМИ_2020/2021_(пилотный_поток) | Основы и методология программирования на ПМИ 2020/2021 (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Основы_и_методология_программирования_на_ПМИ_2020/2021_(основной_поток) | Основы и методология программирования на ПМИ 2020/2021 (основной поток)]]<br />
<br />
[[DM1-2020-21 | Дискретная математика-1 ПМИ]]<br />
<br />
[[Discrete_Mathematics_DSBA2020/2021 | Discrete Mathematics DSBA (ПАД)]]<br />
<br />
[[LAaG_DSBA_2020/2021 | Linear Algebra and Geometry (ПАД)]]<br />
<br />
[[DM1-SE-2020-21 | Дискретная математика-1 ПИ]]<br />
<br />
[[English_DSBA_2020/2021 | English DSBA (ПАД)]]<br />
<br />
[[Introduction_to_programming_DSBA_2020/2021 | Introduction to Programming DSBA (ПАД)]]<br />
<br />
[[ Calculus_2020/21 | Calculus DSBA ]]<br />
<br />
||<br />
<br />
[[Теория_вероятностей_и_математическая_статистика_2020/2021_(пилотный_поток)| ТВиМС (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Теория_вероятностей_2020/2021_(основной_поток)| Теория вероятностей (основной поток)]]<br />
<br />
[[Calculus-2 DSBA 2020 (ПАД)]]<br />
<br />
[[Алгоритмы_и_структуры_данных_2_2020/2021 | Алгоритмы и структуры данных – 2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Математический_анализ_2020/2021_(пилотный_поток) | Математический анализ 2 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Математический_анализ_-_2_(основной_поток) | Математический анализ - 2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Discrete_Mathematics_-_2_DSBA2020/2021 | Discrete Mathematics - 2 DSBA (ПАД)]]<br />
<br />
[[Business_and_Management_in_Global_Context_2020/21 | Business and Management in Global Context DSBA ]]<br />
<br />
[[Principles_of_micro_and_macro-economics_2020/21 | Principles of micro and macro-economics DSBA ]]<br />
<br />
[[Algorithms_and_data_structures_2_2020/21 | Algorithms and data structures 2 DSBA ]]<br />
<br />
[[Statistics_DSBA_2020/2021 | Probability and Statistics DSBA ]]<br />
<br />
[[DM2-pilot2020/2021 | Дискретная математика-2 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[DM2-base2020/2021 | Дискретная математика-2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
<br />
||<br />
<br />
[[Машинное_обучение_1 | Машинное обучение 1 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Прикладная статистика в машинном обучении 20/21]]<br />
<br />
[[Безопасность компьютерных систем 20/21]]<br />
<br />
[[Theory of computing, AMI]]<br />
<br />
[[Матричные вычисления 20/21]]<br />
<br />
[[НИС_Машинное_обучение_и_приложения_2020/2021|НИС Машинное обучение и приложения]]<br />
<br />
[[Моделирование временных рядов 20/21]]<br />
<br />
[[Высокопроизводительные вычисления 20/21]]<br />
<br />
[[ Сбор и обработка данных с помощью краудсорсинга 20/21 ]]<br />
<br />
[[ Распределённые системы ]]<br />
<br />
[[ MachineLearning1_DSBA2020 | Machine Learning 1 DSBA ]]<br />
<br />
[[InfTheo2020-2021|Теория информации]]<br />
<br />
[[НИС_РС|НИС Распределенные системы]]<br />
<br />
[[ Time_Series_and_Stochastic_Processes_ada_20_21 | Time Series and Stochastic Processes ]]<br />
<br />
[[ST2187 Business analytics, applied modelling and prediction | ST2187 Business analytics, applied modelling and prediction]]<br />
<br />
[[Data_Base_2020/2021_DSBA | Data Base DSBA ]]<br />
<br />
[[Social_History_of_Science_2020/21 | Social History of Science DSBA ]]<br />
<br />
||<br />
<br />
[[Философия_науки_2020|Философия науки]]<br />
<br />
[[НИС_Машинное_обучение_и_приложения_2020/2021|НИС Машинное обучение и приложения]]<br />
<br />
[[НИС_РС_2|НИС Распределенные системы]]<br />
<br />
[[Глубинное обучение в обработке звука 20/21]]<br />
<br />
[[Байесовские методы машинного обучения 2020 | Байесовские методы машинного обучения]]<br />
<br />
[[Statistical_learning_theory_2020 | Statistical learning theory]]<br />
<br />
||<br />
<br />
[[ Майнор Биоинформатика 1 год ]]<br />
<br />
[[ Майнор Биоинформатика 2 год ]]<br />
<br />
[[ Современные методы машинного обучения (майнор ИАД) ]]<br />
<br />
[[ ОУФ Машинное Обучение в Питоне ]]<br />
<br />
[[ Машинное обучение (сов. бак. ВШЭ-РЭШ 2020) ]]<br />
<br />
[[ Факультатив "Теория вычислений и логика" ]]<br />
|}<br />
<br />
== Курсы магистратуры ФКН ==<br />
<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! Дисциплина !! Образовательная программа !! Курс<br />
|-<br />
| [[Stochastic_analysis_2020_2021 | Stochastic Analysis ]] || Statistical Learning Theory || 1 year<br />
|-<br />
| [[Econometrics_fall_2020 | Эконометрика ]] || ФТИАД || 1 year<br />
|-<br />
|}<br />
<br />
== Курсы в рамках проекта [https://www.hse.ru/dataculture/ Data Culture]==<br />
=== 1 семестр ===<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! Дисциплина !! Образовательная программа !! Курс !! Модули <br />
|-<br />
| [[Основы_анализа_и_визуализация_данных_для_медиа_2020/2021|Основы анализа и визуализации данных для медиа]] || Журналистика || 4 курс || 1 модуль<br />
|-<br />
| [[Основы программирования на Python осень 2020 матфак|Основы программирования на Python-1]] || Математика || 3 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Компьютерная лингвистика и информационные технологии 2020|Компьютерная лингвистика и информационные технологии]] || Фундаментальная и компьютерная лингвистика || 4 курс || 1-3 модули<br />
|-<br />
| [[Проектный семинар медиаком 2020|Проектный семинар]] || Медиакоммуникации || 3 курс || 1 модуль<br />
|-<br />
| [[Основы анализа и визуализации данных ДИЯ 2020-2021|Основы анализа и визуализации данных]] || Иностранные языки и межкультурная коммуникация (ДИЯ) || 2 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Основы программирования в Python (Политология 2020)|Основы программирования в Python]] || Политология || 3 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Data Analysis in Journalism and Political Science 2020-2021|Data Analysis in Journalism & Political Science]] || Программа двух дипломов НИУ ВШЭ и Лондонского университета "Международные отношения" || 3 курс || 1 модуль<br />
|-<br />
| [[Data Analysis in Economics and Finance 2020-2021|Data Analysis in Economics & Finance]] || Программа двух дипломов НИУ ВШЭ и Лондонского университета "Международные отношения" || 3 курс || 1 модуль<br />
|-<br />
| [[Прикладные исследования в культурологии 2020 1модуль|Прикладные исследования в культурологии]] || Прикладная культурология || 1 курс || 1 модуль<br />
|-<br />
| [[Основы анализа данных в международных отношениях 20/21|Основы анализа данных в международных отношениях 20/21]] || Международные отношения || 2 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Анализ данных в R, Социология|Анализ данных в R]] || Социология || 4 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Анализ данных на python, фэн, 2020 fall|Анализ данных на python]] || Факультет экономических наук || 2 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Цифровая грамотность, ЭиАМ|Цифровая грамотность, ЭиАМ]] || Эфиопия и арабский мир || 1 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Цифровая грамотность, Античность|Цифровая грамотность, Античность]] || Античность || 1 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Цифровая грамотность, ТиТМ|Цифровая грамотность, ТиТМ]] || Турция и Тюркский мир || 1 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Цифровая грамотность История 2020/2021|Цифровая грамотность, История]] || История || 1 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Цифровая_грамотность_2020_(Востоковедение)|Цифровая грамотность, Востоковедение]] || Востоковедение || 1 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Цифровая_грамотность_География_2020/21|Цифровая грамотность, География]] || География || 1 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Машинное_обучение_(сов._бак._ВШЭ-РЭШ_2020)|Машинное обучение]] || Совместная программа по экономике НИУ ВШЭ и РЭШ || 3 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Машинное_обучение_(ФЭН)_-_2020|Машинное обучение]] || Экономика || 3-4 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Python: работа с данными и текстом|Python: работа с данными и текстом]] || Медиакоммуникации || 2-3 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Phyton_для_извлечения_и_обработки_данных|Phyton для извлечения и обработки данных]] || Молекулярная и клеточная биотехнология || 1 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[ПМСАР-2_2020| Методы анализа больших данных в исследованиях поведения покупателей]] || Прикладные методы социального анализа рынков || 2 г.о. || 1-2 модули<br />
|}<br />
<br />
== Курсы других факультетов ==<br />
<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! Дисциплина !! Курс !! Период<br />
|-<br />
| [[Теория вероятностей и математическая статистика, фэн, 2020-2021|Теория вероятностей и математическая статистика]] || фэн, 2 курс || 1-4 модуль<br />
|-<br />
| [[Эконометрика, фэн, 2020-2021|Эконометрика]] || фэн, 3 курс || 1-4 модуль<br />
|}<br />
<br />
=Архив=<br />
<br />
== Курсы за 2019/20 учебный год ==<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! 1 курс !! 2 курс !! 3 курс !! 4 курс !! майноры и факультативы<br />
|-<br />
|<br />
<br />
[[Математический_анализ_1_2019/2020 | Математический анализ-1 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Математический_анализ_на_ПМИ_2019/2020_(основной_поток,_2_семестр) | Математический анализ на ПМИ (основной поток, 2 семестр)]]<br />
<br />
[[Математический_анализ_на_ПМИ_2019/2020_(основной_поток) | Математический анализ на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Дискретная_математика_1_2019/2020 | Дискретная математика-1 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Линейная_алгебра_и_геометрия_на_ПМИ_2019/2020_(пилотный_поток) | Линейная алгебра и геометрия на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Линейная_алгебра_и_геометрия_на_ПМИ_2019/2020_(основной_поток) | Линейная алгебра и геометрия на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Алгебра_на_ПМИ_2019/2020_(пилотный_поток) | Алгебра на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Алгебра_на_ПМИ_2019/2020_(основной_поток) | Алгебра на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Основы_и_методология_программирования_2019/2020 | Основы и методология программирования на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Основы_и_методология_программирования_1_2019/2020_(пилотный_поток) | Основы и методология программирования-1 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Discrete_Mathematics_DSBA2019/2020 | Discrete Mathematics DSBA (ПАД)]]<br />
<br />
[[Calculus_DSBA2019/2020 | Calculus DSBA (ПАД) 1st module]]<br />
<br />
[[Calculus_DSBA2020 | Calculus DSBA (ПАД) 2nd module]]<br />
<br />
[[LAaG_DSBA_2019/2020 | Linear Algebra and Geometry (ПАД)]]<br />
<br />
[[Introduction_to_programming_DSBA_2019/2020 | Introduction to Programming (ПАД)]]<br />
<br />
[[English_DSBA_2019/2020 | English DSBA (ПАД)]]<br />
<br />
[[Algorithms_and_Data_Structures_DSBA_2020 | Algorithms and Data Structures DSBA ]]<br />
<br />
[[Algebra_DSBA_2019/2020 | Algebra DSBA]]<br />
<br />
[[Алгоритмы_и_структуры_данных_1_основной_поток_2019/202 | Алгоритмы и структуры данных-1 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Алгоритмы_и_структуры_данных_пилотный_поток_2019/2020 | Алгоритмы и структуры данных на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
<br />
||<br />
<br />
<br />
<br />
[[DM2-basic2019/2020 | Дискретная математика-2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[DM2-pilot2019/2020 | Дискретная математика-2 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Теория_вероятностей_2019/2020_(основной_поток)| Теория_вероятностей_2019/2020 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Теория_вероятностей_и_математическая_статистика_2019/2020_(пилотный_поток)| ТВиМС (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Математический_анализ_2019/2020_(пилотный_поток) | Математический анализ 2 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Математический_анализ_2_2019/2020_(основной_поток) | Математический анализ 2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Алгоритмы_и_структуры_данных_2_2019/2020 | Алгоритмы и структуры данных – 2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Алгоритмы_и_структуры_данных_2018/2019 (пилотный поток) | Алгоритмы и структуры данных на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Calculus_2_2019 | Calculus-2 DBSA (ПАД)]]<br />
<br />
[[Statistics_DSBA_2019/2020 | Statistics DSBA (ПАД)]]<br />
<br />
[[DM2 | Дискретная Математика-2 (ПАД)]]<br />
<br />
[[ADS2 | Алгоритмы и Структуры Данных-2 (ПАД)]]<br />
<br />
[[Introduction_to_Economics | Introduction to Economics DSBA ]]<br />
<br />
[[Business_and_Management_in_Global_Context_2019-2020| Business and Management in Global Context DSBA ]]<br />
<br />
[[ACOS_DSBA_2019/2020 | Computer Architecture and Operating Systems (ПАД)]]<br />
<br />
[[Differential_Equations_2020 | Differential Equations DSBA ]]<br />
<br />
[[Факультатив Теория вычислений_2020 | Факультатив Теория вычислений]]<br />
<br />
[[Дифференциальные_уравнения_2020 | Дифференциальные уравнения 2020 ]]<br />
<br />
||<br />
<br />
[[Машинное_обучение_1/2019_2020 | Машинное обучение 1 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Машинное_обучение_2 | Машинное обучение 2 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Численные_Методы_2020 | Численные методы]]<br />
<br />
[[Прикладная_статистика_в_машинном_обучении(2019)|Прикладная статистика в машинном обучении]]<br />
<br />
[[Theory_of_Computing_2019_2020 | Theory of Computing, AMI]]<br />
<br />
[[Компьютерные_Сети | Компьютерные сети]]<br />
<br />
[[НИС_Машинное_обучение_и_приложения_2019/2020|НИС Машинное обучение и приложения]]<br />
<br />
[[Безопасность_компьютерных_систем_2019|Безопасность компьютерных систем]]<br />
<br />
[[Непрерывная_оптимизация_(МОП)/2020| Непрерывная оптимизация (МОП)]]<br />
<br />
[[%D0%9D%D0%B5%D0%BF%D1%80%D0%B5%D1%80%D1%8B%D0%B2%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%BE%D0%BF%D1%82%D0%B8%D0%BC%D0%B8%D0%B7%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_(%D0%A2%D0%98,_%D0%90%D0%94%D0%98%D0%A1,_%D0%90%D0%9F%D0%A0,_%D0%A0%D0%A1)| Непрерывная оптимизация (ТИ, АДИС, АПР, РС) ]] <br />
<br />
[[Data_analysis_(Software_Engineering)_2020|Data Analysis]]<br />
<br />
[[Промышленное_программирование_на_языке_Java| Промышленное программирование на языке Java]]<br />
<br />
[[CCTI_2020|Сложность вычислений и логика в теоретической информатике]]<br />
<br />
||<br />
<br />
[[InfTheo2019-2020|Теория информации]]<br />
<br />
[[Байесовские_методы_машинного_обучения_2019|Байесовские методы машинного обучения]]<br />
<br />
[[НИС Науки о данных]]<br />
<br />
[[НИС_Машинное_обучение_и_приложения_2019/2020|НИС Машинное обучение и приложения]]<br />
<br />
[[Философия_науки_2019|Философия науки]]<br />
<br />
[[Глубинное обучение|Глубинное обучение]]<br />
<br />
[[NLP 2019|NLP Анализ данных]]<br />
<br />
[[Безопасность_компьютерных_систем_2019|Безопасность компьютерных систем]]<br />
<br />
[[Генеративные_модели_в_машинном_обучении_2020|Генеративные модели в машинном обучении]]<br />
<br />
[[Компьютерные Сети 4 курс| Компьютерные сети]]<br />
<br />
[[Промышленное_программирование_на_языке_Java| Промышленное программирование на языке Java]]<br />
<br />
[[Машинное_обучение_на_больших_данных_2020|Машинное обучение на больших данных]]<br />
<br />
[[Основы_обработки_больших_данных_2020|Основы обработки больших данных]]<br />
<br />
||<br />
[[MinorBioinformatics|Биоинформатика]]<br />
<br />
[[Майнор Интеллектуальный анализ данных/Современные_методы_машинного_обучения | Современные методы машинного обучения (ИАД)]]<br />
<br />
[[KotlinElective|Факультатив "Язык Kotlin" (2-3 модули)]]<br />
<br />
[[ISDElective|Факультатив "Методы разработки программного обеспечения" (1-2 модули)]]<br />
<br />
[[Введение в программирование (курс майнора)]]<br />
<br />
[[dopglavy_DM_1920|Допглавы дискретной математики]]<br />
<br />
[[Дополнительные_главы_теории_вероятностей-2_2019/2020|ДГТВ-2]]<br />
<br />
[[Дополнительные_главы_теории_вероятностей_2020|ДГТВ]]<br />
<br />
[[Введение_в_анализ_данных_(майнор_ИАД)|Введение в анализ данных (майнор ИАД)]]<br />
<br />
[[Прикладные_задачи_анализа_данных_(майнор_ИАД)|Прикладные задачи анализа данных (майнор ИАД)]]<br />
<br />
[[NonClassicalLogics|Факультатив "Неклассические логики" (3 модуль)]]<br />
<br />
|}<br />
<br />
== Курсы магистратуры ФКН ==<br />
<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! Дисциплина !! Образовательная программа !! Курс<br />
<br />
|-<br />
| [[Theory_of_Computing_2019_2020 | Theory of Computing]] || Науки о данных, специализация ТИ || 1 курс<br />
|-<br />
| [[Project_Seminar_2019_2020 | Проектный семинар специализации ТИ]] || Науки о данных, специализация ТИ || 1 курс<br />
|-<br />
| [[Stochastic_analysis_2019_2020 | Stochastic Calculus ]] || Statistical Learning Theory || 1 year<br />
|-<br />
| [[A_Theorist's_Toolkit_2019_2020 | A Theorist's Toolkit, AMI]] || Науки о данных, специализация ТИ || 1 курс<br />
|-<br />
| [[Neurobayesian_models_2020 | Neurobayesian models ]] || Statistical Learning Theory || 2 year<br />
|}<br />
<br />
== Курсы в рамках проекта [https://www.hse.ru/dataculture/ Data Culture]==<br />
=== 2 семестр ===<br />
<br />
{| class="wikitable"<br />
|- http://wiki.cs.hse.ru/Цифровая_грамотность_(филология)_2020#.F0.9F.93.AC_.D0.A7.D0.B0.D1.82.D1.8B_.D0.B3.D1.80.D1.83.D0.BF.D0.BF<br />
! Дисциплина !! Образовательная программа !! Курс !! Модули <br />
|-<br />
| [[Введение в анализ данных 2020 МирЭк| Введение в анализ данных]] || Мировая экономика || 1 курс || 3-4 модуль<br />
|-<br />
|[[ Основы программирования в Python (Мирэк) | Основы программирования в Python]] || Мировая экономика || 2 курс || 3-4 модуль<br />
|-<br />
| [[ Цифровая грамотность, ИЯиМК| Цифровая грамотность ]] || Иностранные языки и межкультурная коммуникация || 1 курс || 3-4 модуль<br />
|-<br />
| [[ Цифровая_грамотность_(филология)_2020| Цифровая грамотность ]] || Филология || 1 курс || 3-4 модуль<br />
|-<br />
| [[Цифровая_грамотность_(ФиКЛ)_2020| Цифровая грамотность ]] || Фундаментальная и компьютерная лингвистика || 1 курс || 4 модуль<br />
|-<br />
| [[ Цифровая грамотность 2019-2020 (История искусств)| Цифровая грамотность ]] || История искусств || 1 курс || 3-4 модуль<br />
|-<br />
| [[ Цифровая грамотность 2019-2020 (Культурология)| Цифровая грамотность ]] || Культурология || 1 курс || 3-4 модуль<br />
|-<br />
| [[ Цифровая грамотность, ЯиЛ_ЮВА| Цифровая грамотность ]] || Языки и литература Юго-Восточной Азии || 1 курс || 3-4 модуль<br />
|-<br />
| [[ Цифровая грамотность, ЯиЛЯ| Цифровая грамотность ]] || Языки и литература Японии || 1 курс || 3-4 модуль<br />
|-<br />
| [[ ППО Социология 1 курс 2019/2020| ППО (Python для извлечения и обработки данных) ]] || Социология || 1 курс || 3 модуль<br />
|-<br />
|[[ Машинное обучение на матфаке 2020 | Машинное обучение]] || Математика || 2-4 курс || 3-4 модуль <br />
|-<br />
|[[ Excel для анализа данных | Excel для анализа данных]] || ИЯиМК || 4 курс || 3 модуль <br />
|-<br />
| [[ Python для извлечения и обработки данных Медиаком 2 курс 2019/2020| Python для извлечения и обработки данных ]] || Медиакоммуникации || 2 курс || 3 модуль<br />
|-<br />
| [[ Python для извлечения и обработки данных Медиаком 1 курс 2019/2020| Python для извлечения и обработки данных ]] || Медиакоммуникации || 1 курс || 4 модуль<br />
|-<br />
| [[ СДиА Матфак 1 курс 2019/2020| Структуры данных и алгоритмы ]] || Математика || 3-4 курс || 3-4 модуль<br />
|-<br />
| [[Методы_машинного_обучения_(Прикладная_политология)|Методы машинного обучения]] || Прикладная политология || 1 г.о. || 2-3 модули<br />
|-<br />
| [[Наука о данных (Экономика)|Наука о данных]] || Экономика || 2 курс || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Основы программирования на Python весна 2020 матфак|Основы программирования на Python-2]] || Математика || 2-4 курс || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Культура работы с данными, КМБТ|Культура работы с данными, КМБТ]] || Клеточная и молекулярная биотехнология || 1 курс || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Natural_Language_Processing_Blended_2020_module4 | Natural Language Processing (blended)]] || Прикладная политология || 1 г.о. || 4 модуль<br />
|-<br />
| [[ПМСАР-1 2019/2020|Автоматизированный сбор больших данных в экономико-социологических исследованиях]] || Прикладные методы социального анализа рынков || 1 г.о. || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Введение в Data Science]] || Экономика впечатлений: менеджмент в индустрии гостеприимства и туризме || 1 г.о. || 3 модуль<br />
|-<br />
| [[Принципы построения математических моделей]] || МИЭМ || 1 г.о. || 4 модуль<br />
|-<br />
| [[Python для извлечения и обработки данных Психология 1 курс 2019/2020]] || Психология || 1 г.о. || 4 модуль<br />
|-<br />
| [[Технологии анализа больших данных ГМУ 1 курс 2019/2020]] || ГМУ || 1 г.о. || 4 модуль<br />
|-<br />
| [[Городское планирование | Цифровая грамотность]] || Городское планирование || 1 г.о. || 4 модуль<br />
|}<br />
<br />
=== 1 семестр ===<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! Дисциплина !! Образовательная программа !! Курс !! Модули <br />
<br />
|-<br />
| [[ Основы анализа и визуализация данных для медиа 2019/2020 | Основы анализа и визуализации данных для медиа ]] || Журналистика || 4 курс || 1 модуль<br />
|-<br />
| [[ Анализ данных в Python 2019-2020 | Анализ данных в Python ]] || Политология || 4 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Introduction to Data Culture 2019-2020 | Introduction to Data Culture ]] || Программа двух дипломов НИУ ВШЭ и Лондонского университета "Международные отношения" || 1 курс || 2 модуль<br />
|-<br />
| [[ Основы анализа данных в международных отношениях | Основы анализа данных в международных отношениях ]] || Международные отношения || 2 курс || 1-2 модуль<br />
|-<br />
| [[Основы программирования в Python (Политология)|Основы программирования в Python]] || Политология || 3 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Основы программирования на Python осень 2019 матфак|Основы программирования на Python-1]] || Математика || 1-4 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[ Цифровая грамотность (История 2019) | Цифровая грамотность ]] || История || 1 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[ Цифровая грамотность (Востоковедение 2019) | Цифровая грамотность ]] || Востоковедение|| 1 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[ Цифровая_грамотность_2019-2020(философия) | Цифровая грамотность ]] || Философия || 1 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[ Цифровая грамотность (ассириология и античность 2019) | Цифровая грамотность ]] || Ассириология и античность|| 1 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[ПМСАР-2_2019| Методы анализа больших данных в исследованиях поведения покупателей]] || Прикладные методы социального анализа рынков || 2 г.о. || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Работа с данными]] || Медиакоммуникации || 4 курс || 1 модуль<br />
|-<br />
| [[Машинное обучение (фэн 2019)]] || ФЭН || 3 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Natural_Language_Processing_Blended_2019_module1 | Natural Language Processing (blended)]] || Прикладная политология || 2 г.о. || 1 модуль<br />
|-<br />
| [[ ML_HSE_NES_2019 | Машинное обучение (ВШЭ-РЭШ)]] || Совместный бакалавриат ВШЭ-РЭШ || 3-4 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[ Основы_анализа_и_визуализации_данных_ДИЯ_2019/2020 | Основы анализа и визуализации данных ]] || ДИЯ || 2 курс || 1,2 модуль<br />
|-<br />
| [[Методы_машинного_обучения_(Прикладная_политология)|Методы машинного обучения]] || Прикладная политология || 1 г.о. || 2-3 модули<br />
|-<br />
| [[Основы_программирования_на_Python2019/2020|Основы программирования на Python]] || Экономика и статистика || 2-4 курс || 2 модуль<br />
|}<br />
<br />
== Курсы других факультетов ==<br />
<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! Дисциплина !! Курс !! Период<br />
|-<br />
| [[Теория вероятностей и математическая статистика, фэн, 2019-2020|Теория вероятностей и математическая статистика]] || фэн, 2 курс || 3-4 модуль<br />
|-<br />
| [[Микроэконометрика качественных данных, фэн, 2020|Микроэконометрика качественных данных 2020]] || фэн, 4 курс || 1-2 модуль<br />
|}<br />
<br />
== Курсы за 2018/19 учебный год ==<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! 1 курс !! 2 курс !! 3 курс !! 4 курс !! майноры и факультативы<br />
|-<br />
|<br />
<br />
[[Математический_анализ_на_ПМИ_2018/2019_(пилотный_поток) | Математический анализ на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Математический_анализ_на_ПМИ_2018/2019_(основной_поток) | Математический анализ на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Calculus_DSBA_2018/2019 | Calculus I DSBA (ПАД)]]<br />
<br />
[[Основы_и_методология_программирования_на_ПМИ_2018/2019_(пилотный_поток) | Основы и методология программирования на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Основы_и_методология_программирования_на_ПМИ_2019_(С%2B%2B,_основной_поток) | Основы и методология программирования на ПМИ (С++, основной поток)]]<br />
<br />
[[Линейная_алгебра_и_геометрия_на_ПМИ_2018/2019_(пилотный_поток) | Линейная алгебра и геометрия на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Линейная_алгебра_и_геометрия_на_ПМИ_2018/2019_(основной_поток) | Линейная алгебра и геометрия на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[LAaG_DSBA_2018/2019 | LAaG DSBA]]<br />
<br />
[[Дискретная_математика_1_2018/2019 | Дискретная математика-1 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Discrete_Mathematics_DSBA2018/2019 |Discrete Mathematics DSBA (ПАД)]]<br />
<br />
[[Introduction_to_programming | Introduction to programming DSBA (ПАД)]]<br />
<br />
[[Introduction_to_programming_2 | Introduction to programming 2 DSBA (ПАД)]]<br />
<br />
[[Алгебра_на_ПМИ_2018/2019_(пилотный_поток) | Алгебра на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Алгебра_на_ПМИ_2018/2019_(основной_поток) | Алгебра на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Algebra_DSBA_2018/2019 | Algebra DSBA]]<br />
<br />
[http://hsealgebra19.wikidot.com Алгебра на ПИ]<br />
<br />
[[Алгоритмы_и_структуры_данных_2018/2019 | Алгоритмы и структуры данных на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Алгоритмы_и_структуры_данных_2018/2019 (пилотный поток) | Алгоритмы и структуры данных на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
||<br />
<br />
[http://math-info.hse.ru/2018-19/Дифференциальные_уравнения_(ФКН) Дифференциальные уравнения]<br />
<br />
[[Теория_вероятностей_2018/2019_(основной_поток) | Теория вероятностей на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Теория_вероятностей_2018/2019_(пилотный_поток) | Теория вероятностей на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Математический_анализ_2018/2019_(пилотный_поток) | Математический анализ 2 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Математический_анализ_2018/2019_(основной_поток) | Математический анализ 2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[DM2-pilot2018/2019 | Дискретная математика-2 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[DM2-basic2018/2019 | Дискретная математика-2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Алгоритмы_и_структуры_данных_2_2018/2019 | Алгоритмы и структуры данных – 2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Факультатив Теория вычислений]]<br />
<br />
||<br />
<br />
[[Машинное_обучение_1/2018_2019 | Машинное обучение 1 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Машинное_обучение_2 | Машинное обучение 2 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Численные_Методы_2018 | Численные методы ]]<br />
<br />
[[PDC | Параллельные и распределенные вычисления]]<br />
<br />
[[Theory_of_Computing_2018_2019 | Theory of Computing, AMI]]<br />
<br />
[[НИС_Машинное_обучение_и_приложения_2018/2019|НИС Машинное обучение и приложения]]<br />
<br />
[[Прикладная_статистика_в_машинном_обучении(2018)|Прикладная статистика в машинном обучении]]<br />
<br />
[[Безопасность_компьютерных_систем_2018|Безопасность компьютерных систем]]<br />
<br />
[[Основные методы анализа данных]]<br />
<br />
[[Теория баз данных]]<br />
<br />
[[Непрерывная оптимизация/2019|Непрерывная оптимизация (161-162)]]<br />
<br />
[[Непрерывная оптимизация (163-167)]]<br />
<br />
[[Сложность вычислений и логика в теоретической информатике]]<br />
<br />
[[Data analysis (Software Engineering) 2019|Data analysis]]<br />
<br />
[[Анализ данных в бизнесе 2019|Анализ данных в бизнесе на ПМИ ]]<br />
<br />
[[Intro to DL Blended | Intro to DL Blended]]<br />
<br />
[[Дискретная оптимизация 2019 | Дискретная оптимизация 2019]]<br />
<br />
||<br />
<br />
[[Statistical_learning_theory_2018_2019 | Introduction to statistical learning theory]]<br />
<br />
[[Анализ_неструктурированных_данных-2018 |Анализ неструктурированных данных ]]<br />
<br />
[[Байесовские_методы_машинного_обучения_2018|Байесовские методы машинного обучения]]<br />
<br />
[[НИС_Машинное_обучение_и_приложения_2018/2019|НИС Машинное обучение и приложения]]<br />
<br />
[[НИС_Науки_о_данных_2018/2019|НИС Науки о данных]]<br />
<br />
[[НИС_Распределенные_системы_(4_курс,_2018)|НИС Распределенные системы]]<br />
<br />
[[Теория_Информации_2018/2019|Теория информации]]<br />
<br />
[[Безопасность_компьютерных_систем_2018|Безопасность компьютерных систем]]<br />
<br />
[[Методы_и_системы_обработки_больших_данных_(осень_2018)|Методы и системы обработки больших данных]]<br />
<br />
[[Философия_науки_2018|Философия науки]]<br />
<br />
[[Теория баз данных]]<br />
<br />
[[ConvAppr19 | Выпуклое программирование и аппроксимационные алгоритмы (ТИ)]]<br />
<br />
[[Функциональное программирование 2019 | Функциональное программирование]]<br />
<br />
[[A_Theorist's_Toolkit_2018_2019 | A Theorist's Toolkit, AMI]]<br />
<br />
[[Анализ данных в бизнесе 2019|Анализ данных в бизнесе на ПМИ ]]<br />
<br />
||<br />
[[Дополнительные главы теории вероятностей 2019 | Дополнительные главы теории вероятностей 2019]]<br />
<br />
[[Дополнительные главы математической статистики 2019 | Дополнительные главы математической статистики 2019]]<br />
<br />
[[Введение в программирование (курс майнора) 2018/2019]]<br />
<br />
[[dopglavy_DM_1819|Допглавы дискретной математики]]<br />
<br />
[[Современные_методы_машинного_обучения_(курс_майнора)_2018/2019 | Современные методы машинного обучения (курс майнора) 2018/2019]]<br />
<br />
[[Прикладные_задачи_анализа_данных_(майнор_-_весна_2019) | Прикладные задачи анализа данных (майнор - весна 2019)]]<br />
<br />
[[Майнор Интеллектуальный анализ данных/Введение в анализ данных | Введение в анализ данных (курс майнора)]]<br />
<br />
[[Функциональный анализ (весна_2019) | Функциональный анализ (весна_2019)]]<br />
<br />
[[KotlinElective| Язык Kotlin (3 и 4 модули 2018-2019)]]<br />
<br />
<br />
<br />
|}<br />
<br />
== Курсы в рамках проекта [https://www.hse.ru/dataculture/ Data Culture]==<br />
=== 2 семестр ===<br />
<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! Дисциплина !! Образовательная программа !! Курс !! Модули <br />
<br />
<br />
|-<br />
| [[Основы программирования на Python весна 2020 матфак|Основы программирования на Python-2]] || Математика || 2-4 курс || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Цифровая_грамотность_(филология)|Цифровая грамотность]] || Филология || 1 курс || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Цифровая_грамотность_(ИИ_и_культурология)|Цифровая грамотность]] || История искусств и Культурология || 1 курс || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Цифровая_грамотность_(ИЯМК_2019)|Цифровая грамотность]] || Иностранные языки и межкультурная коммуникация (ДИЯ) || 1 курс || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Основы_анализа_и_визуализации_данных_ДИЯ_2019|Анализ и визуализации данных]] || Иностранные языки и межкультурная коммуникация (ДИЯ) || 2 курс || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Научно-исследовательский_семинар_2019| Научно-исследовательский семинар]] || Политология || 1 курс || 3 модуль<br />
|-<br />
| [[ММО_Политология_201810|Методы машинного обучения]] || Прикладная политология || 1 г.о. || 2-3 модули<br />
|-<br />
| [[Основы_программирования_в_Python_2019|Основы программирования в Python]] || Мировая экономика || 2 курс || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Программирование_и_компьютерные_инструменты_лингвистического_исследования|Программирование и компьютерные инструменты лингвистического исследования]] || Фундаментальная и компьютерная лингвистика || 1 курс || 1-4 модули<br />
|-<br />
| [[Компьютерная лингвистика и информационные технологии|Компьютерная лингвистика и информационные технологии]] || Фундаментальная и компьютерная лингвистика || 4 курс || 1-3 модули<br />
|-<br />
| [[ПМСАР-1|Автоматизированный сбор больших данных в экономико-социологических исследованиях]] || Прикладные методы социального анализа рынков || 1 г.о. || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Искусственный интеллект и большие данные_(2019)|Искусственный интеллект и большие данные]] || Дизайн, Мода, Современное искусство || 1 курс || 3-4 модули<br />
|-<br />
| [[Информационный менеджмент: Введение в Data Science|Информационный менеджмент: Введение в Data Science]] || Управление бизнесом <br> Маркетинг и рыночная аналитика || 1 курс || 4 модуль<br />
|-<br />
| [[Технологии анализа больших данных|Технологии анализа больших данных]] || ГМУ || 1 курс || 4 модуль<br />
|-<br />
| [[Основы программирования на Python (Прикладное программное обеспечение)|Основы программирования на Python (Прикладное программное обеспечение)]] || Социология || 1 курс || 4 модуль<br />
|-<br />
| [[Основы работы с данными|Основы работы с данными]] || Медиакоммуникации || 2 курс || 4 модуль<br />
|-<br />
| [[Введение_в_data_science_Социология_1_курс|Профориентационный семинар (Data Culture)]] || Социология || 1 курс || 4 модуль<br />
|-<br />
| [[Введение_в_анализ_данных_МирЭк_2019|Введение в анализ данных]] || Мировая экономика || 1 курс || 4 модуль<br />
<br />
|}<br />
<br />
=== 1 семестр ===<br />
<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! Дисциплина !! Образовательная программа !! Курс !! Модули <br />
<br />
|-<br />
| [[Основы анализа данных в международных отношениях 2018/2019|Основы анализа данных в международных отношениях]] || Международные отношения || 2 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Introduction_to_Data_Culture_2018-2019|Introduction to Data Culture]] || Программа двух дипломов НИУ ВШЭ и Лондонского университета "Международные отношения" || 1 курс || 2 модуль<br />
|-<br />
| [[Программирование_и_компьютерные_инструменты_лингвистического_исследования|Программирование и компьютерные инструменты лингвистического исследования]] || Фундаментальная и компьютерная лингвистика || 1 курс || 1-4 модули<br />
|-<br />
| [[Цифровая грамотность(востоковедение)|Цифровая грамотность]] || Востоковедение || 1 курс || 1 модуль<br />
|-<br />
| [[Разработка управленческих решений в маркетинге | Разработка управленческих решений в маркетинге]] || Маркетинг и рыночная аналитика || 2 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Информационные технологии в деятельности юриста_2018-2019| Информационные технологии в деятельности юриста]] || Юриспруденция || 1 курс || 2 модуль<br />
|-<br />
| [[Машинное обучение на матфаке 2018/2019| Машинное обучение]] || Факультет математики || 2-4 курсы || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[ПМСАР-2| Методы анализа больших данных в исследованиях поведения покупателей]] || Прикладные методы социального анализа рынков || 2 г.о. || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Анализ данных в Python (Политологи 1 семестр 1-2 модули)|Анализ данных в Python]] || Политология || 4 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Основы анализа и визуализации данных для медиа (Журналисты 1 семестр 1 модуль)|Основы анализа и визуализации данных для медиа]] || Журналистика || 4 курс || 1 модуль<br />
|-<br />
| [[Компьютерная лингвистика и информационные технологии|Компьютерная лингвистика и информационные технологии]] || Фундаментальная и компьютерная лингвистика || 4 курс || 1-3 модули<br />
|-<br />
| [[Введение в анализ текстов на Python для ФГН 2018|Введение в анализ текстов на Python для ФГН 2018]] || Фундаментальная и компьютерная лингвистика || 3 курс || 1, 2, 4 модули<br />
|-<br />
| [[Машинное обучение (ФЭН)]] || Факультет экономических наук || 3-4 курсы || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Программирование_(python)_для_экономистов|Программирование (Python) для экономистов]] || Факультет экономических наук || 2 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Цифровая грамотность(философия)|Цифровая грамотность]] || Философия || 1 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Цифровая_грамотность_(историки)|Цифровая грамотность]] || История || 1 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Обработка и анализ данных физического эксперимента|Обработка и анализ данных физического эксперимента]] || Физика || 2 курс || 1-2 модули<br />
|-<br />
| [[Статистический анализ в среде R (Социологи 1 семестр 2 модуль)|Статистический анализ в среде R ]] || Социология || 4 курс || 2 модуль<br />
|-<br />
| [[ММО_Политология_201810|Методы машинного обучения]] || Прикладная политология || 1 г.о. || 2-3 модули<br />
|}<br />
<br />
==Courses of the Statistical Learning Theory program==<br />
[[Neurobayesian_models_2019|Neurobayesian models]]<br />
<br />
== Курсы за 2017/18 учебный год ==<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! 1 курс !! 2 курс !! 3 курс !! 4 курс !! майноры и факультативы<br />
|-<br />
|<br />
<br />
[[Математический_анализ_на_ПМИ_2017/2018_(пилотный_поток) | Математический анализ на ПМИ 2017/2018 (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Математический_анализ_на_ПМИ_2017/2018_(основной_поток) | Математический анализ на ПМИ 2017/2018 (основной поток)]]<br />
<br />
[[Основы_и_методология_программирования_на_ПМИ_2017/2018_(пилотный_поток,_1_модуль) | Основы и методология программирования на ПМИ 2017/2018 (пилотный поток, 1 модуль)]]<br />
<br />
[[Основы_и_методология_программирования_на_ПМИ_2017/2018_(основной_поток,_2_модуль) | Основы и методология программирования на ПМИ 2017/2018 (основной поток, 2 модуль)]]<br />
<br />
[[Основы_и_методология_программирования_на_ПМИ_2017/2018_(основной_поток,_3_модуль) | Основы и методология программирования на ПМИ 2017/2018 (основной поток, 3 модуль)]]<br />
<br />
[[Алгоритмы_и_структуры_данных_на_ПМИ_2017/2018_(основной_поток) | Алгоритмы и структуры данных на ПМИ 2017/2018 (основной поток)]]<br />
<br />
[[Линейная_алгебра_и_геометрия_на_ПМИ_2017/2018_(пилотный_поток) | Линейная алгебра и геометрия на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Линейная_алгебра_и_геометрия_на_ПМИ_2017/2018_(основной_поток) | Линейная алгебра и геометрия на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Дискретная_математика_1_2017/2018 | Дискретная математика-1 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Алгоритмы и структуры данных 1 | Алгоритмы и структуры данных – 1 (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Алгебра_на_ПМИ_2017/2018 | Алгебра на ПМИ]]<br />
<br />
[http://hsealgebra18.wikidot.com Алгебра на ПИ]<br />
<br />
||<br />
[[Теория_вероятностей_2017/2018_(основной_поток) | Теория вероятностей на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Теория_вероятностей_2017/2018_(пилотный_поток) | Теория вероятностей на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Математический анализ-3 на ПМИ_2017/2018_(основной_поток) | Математический анализ-2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Математический анализ на ПМИ_2017/2018 | Математический анализ-3 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[DM2-pilot2017/2018 | Дискретная математика-2 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[DM_2_2017_2018 | Дискретная математика-2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Алгоритмы и структуры данных_2_2017/2018 | Алгоритмы и структуры данных – 2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Дифференциальные уравнения (2 курс, 2017/2018)| Дифференциальные уравнения]]<br />
<br />
||<br />
[[Машинное_обучение_1/2017_2018 | Машинное обучение 1 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Машинное_обучение_2/2017_2018 | Машинное обучение 2 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Численные_методы_2017 | Численные методы]]<br />
<br />
[[Statistics of Stochastic Processes|Статистика случайных процессов 2018]] <br />
<br />
[[Прикладная_статистика_в_машинном_обучении | Прикладная статистика в машинном обучении]]<br />
<br />
[[Theory_of_Computing | Theory of Computing, AMI]]<br />
<br />
[[Statistical_learning_theory | Introduction to statistical learning theory]]<br />
<br />
[[Основные_методы_анализа_данных_(специализация_АДИС) | Основные методы анализа данных на ПМИ]]<br />
<br />
[[Анализ неструктурированных данных]]<br />
<br />
[[Безопасность компьютерных систем 2017 | Безопасность компьютерных систем]]<br />
<br />
[[НИС_Распределенные_системы_(3_курс,_2017) | НИС Распределенные системы]]<br />
<br />
[[НИС_Машинное_обучение_и_приложения_2017/2018 | НИС Машинное обучение и приложения]]<br />
<br />
[[Непрерывная_оптимизация | Непрерывная оптимизация]]<br />
<br />
[[ Сложность_и_логика| Сложность вычислений и логика в теоретической информатике]]<br />
<br />
[[Data_analysis_(Software_Engineering)_2018 | Data Analysis на ПИ]]<br />
<br />
[http://telegra.ph/Kurs-Vvedenie-v-OOP-VSHEH-2018-Modul-3-01-30 Введение в ООП]<br />
<br />
[http://wiki.cs.hse.ru/Машинное_обучение_на_больших_данных Машинное обучение на больших данных]<br />
<br />
[[Дискретная_оптимизация | Дискретная оптимизация]]<br />
<br />
||<br />
<br />
[[Безопасность компьютерных систем 2017 | Безопасность компьютерных систем]]<br />
<br />
[[Философия_науки_2017 | Философия науки]]<br />
<br />
[[НИС_Распределенные_системы_(4_курс,_2017) | НИС Распределенные системы]]<br />
<br />
[[НИС_Машинное_обучение_и_приложения_2017/2018 | НИС Машинное обучение и приложения]]<br />
<br />
[[Анализ неструктурированных данных]]<br />
<br />
[[Байесовские методы машинного обучения 2017 | Байесовские методы машинного обучения]]<br />
<br />
[[Функциональное программирование 2018 | Функциональное программирование]]<br />
<br />
[http://telegra.ph/Kurs-Vvedenie-v-OOP-VSHEH-2018-Modul-3-01-30 Введение в ООП]<br />
<br />
||<br />
<br />
[[Современные методы машинного обучения (курс майнора) 2017/2018]]<br />
<br />
[[Введение в программирование (курс майнора) 2017/2018]]<br />
<br />
[[Майнор Интеллектуальный анализ данных/Введение в анализ данных/2017-2018 | Введение в анализ данных (курс майнора)]]<br />
<br />
[[Прикладные задачи анализа данных (майнор - весна 2018)]]<br />
<br />
[[Маго-лего "Линейная алгебра в приложениях" весна 2018 | Линейная алгебра в приложениях (маго-лего)]]<br />
<br />
[[Функциональный анализ 2017/18 | Функциональный анализ на ПМИ (факультатив)]]<br />
<br />
[[Дополнительные главы теории вероятностей и математической статистики (факультативы) | Дополнительные главы теории вероятностей и математической статистики (факультативы)]]<br />
<br />
[[Дополнительные главы дискретной математики 2017/18 | Дополнительные главы дискретной математики (факультатив)]]<br />
<br />
[[Цифровые технологии в гуманитарных науках]]<br />
<br />
|}<br />
<br />
== Курсы в рамках проекта [https://www.hse.ru/dataculture/ Data Culture]==<br />
<br />
=== 2 семестр ===<br />
<br />
[[Цифровая_грамотность_2018_(2_семестр)|Цифровая грамотность (факультет гуманитарных наук — 2 семестр: ИЯМК, Филология, История искусств, Культурология, 1 курс)]]<br /><br />
[[Научно-исследовательский семинар (ФСН) |Научно-исследовательский семинар (ОП "Политология", 1 курс)]]<br /><br />
[[Introduction_to_Data_Culture|Introduction to Data Culture (HSE and University of London Parallel Degree Programme in International Relations, 1 year)]]<br /><br />
[[ИИ_и_БД|Искусственный интеллект и большие данные (ОП "Дизайн", "Мода", 1 курс)]]<br /><br />
[[Компьютерная лингвистика и информационные технологии |Компьютерная лингвистика и информационные технологии (ОП "Фундаментальная и компьютерная лингвистика", 4 курс, 2 семестр)]]<br /><br />
[[Основы анализа данных в международных отношениях|Основы анализа данных в международных отношениях (ОП "Международные отношения", 2 курс, 4 модуль)]]<br /><br />
[[Введение в data science (2_семестр)|Профориентационный семинар (блок по введению в data scicence) (Факультет социальных наук — 2 семестр: Социология, 1 курс)]]<br /><br />
[[Введение в Data Science| Введение в Data Science (ФБиМ, 4 модуль)]]<br /><br />
<br />
=== 1 семестр ===<br />
<br />
[[Цифровая_грамотность|Цифровая грамотность (факультет гуманитарных наук — 1 семестр: История, Философия, 1 курс)]]<br /><br />
[[Машинное обучение (факультет экономических наук)|Машинное обучение (факультет экономических наук)]] <br /><br />
[[Компьютерная лингвистика и информационные технологии |Компьютерная лингвистика и информационные технологии (ОП "Фундаментальная и компьютерная лингвистика", 4 курс, 1 семестр)]]<br /><br />
[[Извлечение и анализ интернет-данных | Извлечение и анализ интернет-данных (факультет экономических наук)]]<br /><br />
[[Анализ больших данных в социальных науках (ФСН, 2017) | Анализ больших данных в социальных науках (ФСН, 2017)]]<br /><br />
[[Информационные_технологии_в_деятельности_юриста|Информационные технологии в деятельности юриста (Факультет права)]] <br /><br />
[[Машинное_обучение_для_лингвистов|Машинное обучение (магистратура Школы лингвистики)]] <br /><br />
<br />
== Курсы магистратуры Финансовые технологии и анализ данных ==<br />
<br />
[[Вероятностные_модели_и_прикладная_статистика_в_финансовой_математике|Вероятностные модели и прикладная статистика в финансовой математике]] <br />
<br />
<br />
[[Рекомендательные системы и поиск закономерностей в данных|Рекомендательные системы и поиск закономерностей в данных]]<br />
<br />
<br />
== Courses of Data Science master program/Курсы магистерской программы "Науки о данных" ==<br />
<br />
[[Introduction to Machine Learning and Data Mining |Introduction to Machine Learning and Data Mining 2019]]<br />
<br />
[[Introduction to Machine Learning and Data Mining 2020 |Introduction to Machine Learning and Data Mining 2020]]<br />
<br />
== Курсы за 2016/17 учебный год ==<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! 1 курс !! 2 курс !! 3-4 курс !! майноры<br />
|-<br />
|<br />
<br />
[[Математический анализ на ПМИ_2016/2017 | Математический анализ на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Линейная алгебра и геометрия_2016/2017 | Линейная алгебра и геометрия на ПМИ]]<br />
<br />
[[Дискретная_математика_1_2016/2017 | Дискретная математика-1 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Основы и методология программирования_2016/2017_пилотный_поток | Основы и методология программирования на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Основы и методология программирования_2016/2017 | Основы и методология программирования на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Алгоритмы_и_структуры_данных_на_ПМИ_(пилотный_поток) | Алгоритмы и структуры данных на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Алгоритмы_и_структуры_данных_на_ПМИ_(основной_поток) | Алгоритмы и структуры данных на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Алгебра_на_ПМИ_2016/2017 | Алгебра на ПМИ]]<br />
<br />
[http://hsealgebra17.wikidot.com/ Алгебра на ПИ]<br />
<br />
|| <br />
<br />
[[Математический анализ_2016/2017 | Математический анализ-3 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Математически_анализ_3_на_ПМИ_(пилотный_поток) | Математический анализ-3 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[DM_2_2016_2017 | Дискретная математика-2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Дискретная математика_2_2016/2017 | Дискретная математика-2 на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Алгоритмы и структуры данных_2_2016/2017 | Алгоритмы и структуры данных – 2 на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Теория вероятностей_2016/2017 | Теория вероятностей на ПМИ (основной поток)]]<br />
<br />
[[Теория_вероятностей_2016/2017_(пилотный_поток) | Теория вероятностей на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Архитектура_компьютеров_и_операционные_системы_2016/2017 | Архитектура компьютеров и операционные системы]]<br />
<br />
[[Факультатив_теория_вычислений_2016/2017 | Факультатив теория вычислений на ПМИ]]<br />
<br />
[[Дополнительные_главы_теории_вероятностей_(факультатив,_2017) | Дополнительные главы теории вероятностей (факультатив)]]<br />
<br />
[[Дифференциальные_уравнения_(2_курс,_2016/2017) | Дифференциальные уравнения]]<br />
<br />
[[Математическая_статистика_2016/2017_(пилотный_поток) | Математическая статистика на ПМИ (пилотный поток)]]<br />
<br />
[[Архитектура_компьютеров_и_операционные_системы_2016/2017 | Архитектура компьютеров и операционные системы ]]<br />
<br />
|| <br />
<br />
[[НИС_Машинное_обучение_и_приложения_2016/2017 | НИС Машинное обучение и приложения на ПМИ]]<br />
<br />
[[Машинное_обучение_1/2016_2017 | Машинное обучение 1 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Машинное_обучение_2/2016_2017 | Машинное обучение 2 на ПМИ]]<br />
<br />
[[Прикладной_статистический_анализ_данных | Прикладной статистический анализ данных на ПМИ]]<br />
<br />
[[Численные_методы_в_анализе_данных | Численные методы в анализе данных на ПМИ]]<br />
<br />
[http://www.machinelearning.ru/wiki/index.php?title=Статистика_случайных_процессов_(курс_лекций,_ФКН_ВШЭ) Вероятностные модели и статистика случайных процессов на ПМИ]<br />
<br />
[http://www.machinelearning.ru/wiki/index.php?title=Opt Методы оптимизации на ПМИ (специализации МОП и РС)]<br />
<br />
[[Методы_оптимизации_(весна_2017)|Методы оптимизации 2 (дискретная оптимизация)]]<br />
<br />
[[НИС_Распределенные_системы_(осень_2016) | НИС Распределенные системы]]<br />
<br />
[[Анализ и верификация алгоритмов биржевой торговли | Анализ и верификация алгоритмов для систем биржевой торговли ]]<br />
<br />
[[Программирование_на_графических_процессорах | Программирование на графических процессорах]]<br />
<br />
[[ЯРПО | Языки разработки ПО (курс по выбору) на ПМИ]]<br />
<br />
[[Data analysis (Software Engineering) 2017 | Data analysis на ПИ]]<br />
<br />
[[Базы данных 2 | Базы данных 2 ]]<br />
<br />
[[Компьютерные сети 2 | Компьютерные сети 2]]<br />
<br />
[[Машинное_обучение_на_больших_данных | Машинное обучение на больших данных на ПМИ]]<br />
<br />
||<br />
<br />
[[Современные_методы_машинного_обучения_(курс_майнора) | Современные методы машинного обучения (курс майнора)]]<br />
<br />
[[Майнор_Интеллектуальный_анализ_данных/Введение_в_программирование_2016/2017 | Введение в программирование (курс майнора)]]<br />
<br />
[[Майнор Интеллектуальный анализ данных/Введение в анализ данных/2016-2017 | Введение в анализ данных (курс майнора)]]<br />
<br />
[[Майнор Интеллектуальный анализ данных/Прикладные задачи анализа данных| Прикладные задачи анализа данных (курс майнора)]]<br />
<br />
|}<br />
<br />
{|width=100%<br />
|style="vertical-align:top;"|<br />
<br />
<!-- Первая колонка --><br />
<br />
=== Курсы за 2015/16 учебный год ===<br />
{|<br />
|-<br />
| [[Технологии программирования|Технологии программирования на ПМИ]]<br />
|-<br />
|[[ОиМП-2015|Основы и методология программирования на ПМИ]]<br />
|-<br />
|[[Алгоритмы и структуры данных 2016]]<br />
|-<br />
|[[Линейная алгебра и геометрия_2015/2016 | Линейная алгебра и геометрия на ПМИ]]<br />
|-<br />
|[[Алгебра_2015/2016 | Алгебра на ПМИ]]<br />
|-<br />
|[http://hsealgebra.wikidot.com/ Алгебра на ПИ]<br />
|-<br />
|[[Компьютерные системы]]<br />
|-<br />
|[[Математический анализ на ПМИ_2015/2016 | Математический анализ на ПМИ]]<br />
|-<br />
|[[Факультатив_Матпрактикум | Матпрактикум (факультатив) на ПМИ]]<br />
|-<br />
|[[Data analysis (Software Engineering)]]<br /><br />
|-<br />
|[[Майнор Интеллектуальный анализ данных/Введение в программирование|Введение в программирование (курс майнора) на ПМИ]]<br />
|-<br />
|[[Майнор Интеллектуальный анализ данных/Введение в анализ данных/2015-2016|Введение в анализ данных (курс майнора) на ПМИ]]<br />
|-<br />
|[[НИС Машинное обучение и приложения|НИС Машинное обучение и приложения на ПМИ]]<br />
|-<br />
|[[Архитектура компьютеров и системное программирование (ПМИ_4, 2015/2016)|Архитектура компьютеров и системное программирование (4 курс)]]<br />
|-<br />
|[[Дифференциальные уравнения (2 курс, 2015/2016)| Дифференциальные уравнения]]<br />
|-<br />
|[[Введение в VBA|Введение в VBA]]<br />
|}<br />
<br />
|style="vertical-align:top;"|<br />
<br />
<!-- Вторая колонка --><br />
<br />
=== Курсы за 2014/15 учебный год ===<br />
{|<br />
|-<br />
|[[Основы и методологии программирования]]<br /><br />
|-<br />
|[[Алгоритмы и структуры данных 2015 | Алгоритмы и структуры данных]]<br /><br />
|-<br />
|[[Анализ данных (Программная инженерия)]]<br /><br />
|-<br />
|[[Алгебра_2014/2015 | Алгебра]]<br /><br />
|-<br />
|[[Magolego_sna_2015| MAGoLEGO Social Network Analysis]]<br />
|}<br />
<br />
==== Проектная работа ====<br />
{|<br />
|-<br />
|[[Проектная работа]] <br /><br />
|-<br />
|[[Учебная практика 1 курс (2016)]]<br />
|-<br />
|[[Проектная работа 2 курс (2016)]]<br />
|}<br />
<br />
<!-- Завершение двухколоночной таблицы --><br />
|}<br />
<br />
== Мероприятия факультета компьютерных наук ==<br />
=== Summer School 2015 ===<br />
[[Introduction to Natural Language Processing|Introduction to Natural Language Processing]]<br />
#[[Lecture 1. Introduction|Introduction]]<br />
#[[Lecture 2. Tokenization and word counts|Tokenization and word counts]]<br />
#[[Lecture 3. POS tagging. Key word and phrase extraction|POS tagging. Key word and phrase extraction]]<br />
#[[Lecture 4. Parsing|Parsing]]<br />
#[[Lecture 5. Language sources|Language sources]]<br />
#[[Lecture 6. Synonyms and near-synonyms detection|Synonyms and near-synonyms detection]]<br />
#[[Lecture 8. Suffix trees for NLP|Suffix trees for NLP]]<br />
#[[NLP References|References]]<br />
<br />
== Архив ==<br />
* [[Учебная практика 1 курс (2015)]]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=MinorBioinformatics&diff=40805
MinorBioinformatics
2020-04-29T19:47:03Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ztbsYvKollDlx81Wd5ovTpsyn9_CB9DV презентация]<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16fp0ihbVnmlo7LJ-D2HZqcOfBmNacy_J презентация]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1Ojg-FvNPtAgFqjn7LfzYnGn-6Mh4TkYj презентация] <br />
<br />
'''Лекция 5.''' Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация] <br />
<br />
'''Лекция 6.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=11J9VgXcfl5bHq20oGzkybUNhjhSUtgye презентация]<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. Белки и базы данных белков. Genbank, Uniprot, PDB.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mxx1aYBJ68GQjLc7ZmedyB-R_0xTOJWW презентация]<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Эволюционный отбор. Гены под действием положительного или отрицательного отбора.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1GofcpJZwkxbRYX0LSN_09dPmEtq8dOqd презентация]<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Поиск мотивов. Представление мотивов в виде позиционных весовых матриц (PWM).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1FTVkpMfYLSEdNH6RW8i-xXu3vQp7jwN8 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Вторичные структуры белка. Альфа-спираль и бета-лист.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11SZP3IE5yNEkCwdmlvuYo_M-QXUNz_ka презентация]<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qprIpzYvaQBnFHjG-dc_KOPv_n4ZMMma презентация]<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KyqBlnLG97l5ZqCksdssAZPulnoQMcU_ презентация]<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, крестообразные структуры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1IcnfVG8KdP9bOeGCV4NaV1FsXruHJb69 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 14.''' Аннотация геномов de novo.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hkVgI_EDKwj5qwAnndZFRDR1dnjptixr презентация]<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Семинары</big>'''<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hLa__Y062bnLyZ4-vytNgD-Pn61Ff0SC содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1jszxyxC9TIo_RMlfp6FDfWw7gOIKP7Sb?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Семинар 2''' Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=14zRZtVHzZEbtmBDOCZEiXSwufafvdsrR содержание] [https://drive.google.com/open?id=1ylKG_UwtBLNOEUJ49nvWePVhgfgaJsgN данные]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Введение в биопитон. <br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1x4iLR3eD1f983rBLmKID9rSJl3khFscL Питоновский ноутбук.]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1jYnA8_hATXKi1uyLI9qsPjVbCf_-iFyo содержание] [https://drive.google.com/open?id=1Jhdw2cPNk_R_P9KKuFrO4EEVyKSmIag4 данные]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16GteufrUZzYk-IQJSy5JPCo3kkRZIPcZ содержание] [https://drive.google.com/open?id=1M-EH5B8aCayXHkdttmIWJOFFXn0Er5Mt данные]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Изучение 3-х мерной структуры белка по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Lm9L0nEHp5LNL9rlTvWzxPJT-wgMbCbl содержание]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Определение генов под действием отбора. Отношение dN/dS. Программа PAML. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qHZn1hV5sTN70aRQrvhyRlRmcfHX7MnZ содержание]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Построение PWM с помощью сервиса RSAT. Представление мотива в виде LOGO. Сайты factorbook и Jaspar. Поиск мотивов de novo с помощью сайта MEME, RSAT и программы homer. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dk-fBBka2d1oedX4Vp1WDnwZrp3_lsBV содержание] [https://drive.google.com/open?id=1cPxSHB4MIPzjquzaTwfusq5M-mZ91vyJ данные]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Методы определения альфа-спирали и бета-структуры. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mE50tGlmffM1mqzUBGeeB8-x-eSLtNS9 содержание]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ctKRASiBBk1ni2rYMv1OEYMnlmewcBMm содержание] <br />
<br />
'''Семинар 12.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RzTM93wy1eijtbLGiLJD123NhL2PbZSk содержание]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1446-4Vz4nvi4Z5qr1fRwH-f8MSX141na содержание]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Серверы аннотации геномов Prokka, RAST, SEED. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=13f--z2iaCSnQz-JhhRiy0Vcb1nDWkltO содержание]<br />
<br />
<br />
'''Часть 2. Медицинская биоинформатика (модули 3-4)'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.<br />
<br />
<br />
'''Модуль 3. Геномика человека'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1QJo71NnlXMOVm933a2B9NIkercAQTtLz презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1x79MR89qmNK0EM2S2ckxHFsQRIpPDbEj содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1pUxqK8_GQTAeAB5Iv8er-Pfb-zTUt8v8 презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1wJT9C3P8A13AYTPtrD3KUUk3toqIOnjl содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11cX9S2lDRBJ7iHAPrZ9779MO1mZ_UNvl презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1sEc5Cl8zgsPSMvHP4WQ64gOaRa06Gik5 содержание]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1eQ7NwWRA9aUs5R8n7efcctZsa1iLsnmD презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генетическая карта России. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RfFmdAE7d8Qw1Sa-DpxxOFpdGHBu7x2b содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dfGVgjTRm3vGJQ8op4WRAnT9bOgzgUnr презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1PPqAGcQBRH22ZBido_D46kTvNnTME7Pq содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Bs0EKBUCM6N3wW6I6c2rS6SNE4PpXScd презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1MV4AHEoakFinvamwNSb7ljKtT0JC_dL6 содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17-CHe5OCsCtYkjR1MQryCl8yIhzQey0d презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1kBVaCkmxvbw44vQdwJ0Lp1lX9Pg2C_h3 содержание] [https://drive.google.com/open?id=1SM4MOaB1HgRUe-xLIylkgpGCK0ppC0VB данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Чем и почему разные народы отличаются на уровне генов? <br /><br />
Светлана Александровна Боринская, доктор биологических наук, зав.лаб анализа генома Института общей генетики им. Н.И.Вавилова <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1lg_i2c-qGwRS-IwTQO_HEhM2_EwO_BfC презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8''' Распределение частот аллелей гена для MAOA в этнических группах, для LCT в единственной группе русских. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17XjDZQNyw_cN_eS3tB3xMy2Cq1AgFgIl содержание] [https://drive.google.com/open?id=1VD5TXHgLjAeoGVXU2jzbEPLl1CXDqE3y данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Вирусы. Общее строение и цикл воспроизведения. Структура коронавируса SARS-CoV-2. Как коронавирус заражает клетки человека. Вакцины и иммунный ответ. Вирус гриппа. <br />
[https://drive.google.com/open?id=1OQnC4riWK3eBBJp6cIoZ92Fxt1cHKbMz презентация]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Коронавирусы. Семейство коронавирусов. Геномика и протеомика. Эволюционный анализ коронавирусов SARS-cov-1 и SARS-cov-2 человека, летучих мышей и панголин. Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Y-ceNwkL1Ge4W0AtQBsHH4aT-rjs7iUa презентация] [https://drive.google.com/open?id=11VR2Q_dw31vpl1Ov2ZWhpHlft9m9kGpD видео]<br />
<br />
'''Семинар 10''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1DJ3F71jQlBuak2H0cq7FxWK0X1POfPV- содержание] [https://drive.google.com/open?id=1sB-_muNqfG5IIJoSnLyZg4-tqqo7rZo7 данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' История вакцинации. Вариоляция. БЦЖ. Типы вакцин. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1rJWyqiyplCJIr2nZi7pvHZWJT-i-XK_K презентация] <br />
<br />
'''Семинар 11''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 . <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hksd8NnJLwIJoYB_HUfVD3lMmoPqVUUd содержание] [https://drive.google.com/open?id=1kdVFoos5bMb21Uv2y-NWjpdMcxuT9i0N данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12''' Что нового по коронавирусу? Синтетические геномы. Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KZ8y-TEz8Idi7N_j6Mprt5YpSDyTvlhg презентация] <br />
<br />
'''Семинар 12''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
<br />
<br />
'''Лекция 13''' Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1xv2Jq097NxVY-qAqCY06GnToc925mfmE презентация] <br />
<br />
'''Семинар 13''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11S3VmnYYlMQYwc8HHZ5pu1Fy2202O5_D содержание] [https://drive.google.com/open?id=1fkrgOvJQ1wv_5_0grKmbKC4mTKeLv8lQ данные]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=MinorBioinformatics&diff=40777
MinorBioinformatics
2020-04-28T22:59:23Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ztbsYvKollDlx81Wd5ovTpsyn9_CB9DV презентация]<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16fp0ihbVnmlo7LJ-D2HZqcOfBmNacy_J презентация]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1Ojg-FvNPtAgFqjn7LfzYnGn-6Mh4TkYj презентация] <br />
<br />
'''Лекция 5.''' Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация] <br />
<br />
'''Лекция 6.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=11J9VgXcfl5bHq20oGzkybUNhjhSUtgye презентация]<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. Белки и базы данных белков. Genbank, Uniprot, PDB.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mxx1aYBJ68GQjLc7ZmedyB-R_0xTOJWW презентация]<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Эволюционный отбор. Гены под действием положительного или отрицательного отбора.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1GofcpJZwkxbRYX0LSN_09dPmEtq8dOqd презентация]<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Поиск мотивов. Представление мотивов в виде позиционных весовых матриц (PWM).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1FTVkpMfYLSEdNH6RW8i-xXu3vQp7jwN8 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Вторичные структуры белка. Альфа-спираль и бета-лист.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11SZP3IE5yNEkCwdmlvuYo_M-QXUNz_ka презентация]<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qprIpzYvaQBnFHjG-dc_KOPv_n4ZMMma презентация]<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KyqBlnLG97l5ZqCksdssAZPulnoQMcU_ презентация]<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, крестообразные структуры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1IcnfVG8KdP9bOeGCV4NaV1FsXruHJb69 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 14.''' Аннотация геномов de novo.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hkVgI_EDKwj5qwAnndZFRDR1dnjptixr презентация]<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Семинары</big>'''<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hLa__Y062bnLyZ4-vytNgD-Pn61Ff0SC содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1jszxyxC9TIo_RMlfp6FDfWw7gOIKP7Sb?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Семинар 2''' Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=14zRZtVHzZEbtmBDOCZEiXSwufafvdsrR содержание] [https://drive.google.com/open?id=1ylKG_UwtBLNOEUJ49nvWePVhgfgaJsgN данные]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Введение в биопитон. <br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1x4iLR3eD1f983rBLmKID9rSJl3khFscL Питоновский ноутбук.]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1jYnA8_hATXKi1uyLI9qsPjVbCf_-iFyo содержание] [https://drive.google.com/open?id=1Jhdw2cPNk_R_P9KKuFrO4EEVyKSmIag4 данные]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16GteufrUZzYk-IQJSy5JPCo3kkRZIPcZ содержание] [https://drive.google.com/open?id=1M-EH5B8aCayXHkdttmIWJOFFXn0Er5Mt данные]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Изучение 3-х мерной структуры белка по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Lm9L0nEHp5LNL9rlTvWzxPJT-wgMbCbl содержание]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Определение генов под действием отбора. Отношение dN/dS. Программа PAML. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qHZn1hV5sTN70aRQrvhyRlRmcfHX7MnZ содержание]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Построение PWM с помощью сервиса RSAT. Представление мотива в виде LOGO. Сайты factorbook и Jaspar. Поиск мотивов de novo с помощью сайта MEME, RSAT и программы homer. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dk-fBBka2d1oedX4Vp1WDnwZrp3_lsBV содержание] [https://drive.google.com/open?id=1cPxSHB4MIPzjquzaTwfusq5M-mZ91vyJ данные]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Методы определения альфа-спирали и бета-структуры. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mE50tGlmffM1mqzUBGeeB8-x-eSLtNS9 содержание]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ctKRASiBBk1ni2rYMv1OEYMnlmewcBMm содержание] <br />
<br />
'''Семинар 12.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RzTM93wy1eijtbLGiLJD123NhL2PbZSk содержание]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1446-4Vz4nvi4Z5qr1fRwH-f8MSX141na содержание]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Серверы аннотации геномов Prokka, RAST, SEED. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=13f--z2iaCSnQz-JhhRiy0Vcb1nDWkltO содержание]<br />
<br />
<br />
'''Часть 2. Медицинская биоинформатика (модули 3-4)'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.<br />
<br />
<br />
'''Модуль 3. Геномика человека'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1QJo71NnlXMOVm933a2B9NIkercAQTtLz презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1x79MR89qmNK0EM2S2ckxHFsQRIpPDbEj содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1pUxqK8_GQTAeAB5Iv8er-Pfb-zTUt8v8 презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1wJT9C3P8A13AYTPtrD3KUUk3toqIOnjl содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11cX9S2lDRBJ7iHAPrZ9779MO1mZ_UNvl презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1sEc5Cl8zgsPSMvHP4WQ64gOaRa06Gik5 содержание]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1eQ7NwWRA9aUs5R8n7efcctZsa1iLsnmD презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генетическая карта России. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RfFmdAE7d8Qw1Sa-DpxxOFpdGHBu7x2b содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dfGVgjTRm3vGJQ8op4WRAnT9bOgzgUnr презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1PPqAGcQBRH22ZBido_D46kTvNnTME7Pq содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Bs0EKBUCM6N3wW6I6c2rS6SNE4PpXScd презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1MV4AHEoakFinvamwNSb7ljKtT0JC_dL6 содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17-CHe5OCsCtYkjR1MQryCl8yIhzQey0d презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1kBVaCkmxvbw44vQdwJ0Lp1lX9Pg2C_h3 содержание] [https://drive.google.com/open?id=1SM4MOaB1HgRUe-xLIylkgpGCK0ppC0VB данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Чем и почему разные народы отличаются на уровне генов? <br /><br />
Светлана Александровна Боринская, доктор биологических наук, зав.лаб анализа генома Института общей генетики им. Н.И.Вавилова <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1lg_i2c-qGwRS-IwTQO_HEhM2_EwO_BfC презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8''' Распределение частот аллелей гена для MAOA в этнических группах, для LCT в единственной группе русских. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17XjDZQNyw_cN_eS3tB3xMy2Cq1AgFgIl содержание] [https://drive.google.com/open?id=1VD5TXHgLjAeoGVXU2jzbEPLl1CXDqE3y данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Вирусы. Общее строение и цикл воспроизведения. Структура коронавируса SARS-CoV-2. Как коронавирус заражает клетки человека. Вакцины и иммунный ответ. Вирус гриппа. <br />
[https://drive.google.com/open?id=1OQnC4riWK3eBBJp6cIoZ92Fxt1cHKbMz презентация]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Коронавирусы. Семейство коронавирусов. Геномика и протеомика. Эволюционный анализ коронавирусов SARS-cov-1 и SARS-cov-2 человека, летучих мышей и панголин. Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Y-ceNwkL1Ge4W0AtQBsHH4aT-rjs7iUa презентация] [https://drive.google.com/open?id=11VR2Q_dw31vpl1Ov2ZWhpHlft9m9kGpD видео]<br />
<br />
'''Семинар 10''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1DJ3F71jQlBuak2H0cq7FxWK0X1POfPV- содержание] [https://drive.google.com/open?id=1sB-_muNqfG5IIJoSnLyZg4-tqqo7rZo7 данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' История вакцинации. Вариоляция. БЦЖ. Типы вакцин. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1rJWyqiyplCJIr2nZi7pvHZWJT-i-XK_K презентация] <br />
<br />
'''Семинар 11''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 . <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hksd8NnJLwIJoYB_HUfVD3lMmoPqVUUd содержание] [https://drive.google.com/open?id=1kdVFoos5bMb21Uv2y-NWjpdMcxuT9i0N данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12''' Что нового по коронавирусу? Синтетические геномы. Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KZ8y-TEz8Idi7N_j6Mprt5YpSDyTvlhg презентация] <br />
<br />
'''Семинар 12''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
<br />
<br />
'''Лекция 13''' Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца. <br /><br />
[ презентация] <br />
<br />
'''Семинар 13''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11S3VmnYYlMQYwc8HHZ5pu1Fy2202O5_D содержание] [https://drive.google.com/open?id=1fkrgOvJQ1wv_5_0grKmbKC4mTKeLv8lQ данные]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=MinorBioinformatics&diff=40776
MinorBioinformatics
2020-04-28T22:58:24Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ztbsYvKollDlx81Wd5ovTpsyn9_CB9DV презентация]<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16fp0ihbVnmlo7LJ-D2HZqcOfBmNacy_J презентация]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1Ojg-FvNPtAgFqjn7LfzYnGn-6Mh4TkYj презентация] <br />
<br />
'''Лекция 5.''' Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация] <br />
<br />
'''Лекция 6.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=11J9VgXcfl5bHq20oGzkybUNhjhSUtgye презентация]<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. Белки и базы данных белков. Genbank, Uniprot, PDB.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mxx1aYBJ68GQjLc7ZmedyB-R_0xTOJWW презентация]<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Эволюционный отбор. Гены под действием положительного или отрицательного отбора.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1GofcpJZwkxbRYX0LSN_09dPmEtq8dOqd презентация]<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Поиск мотивов. Представление мотивов в виде позиционных весовых матриц (PWM).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1FTVkpMfYLSEdNH6RW8i-xXu3vQp7jwN8 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Вторичные структуры белка. Альфа-спираль и бета-лист.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11SZP3IE5yNEkCwdmlvuYo_M-QXUNz_ka презентация]<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qprIpzYvaQBnFHjG-dc_KOPv_n4ZMMma презентация]<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KyqBlnLG97l5ZqCksdssAZPulnoQMcU_ презентация]<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, крестообразные структуры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1IcnfVG8KdP9bOeGCV4NaV1FsXruHJb69 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 14.''' Аннотация геномов de novo.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hkVgI_EDKwj5qwAnndZFRDR1dnjptixr презентация]<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Семинары</big>'''<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hLa__Y062bnLyZ4-vytNgD-Pn61Ff0SC содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1jszxyxC9TIo_RMlfp6FDfWw7gOIKP7Sb?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Семинар 2''' Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=14zRZtVHzZEbtmBDOCZEiXSwufafvdsrR содержание] [https://drive.google.com/open?id=1ylKG_UwtBLNOEUJ49nvWePVhgfgaJsgN данные]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Введение в биопитон. <br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1x4iLR3eD1f983rBLmKID9rSJl3khFscL Питоновский ноутбук.]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1jYnA8_hATXKi1uyLI9qsPjVbCf_-iFyo содержание] [https://drive.google.com/open?id=1Jhdw2cPNk_R_P9KKuFrO4EEVyKSmIag4 данные]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16GteufrUZzYk-IQJSy5JPCo3kkRZIPcZ содержание] [https://drive.google.com/open?id=1M-EH5B8aCayXHkdttmIWJOFFXn0Er5Mt данные]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Изучение 3-х мерной структуры белка по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Lm9L0nEHp5LNL9rlTvWzxPJT-wgMbCbl содержание]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Определение генов под действием отбора. Отношение dN/dS. Программа PAML. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qHZn1hV5sTN70aRQrvhyRlRmcfHX7MnZ содержание]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Построение PWM с помощью сервиса RSAT. Представление мотива в виде LOGO. Сайты factorbook и Jaspar. Поиск мотивов de novo с помощью сайта MEME, RSAT и программы homer. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dk-fBBka2d1oedX4Vp1WDnwZrp3_lsBV содержание] [https://drive.google.com/open?id=1cPxSHB4MIPzjquzaTwfusq5M-mZ91vyJ данные]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Методы определения альфа-спирали и бета-структуры. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mE50tGlmffM1mqzUBGeeB8-x-eSLtNS9 содержание]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ctKRASiBBk1ni2rYMv1OEYMnlmewcBMm содержание] <br />
<br />
'''Семинар 12.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RzTM93wy1eijtbLGiLJD123NhL2PbZSk содержание]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1446-4Vz4nvi4Z5qr1fRwH-f8MSX141na содержание]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Серверы аннотации геномов Prokka, RAST, SEED. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=13f--z2iaCSnQz-JhhRiy0Vcb1nDWkltO содержание]<br />
<br />
<br />
'''Часть 2. Медицинская биоинформатика (модули 3-4)'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.<br />
<br />
<br />
'''Модуль 3. Геномика человека'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1QJo71NnlXMOVm933a2B9NIkercAQTtLz презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1x79MR89qmNK0EM2S2ckxHFsQRIpPDbEj содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1pUxqK8_GQTAeAB5Iv8er-Pfb-zTUt8v8 презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1wJT9C3P8A13AYTPtrD3KUUk3toqIOnjl содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11cX9S2lDRBJ7iHAPrZ9779MO1mZ_UNvl презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1sEc5Cl8zgsPSMvHP4WQ64gOaRa06Gik5 содержание]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1eQ7NwWRA9aUs5R8n7efcctZsa1iLsnmD презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генетическая карта России. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RfFmdAE7d8Qw1Sa-DpxxOFpdGHBu7x2b содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dfGVgjTRm3vGJQ8op4WRAnT9bOgzgUnr презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1PPqAGcQBRH22ZBido_D46kTvNnTME7Pq содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Bs0EKBUCM6N3wW6I6c2rS6SNE4PpXScd презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1MV4AHEoakFinvamwNSb7ljKtT0JC_dL6 содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17-CHe5OCsCtYkjR1MQryCl8yIhzQey0d презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1kBVaCkmxvbw44vQdwJ0Lp1lX9Pg2C_h3 содержание] [https://drive.google.com/open?id=1SM4MOaB1HgRUe-xLIylkgpGCK0ppC0VB данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Чем и почему разные народы отличаются на уровне генов? <br /><br />
Светлана Александровна Боринская, доктор биологических наук, зав.лаб анализа генома Института общей генетики им. Н.И.Вавилова <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1lg_i2c-qGwRS-IwTQO_HEhM2_EwO_BfC презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8''' Распределение частот аллелей гена для MAOA в этнических группах, для LCT в единственной группе русских. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17XjDZQNyw_cN_eS3tB3xMy2Cq1AgFgIl содержание] [https://drive.google.com/open?id=1VD5TXHgLjAeoGVXU2jzbEPLl1CXDqE3y данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Вирусы. Общее строение и цикл воспроизведения. Структура коронавируса SARS-CoV-2. Как коронавирус заражает клетки человека. Вакцины и иммунный ответ. Вирус гриппа. <br />
[https://drive.google.com/open?id=1OQnC4riWK3eBBJp6cIoZ92Fxt1cHKbMz презентация]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Коронавирусы. Семейство коронавирусов. Геномика и протеомика. Эволюционный анализ коронавирусов SARS-cov-1 и SARS-cov-2 человека, летучих мышей и панголин. Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Y-ceNwkL1Ge4W0AtQBsHH4aT-rjs7iUa презентация] [https://drive.google.com/open?id=11VR2Q_dw31vpl1Ov2ZWhpHlft9m9kGpD видео]<br />
<br />
'''Семинар 10''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1DJ3F71jQlBuak2H0cq7FxWK0X1POfPV- содержание] [https://drive.google.com/open?id=1sB-_muNqfG5IIJoSnLyZg4-tqqo7rZo7 данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' История вакцинации. Вариоляция. БЦЖ. Типы вакцин. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1rJWyqiyplCJIr2nZi7pvHZWJT-i-XK_K презентация] <br />
<br />
'''Семинар 11''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 . <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hksd8NnJLwIJoYB_HUfVD3lMmoPqVUUd содержание] [https://drive.google.com/open?id=1kdVFoos5bMb21Uv2y-NWjpdMcxuT9i0N данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12''' Что нового по коронавирусу? Синтетические геномы. Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KZ8y-TEz8Idi7N_j6Mprt5YpSDyTvlhg презентация] <br />
<br />
'''Семинар 12''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
<br />
<br />
'''Лекция 13''' Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца. <br /><br />
[ презентация] <br />
<br />
'''Семинар 13''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11S3VmnYYlMQYwc8HHZ5pu1Fy2202O5_D содержание][https://drive.google.com/open?id=1fkrgOvJQ1wv_5_0grKmbKC4mTKeLv8lQ данные]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=MinorBioinformatics&diff=40538
MinorBioinformatics
2020-04-21T21:55:03Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ztbsYvKollDlx81Wd5ovTpsyn9_CB9DV презентация]<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16fp0ihbVnmlo7LJ-D2HZqcOfBmNacy_J презентация]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1Ojg-FvNPtAgFqjn7LfzYnGn-6Mh4TkYj презентация] <br />
<br />
'''Лекция 5.''' Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация] <br />
<br />
'''Лекция 6.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=11J9VgXcfl5bHq20oGzkybUNhjhSUtgye презентация]<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. Белки и базы данных белков. Genbank, Uniprot, PDB.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mxx1aYBJ68GQjLc7ZmedyB-R_0xTOJWW презентация]<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Эволюционный отбор. Гены под действием положительного или отрицательного отбора.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1GofcpJZwkxbRYX0LSN_09dPmEtq8dOqd презентация]<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Поиск мотивов. Представление мотивов в виде позиционных весовых матриц (PWM).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1FTVkpMfYLSEdNH6RW8i-xXu3vQp7jwN8 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Вторичные структуры белка. Альфа-спираль и бета-лист.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11SZP3IE5yNEkCwdmlvuYo_M-QXUNz_ka презентация]<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qprIpzYvaQBnFHjG-dc_KOPv_n4ZMMma презентация]<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KyqBlnLG97l5ZqCksdssAZPulnoQMcU_ презентация]<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, крестообразные структуры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1IcnfVG8KdP9bOeGCV4NaV1FsXruHJb69 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 14.''' Аннотация геномов de novo.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hkVgI_EDKwj5qwAnndZFRDR1dnjptixr презентация]<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Семинары</big>'''<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hLa__Y062bnLyZ4-vytNgD-Pn61Ff0SC содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1jszxyxC9TIo_RMlfp6FDfWw7gOIKP7Sb?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Семинар 2''' Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=14zRZtVHzZEbtmBDOCZEiXSwufafvdsrR содержание] [https://drive.google.com/open?id=1ylKG_UwtBLNOEUJ49nvWePVhgfgaJsgN данные]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Введение в биопитон. <br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1x4iLR3eD1f983rBLmKID9rSJl3khFscL Питоновский ноутбук.]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1jYnA8_hATXKi1uyLI9qsPjVbCf_-iFyo содержание] [https://drive.google.com/open?id=1Jhdw2cPNk_R_P9KKuFrO4EEVyKSmIag4 данные]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16GteufrUZzYk-IQJSy5JPCo3kkRZIPcZ содержание] [https://drive.google.com/open?id=1M-EH5B8aCayXHkdttmIWJOFFXn0Er5Mt данные]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Изучение 3-х мерной структуры белка по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Lm9L0nEHp5LNL9rlTvWzxPJT-wgMbCbl содержание]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Определение генов под действием отбора. Отношение dN/dS. Программа PAML. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qHZn1hV5sTN70aRQrvhyRlRmcfHX7MnZ содержание]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Построение PWM с помощью сервиса RSAT. Представление мотива в виде LOGO. Сайты factorbook и Jaspar. Поиск мотивов de novo с помощью сайта MEME, RSAT и программы homer. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dk-fBBka2d1oedX4Vp1WDnwZrp3_lsBV содержание] [https://drive.google.com/open?id=1cPxSHB4MIPzjquzaTwfusq5M-mZ91vyJ данные]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Методы определения альфа-спирали и бета-структуры. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mE50tGlmffM1mqzUBGeeB8-x-eSLtNS9 содержание]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ctKRASiBBk1ni2rYMv1OEYMnlmewcBMm содержание] <br />
<br />
'''Семинар 12.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RzTM93wy1eijtbLGiLJD123NhL2PbZSk содержание]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1446-4Vz4nvi4Z5qr1fRwH-f8MSX141na содержание]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Серверы аннотации геномов Prokka, RAST, SEED. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=13f--z2iaCSnQz-JhhRiy0Vcb1nDWkltO содержание]<br />
<br />
<br />
'''Часть 2. Медицинская биоинформатика (модули 3-4)'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.<br />
<br />
<br />
'''Модуль 3. Геномика человека'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1QJo71NnlXMOVm933a2B9NIkercAQTtLz презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1x79MR89qmNK0EM2S2ckxHFsQRIpPDbEj содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1pUxqK8_GQTAeAB5Iv8er-Pfb-zTUt8v8 презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1wJT9C3P8A13AYTPtrD3KUUk3toqIOnjl содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11cX9S2lDRBJ7iHAPrZ9779MO1mZ_UNvl презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1sEc5Cl8zgsPSMvHP4WQ64gOaRa06Gik5 содержание]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1eQ7NwWRA9aUs5R8n7efcctZsa1iLsnmD презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генетическая карта России. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RfFmdAE7d8Qw1Sa-DpxxOFpdGHBu7x2b содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dfGVgjTRm3vGJQ8op4WRAnT9bOgzgUnr презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1PPqAGcQBRH22ZBido_D46kTvNnTME7Pq содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Bs0EKBUCM6N3wW6I6c2rS6SNE4PpXScd презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1MV4AHEoakFinvamwNSb7ljKtT0JC_dL6 содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17-CHe5OCsCtYkjR1MQryCl8yIhzQey0d презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1kBVaCkmxvbw44vQdwJ0Lp1lX9Pg2C_h3 содержание] [https://drive.google.com/open?id=1SM4MOaB1HgRUe-xLIylkgpGCK0ppC0VB данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Чем и почему разные народы отличаются на уровне генов? <br /><br />
Светлана Александровна Боринская, доктор биологических наук, зав.лаб анализа генома Института общей генетики им. Н.И.Вавилова <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1lg_i2c-qGwRS-IwTQO_HEhM2_EwO_BfC презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8''' Распределение частот аллелей гена для MAOA в этнических группах, для LCT в единственной группе русских. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17XjDZQNyw_cN_eS3tB3xMy2Cq1AgFgIl содержание] [https://drive.google.com/open?id=1VD5TXHgLjAeoGVXU2jzbEPLl1CXDqE3y данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Вирусы. Общее строение и цикл воспроизведения. Структура коронавируса SARS-CoV-2. Как коронавирус заражает клетки человека. Вакцины и иммунный ответ. Вирус гриппа. <br />
[https://drive.google.com/open?id=1OQnC4riWK3eBBJp6cIoZ92Fxt1cHKbMz презентация]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Коронавирусы. Семейство коронавирусов. Геномика и протеомика. Эволюционный анализ коронавирусов SARS-cov-1 и SARS-cov-2 человека, летучих мышей и панголин. Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Y-ceNwkL1Ge4W0AtQBsHH4aT-rjs7iUa презентация] [https://drive.google.com/open?id=11VR2Q_dw31vpl1Ov2ZWhpHlft9m9kGpD видео]<br />
<br />
'''Семинар 10''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1DJ3F71jQlBuak2H0cq7FxWK0X1POfPV- содержание] [https://drive.google.com/open?id=1sB-_muNqfG5IIJoSnLyZg4-tqqo7rZo7 данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' История вакцинации. Вариоляция. БЦЖ. Типы вакцин. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1rJWyqiyplCJIr2nZi7pvHZWJT-i-XK_K презентация] <br />
<br />
'''Семинар 11''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 . <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hksd8NnJLwIJoYB_HUfVD3lMmoPqVUUd содержание] [https://drive.google.com/open?id=1kdVFoos5bMb21Uv2y-NWjpdMcxuT9i0N данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12''' Что нового по коронавирусу? Синтетические геномы. Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KZ8y-TEz8Idi7N_j6Mprt5YpSDyTvlhg презентация] <br />
<br />
'''Семинар 12''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mz5D9nCpcEa-bOvZxv2lsqxqpbI_-FR2 содержание]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=MinorBioinformatics&diff=40531
MinorBioinformatics
2020-04-21T18:32:04Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ztbsYvKollDlx81Wd5ovTpsyn9_CB9DV презентация]<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16fp0ihbVnmlo7LJ-D2HZqcOfBmNacy_J презентация]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1Ojg-FvNPtAgFqjn7LfzYnGn-6Mh4TkYj презентация] <br />
<br />
'''Лекция 5.''' Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация] <br />
<br />
'''Лекция 6.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=11J9VgXcfl5bHq20oGzkybUNhjhSUtgye презентация]<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. Белки и базы данных белков. Genbank, Uniprot, PDB.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mxx1aYBJ68GQjLc7ZmedyB-R_0xTOJWW презентация]<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Эволюционный отбор. Гены под действием положительного или отрицательного отбора.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1GofcpJZwkxbRYX0LSN_09dPmEtq8dOqd презентация]<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Поиск мотивов. Представление мотивов в виде позиционных весовых матриц (PWM).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1FTVkpMfYLSEdNH6RW8i-xXu3vQp7jwN8 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Вторичные структуры белка. Альфа-спираль и бета-лист.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11SZP3IE5yNEkCwdmlvuYo_M-QXUNz_ka презентация]<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qprIpzYvaQBnFHjG-dc_KOPv_n4ZMMma презентация]<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KyqBlnLG97l5ZqCksdssAZPulnoQMcU_ презентация]<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, крестообразные структуры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1IcnfVG8KdP9bOeGCV4NaV1FsXruHJb69 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 14.''' Аннотация геномов de novo.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hkVgI_EDKwj5qwAnndZFRDR1dnjptixr презентация]<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Семинары</big>'''<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hLa__Y062bnLyZ4-vytNgD-Pn61Ff0SC содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1jszxyxC9TIo_RMlfp6FDfWw7gOIKP7Sb?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Семинар 2''' Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=14zRZtVHzZEbtmBDOCZEiXSwufafvdsrR содержание] [https://drive.google.com/open?id=1ylKG_UwtBLNOEUJ49nvWePVhgfgaJsgN данные]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Введение в биопитон. <br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1x4iLR3eD1f983rBLmKID9rSJl3khFscL Питоновский ноутбук.]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1jYnA8_hATXKi1uyLI9qsPjVbCf_-iFyo содержание] [https://drive.google.com/open?id=1Jhdw2cPNk_R_P9KKuFrO4EEVyKSmIag4 данные]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16GteufrUZzYk-IQJSy5JPCo3kkRZIPcZ содержание] [https://drive.google.com/open?id=1M-EH5B8aCayXHkdttmIWJOFFXn0Er5Mt данные]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Изучение 3-х мерной структуры белка по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Lm9L0nEHp5LNL9rlTvWzxPJT-wgMbCbl содержание]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Определение генов под действием отбора. Отношение dN/dS. Программа PAML. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qHZn1hV5sTN70aRQrvhyRlRmcfHX7MnZ содержание]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Построение PWM с помощью сервиса RSAT. Представление мотива в виде LOGO. Сайты factorbook и Jaspar. Поиск мотивов de novo с помощью сайта MEME, RSAT и программы homer. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dk-fBBka2d1oedX4Vp1WDnwZrp3_lsBV содержание] [https://drive.google.com/open?id=1cPxSHB4MIPzjquzaTwfusq5M-mZ91vyJ данные]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Методы определения альфа-спирали и бета-структуры. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mE50tGlmffM1mqzUBGeeB8-x-eSLtNS9 содержание]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ctKRASiBBk1ni2rYMv1OEYMnlmewcBMm содержание] <br />
<br />
'''Семинар 12.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RzTM93wy1eijtbLGiLJD123NhL2PbZSk содержание]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1446-4Vz4nvi4Z5qr1fRwH-f8MSX141na содержание]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Серверы аннотации геномов Prokka, RAST, SEED. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=13f--z2iaCSnQz-JhhRiy0Vcb1nDWkltO содержание]<br />
<br />
<br />
'''Часть 2. Медицинская биоинформатика (модули 3-4)'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.<br />
<br />
<br />
'''Модуль 3. Геномика человека'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1QJo71NnlXMOVm933a2B9NIkercAQTtLz презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1x79MR89qmNK0EM2S2ckxHFsQRIpPDbEj содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1pUxqK8_GQTAeAB5Iv8er-Pfb-zTUt8v8 презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1wJT9C3P8A13AYTPtrD3KUUk3toqIOnjl содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11cX9S2lDRBJ7iHAPrZ9779MO1mZ_UNvl презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1sEc5Cl8zgsPSMvHP4WQ64gOaRa06Gik5 содержание]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1eQ7NwWRA9aUs5R8n7efcctZsa1iLsnmD презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генетическая карта России. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RfFmdAE7d8Qw1Sa-DpxxOFpdGHBu7x2b содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dfGVgjTRm3vGJQ8op4WRAnT9bOgzgUnr презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1PPqAGcQBRH22ZBido_D46kTvNnTME7Pq содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Bs0EKBUCM6N3wW6I6c2rS6SNE4PpXScd презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1MV4AHEoakFinvamwNSb7ljKtT0JC_dL6 содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17-CHe5OCsCtYkjR1MQryCl8yIhzQey0d презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1kBVaCkmxvbw44vQdwJ0Lp1lX9Pg2C_h3 содержание] [https://drive.google.com/open?id=1SM4MOaB1HgRUe-xLIylkgpGCK0ppC0VB данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Чем и почему разные народы отличаются на уровне генов? <br /><br />
Светлана Александровна Боринская, доктор биологических наук, зав.лаб анализа генома Института общей генетики им. Н.И.Вавилова <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1lg_i2c-qGwRS-IwTQO_HEhM2_EwO_BfC презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8''' Распределение частот аллелей гена для MAOA в этнических группах, для LCT в единственной группе русских. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17XjDZQNyw_cN_eS3tB3xMy2Cq1AgFgIl содержание] [https://drive.google.com/open?id=1VD5TXHgLjAeoGVXU2jzbEPLl1CXDqE3y данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Вирусы. Общее строение и цикл воспроизведения. Структура коронавируса SARS-CoV-2. Как коронавирус заражает клетки человека. Вакцины и иммунный ответ. Вирус гриппа. <br />
[https://drive.google.com/open?id=1OQnC4riWK3eBBJp6cIoZ92Fxt1cHKbMz презентация]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Коронавирусы. Семейство коронавирусов. Геномика и протеомика. Эволюционный анализ коронавирусов SARS-cov-1 и SARS-cov-2 человека, летучих мышей и панголин. Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Y-ceNwkL1Ge4W0AtQBsHH4aT-rjs7iUa презентация] [https://drive.google.com/open?id=11VR2Q_dw31vpl1Ov2ZWhpHlft9m9kGpD видео]<br />
<br />
'''Семинар 10''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1DJ3F71jQlBuak2H0cq7FxWK0X1POfPV- содержание] [https://drive.google.com/open?id=1sB-_muNqfG5IIJoSnLyZg4-tqqo7rZo7 данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' История вакцинации. Вариоляция. БЦЖ. Типы вакцин. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1rJWyqiyplCJIr2nZi7pvHZWJT-i-XK_K презентация] <br />
<br />
'''Семинар 11''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 . <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hksd8NnJLwIJoYB_HUfVD3lMmoPqVUUd содержание] [https://drive.google.com/open?id=1kdVFoos5bMb21Uv2y-NWjpdMcxuT9i0N данные]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=MinorBioinformatics&diff=40530
MinorBioinformatics
2020-04-21T18:29:55Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ztbsYvKollDlx81Wd5ovTpsyn9_CB9DV презентация]<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16fp0ihbVnmlo7LJ-D2HZqcOfBmNacy_J презентация]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1Ojg-FvNPtAgFqjn7LfzYnGn-6Mh4TkYj презентация] <br />
<br />
'''Лекция 5.''' Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация] <br />
<br />
'''Лекция 6.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=11J9VgXcfl5bHq20oGzkybUNhjhSUtgye презентация]<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. Белки и базы данных белков. Genbank, Uniprot, PDB.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mxx1aYBJ68GQjLc7ZmedyB-R_0xTOJWW презентация]<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Эволюционный отбор. Гены под действием положительного или отрицательного отбора.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1GofcpJZwkxbRYX0LSN_09dPmEtq8dOqd презентация]<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Поиск мотивов. Представление мотивов в виде позиционных весовых матриц (PWM).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1FTVkpMfYLSEdNH6RW8i-xXu3vQp7jwN8 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Вторичные структуры белка. Альфа-спираль и бета-лист.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11SZP3IE5yNEkCwdmlvuYo_M-QXUNz_ka презентация]<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qprIpzYvaQBnFHjG-dc_KOPv_n4ZMMma презентация]<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KyqBlnLG97l5ZqCksdssAZPulnoQMcU_ презентация]<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, крестообразные структуры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1IcnfVG8KdP9bOeGCV4NaV1FsXruHJb69 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 14.''' Аннотация геномов de novo.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hkVgI_EDKwj5qwAnndZFRDR1dnjptixr презентация]<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Семинары</big>'''<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hLa__Y062bnLyZ4-vytNgD-Pn61Ff0SC содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1jszxyxC9TIo_RMlfp6FDfWw7gOIKP7Sb?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Семинар 2''' Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=14zRZtVHzZEbtmBDOCZEiXSwufafvdsrR содержание] [https://drive.google.com/open?id=1ylKG_UwtBLNOEUJ49nvWePVhgfgaJsgN данные]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Введение в биопитон. <br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1x4iLR3eD1f983rBLmKID9rSJl3khFscL Питоновский ноутбук.]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1jYnA8_hATXKi1uyLI9qsPjVbCf_-iFyo содержание] [https://drive.google.com/open?id=1Jhdw2cPNk_R_P9KKuFrO4EEVyKSmIag4 данные]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16GteufrUZzYk-IQJSy5JPCo3kkRZIPcZ содержание] [https://drive.google.com/open?id=1M-EH5B8aCayXHkdttmIWJOFFXn0Er5Mt данные]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Изучение 3-х мерной структуры белка по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Lm9L0nEHp5LNL9rlTvWzxPJT-wgMbCbl содержание]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Определение генов под действием отбора. Отношение dN/dS. Программа PAML. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qHZn1hV5sTN70aRQrvhyRlRmcfHX7MnZ содержание]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Построение PWM с помощью сервиса RSAT. Представление мотива в виде LOGO. Сайты factorbook и Jaspar. Поиск мотивов de novo с помощью сайта MEME, RSAT и программы homer. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dk-fBBka2d1oedX4Vp1WDnwZrp3_lsBV содержание] [https://drive.google.com/open?id=1cPxSHB4MIPzjquzaTwfusq5M-mZ91vyJ данные]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Методы определения альфа-спирали и бета-структуры. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mE50tGlmffM1mqzUBGeeB8-x-eSLtNS9 содержание]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ctKRASiBBk1ni2rYMv1OEYMnlmewcBMm содержание] <br />
<br />
'''Семинар 12.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RzTM93wy1eijtbLGiLJD123NhL2PbZSk содержание]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1446-4Vz4nvi4Z5qr1fRwH-f8MSX141na содержание]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Серверы аннотации геномов Prokka, RAST, SEED. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=13f--z2iaCSnQz-JhhRiy0Vcb1nDWkltO содержание]<br />
<br />
<br />
'''Часть 2. Медицинская биоинформатика (модули 3-4)'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.<br />
<br />
<br />
'''Модуль 3. Геномика человека'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1QJo71NnlXMOVm933a2B9NIkercAQTtLz презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1x79MR89qmNK0EM2S2ckxHFsQRIpPDbEj содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1pUxqK8_GQTAeAB5Iv8er-Pfb-zTUt8v8 презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1wJT9C3P8A13AYTPtrD3KUUk3toqIOnjl содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11cX9S2lDRBJ7iHAPrZ9779MO1mZ_UNvl презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1sEc5Cl8zgsPSMvHP4WQ64gOaRa06Gik5 содержание]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1eQ7NwWRA9aUs5R8n7efcctZsa1iLsnmD презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генетическая карта России. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RfFmdAE7d8Qw1Sa-DpxxOFpdGHBu7x2b содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dfGVgjTRm3vGJQ8op4WRAnT9bOgzgUnr презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1PPqAGcQBRH22ZBido_D46kTvNnTME7Pq содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Bs0EKBUCM6N3wW6I6c2rS6SNE4PpXScd презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1MV4AHEoakFinvamwNSb7ljKtT0JC_dL6 содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17-CHe5OCsCtYkjR1MQryCl8yIhzQey0d презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1kBVaCkmxvbw44vQdwJ0Lp1lX9Pg2C_h3 содержание] [https://drive.google.com/open?id=1SM4MOaB1HgRUe-xLIylkgpGCK0ppC0VB данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Чем и почему разные народы отличаются на уровне генов? <br /><br />
Светлана Александровна Боринская, доктор биологических наук, зав.лаб анализа генома Института общей генетики им. Н.И.Вавилова <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1lg_i2c-qGwRS-IwTQO_HEhM2_EwO_BfC презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8''' Распределение частот аллелей гена для MAOA в этнических группах, для LCT в единственной группе русских. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17XjDZQNyw_cN_eS3tB3xMy2Cq1AgFgIl содержание] [https://drive.google.com/open?id=1VD5TXHgLjAeoGVXU2jzbEPLl1CXDqE3y данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Вирусы. Общее строение и цикл воспроизведения. Структура коронавируса SARS-CoV-2. Как коронавирус заражает клетки человека. Вакцины и иммунный ответ. Вирус гриппа. <br />
[https://drive.google.com/open?id=1OQnC4riWK3eBBJp6cIoZ92Fxt1cHKbMz презентация]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Коронавирусы. Семейство коронавирусов. Геномика и протеомика. Эволюционный анализ коронавирусов SARS-cov-1 и SARS-cov-2 человека, летучих мышей и панголин. Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Y-ceNwkL1Ge4W0AtQBsHH4aT-rjs7iUa презентация] [https://drive.google.com/open?id=11VR2Q_dw31vpl1Ov2ZWhpHlft9m9kGpD видео]<br />
<br />
'''Семинар 10''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1DJ3F71jQlBuak2H0cq7FxWK0X1POfPV- содержание] [https://drive.google.com/open?id=1sB-_muNqfG5IIJoSnLyZg4-tqqo7rZo7 данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' История вакцинации.Вариоляция.БЦЖ.Типы вакцин. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1rJWyqiyplCJIr2nZi7pvHZWJT-i-XK_K презентация] <br />
<br />
<br />
'''Семинар 11''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 . <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hksd8NnJLwIJoYB_HUfVD3lMmoPqVUUd содержание] [https://drive.google.com/open?id=1kdVFoos5bMb21Uv2y-NWjpdMcxuT9i0N данные]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=MinorBioinformatics&diff=40342
MinorBioinformatics
2020-04-15T07:21:50Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ztbsYvKollDlx81Wd5ovTpsyn9_CB9DV презентация]<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16fp0ihbVnmlo7LJ-D2HZqcOfBmNacy_J презентация]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1Ojg-FvNPtAgFqjn7LfzYnGn-6Mh4TkYj презентация] <br />
<br />
'''Лекция 5.''' Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация] <br />
<br />
'''Лекция 6.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=11J9VgXcfl5bHq20oGzkybUNhjhSUtgye презентация]<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. Белки и базы данных белков. Genbank, Uniprot, PDB.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mxx1aYBJ68GQjLc7ZmedyB-R_0xTOJWW презентация]<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Эволюционный отбор. Гены под действием положительного или отрицательного отбора.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1GofcpJZwkxbRYX0LSN_09dPmEtq8dOqd презентация]<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Поиск мотивов. Представление мотивов в виде позиционных весовых матриц (PWM).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1FTVkpMfYLSEdNH6RW8i-xXu3vQp7jwN8 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Вторичные структуры белка. Альфа-спираль и бета-лист.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11SZP3IE5yNEkCwdmlvuYo_M-QXUNz_ka презентация]<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qprIpzYvaQBnFHjG-dc_KOPv_n4ZMMma презентация]<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KyqBlnLG97l5ZqCksdssAZPulnoQMcU_ презентация]<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, крестообразные структуры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1IcnfVG8KdP9bOeGCV4NaV1FsXruHJb69 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 14.''' Аннотация геномов de novo.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hkVgI_EDKwj5qwAnndZFRDR1dnjptixr презентация]<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Семинары</big>'''<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hLa__Y062bnLyZ4-vytNgD-Pn61Ff0SC содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1jszxyxC9TIo_RMlfp6FDfWw7gOIKP7Sb?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Семинар 2''' Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=14zRZtVHzZEbtmBDOCZEiXSwufafvdsrR содержание] [https://drive.google.com/open?id=1ylKG_UwtBLNOEUJ49nvWePVhgfgaJsgN данные]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Введение в биопитон. <br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1x4iLR3eD1f983rBLmKID9rSJl3khFscL Питоновский ноутбук.]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1jYnA8_hATXKi1uyLI9qsPjVbCf_-iFyo содержание] [https://drive.google.com/open?id=1Jhdw2cPNk_R_P9KKuFrO4EEVyKSmIag4 данные]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16GteufrUZzYk-IQJSy5JPCo3kkRZIPcZ содержание] [https://drive.google.com/open?id=1M-EH5B8aCayXHkdttmIWJOFFXn0Er5Mt данные]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Изучение 3-х мерной структуры белка по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Lm9L0nEHp5LNL9rlTvWzxPJT-wgMbCbl содержание]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Определение генов под действием отбора. Отношение dN/dS. Программа PAML. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qHZn1hV5sTN70aRQrvhyRlRmcfHX7MnZ содержание]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Построение PWM с помощью сервиса RSAT. Представление мотива в виде LOGO. Сайты factorbook и Jaspar. Поиск мотивов de novo с помощью сайта MEME, RSAT и программы homer. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dk-fBBka2d1oedX4Vp1WDnwZrp3_lsBV содержание] [https://drive.google.com/open?id=1cPxSHB4MIPzjquzaTwfusq5M-mZ91vyJ данные]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Методы определения альфа-спирали и бета-структуры. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mE50tGlmffM1mqzUBGeeB8-x-eSLtNS9 содержание]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ctKRASiBBk1ni2rYMv1OEYMnlmewcBMm содержание] <br />
<br />
'''Семинар 12.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RzTM93wy1eijtbLGiLJD123NhL2PbZSk содержание]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1446-4Vz4nvi4Z5qr1fRwH-f8MSX141na содержание]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Серверы аннотации геномов Prokka, RAST, SEED. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=13f--z2iaCSnQz-JhhRiy0Vcb1nDWkltO содержание]<br />
<br />
<br />
'''Часть 2. Медицинская биоинформатика (модули 3-4)'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.<br />
<br />
<br />
'''Модуль 3. Геномика человека'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1QJo71NnlXMOVm933a2B9NIkercAQTtLz презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1x79MR89qmNK0EM2S2ckxHFsQRIpPDbEj содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1pUxqK8_GQTAeAB5Iv8er-Pfb-zTUt8v8 презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1wJT9C3P8A13AYTPtrD3KUUk3toqIOnjl содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11cX9S2lDRBJ7iHAPrZ9779MO1mZ_UNvl презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1sEc5Cl8zgsPSMvHP4WQ64gOaRa06Gik5 содержание]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1eQ7NwWRA9aUs5R8n7efcctZsa1iLsnmD презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генетическая карта России. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RfFmdAE7d8Qw1Sa-DpxxOFpdGHBu7x2b содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dfGVgjTRm3vGJQ8op4WRAnT9bOgzgUnr презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1PPqAGcQBRH22ZBido_D46kTvNnTME7Pq содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Bs0EKBUCM6N3wW6I6c2rS6SNE4PpXScd презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1MV4AHEoakFinvamwNSb7ljKtT0JC_dL6 содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17-CHe5OCsCtYkjR1MQryCl8yIhzQey0d презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1kBVaCkmxvbw44vQdwJ0Lp1lX9Pg2C_h3 содержание] [https://drive.google.com/open?id=1SM4MOaB1HgRUe-xLIylkgpGCK0ppC0VB данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Чем и почему разные народы отличаются на уровне генов? <br /><br />
Светлана Александровна Боринская, доктор биологических наук, зав.лаб анализа генома Института общей генетики им. Н.И.Вавилова <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1lg_i2c-qGwRS-IwTQO_HEhM2_EwO_BfC презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8''' Распределение частот аллелей гена для MAOA в этнических группах, для LCT в единственной группе русских. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17XjDZQNyw_cN_eS3tB3xMy2Cq1AgFgIl содержание] [https://drive.google.com/open?id=1VD5TXHgLjAeoGVXU2jzbEPLl1CXDqE3y данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Вирусы. Общее строение и цикл воспроизведения. Структура коронавируса SARS-CoV-2. Как коронавирус заражает клетки человека. Вакцины и иммунный ответ. Вирус гриппа. <br />
[https://drive.google.com/open?id=1OQnC4riWK3eBBJp6cIoZ92Fxt1cHKbMz презентация]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Коронавирусы. Семейство коронавирусов. Геномика и протеомика. Эволюционный анализ коронавирусов SARS-cov-1 и SARS-cov-2 человека, летучих мышей и панголин. Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Y-ceNwkL1Ge4W0AtQBsHH4aT-rjs7iUa презентация] [https://drive.google.com/open?id=11VR2Q_dw31vpl1Ov2ZWhpHlft9m9kGpD видео]<br />
<br />
'''Семинар 10''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1DJ3F71jQlBuak2H0cq7FxWK0X1POfPV- содержание] [https://drive.google.com/open?id=1sB-_muNqfG5IIJoSnLyZg4-tqqo7rZo7 данные]<br />
<br />
'''Семинар 11''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 . <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hksd8NnJLwIJoYB_HUfVD3lMmoPqVUUd содержание] [https://drive.google.com/open?id=1kdVFoos5bMb21Uv2y-NWjpdMcxuT9i0N данные]</div>
Mpoptsova
https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=MinorBioinformatics&diff=40249
MinorBioinformatics
2020-04-11T18:30:24Z
<p>Mpoptsova: </p>
<hr />
<div>'''Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ztbsYvKollDlx81Wd5ovTpsyn9_CB9DV презентация]<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16fp0ihbVnmlo7LJ-D2HZqcOfBmNacy_J презентация]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1Ojg-FvNPtAgFqjn7LfzYnGn-6Mh4TkYj презентация] <br />
<br />
'''Лекция 5.''' Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация] <br />
<br />
'''Лекция 6.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=11J9VgXcfl5bHq20oGzkybUNhjhSUtgye презентация]<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. Белки и базы данных белков. Genbank, Uniprot, PDB.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mxx1aYBJ68GQjLc7ZmedyB-R_0xTOJWW презентация]<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Эволюционный отбор. Гены под действием положительного или отрицательного отбора.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1GofcpJZwkxbRYX0LSN_09dPmEtq8dOqd презентация]<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Поиск мотивов. Представление мотивов в виде позиционных весовых матриц (PWM).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1FTVkpMfYLSEdNH6RW8i-xXu3vQp7jwN8 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Вторичные структуры белка. Альфа-спираль и бета-лист.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11SZP3IE5yNEkCwdmlvuYo_M-QXUNz_ka презентация]<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qprIpzYvaQBnFHjG-dc_KOPv_n4ZMMma презентация]<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KyqBlnLG97l5ZqCksdssAZPulnoQMcU_ презентация]<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, крестообразные структуры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1IcnfVG8KdP9bOeGCV4NaV1FsXruHJb69 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 14.''' Аннотация геномов de novo.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hkVgI_EDKwj5qwAnndZFRDR1dnjptixr презентация]<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Семинары</big>'''<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hLa__Y062bnLyZ4-vytNgD-Pn61Ff0SC содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1jszxyxC9TIo_RMlfp6FDfWw7gOIKP7Sb?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Семинар 2''' Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=14zRZtVHzZEbtmBDOCZEiXSwufafvdsrR содержание] [https://drive.google.com/open?id=1ylKG_UwtBLNOEUJ49nvWePVhgfgaJsgN данные]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Введение в биопитон. <br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1x4iLR3eD1f983rBLmKID9rSJl3khFscL Питоновский ноутбук.]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1jYnA8_hATXKi1uyLI9qsPjVbCf_-iFyo содержание] [https://drive.google.com/open?id=1Jhdw2cPNk_R_P9KKuFrO4EEVyKSmIag4 данные]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16GteufrUZzYk-IQJSy5JPCo3kkRZIPcZ содержание] [https://drive.google.com/open?id=1M-EH5B8aCayXHkdttmIWJOFFXn0Er5Mt данные]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Изучение 3-х мерной структуры белка по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Lm9L0nEHp5LNL9rlTvWzxPJT-wgMbCbl содержание]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Определение генов под действием отбора. Отношение dN/dS. Программа PAML. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qHZn1hV5sTN70aRQrvhyRlRmcfHX7MnZ содержание]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Построение PWM с помощью сервиса RSAT. Представление мотива в виде LOGO. Сайты factorbook и Jaspar. Поиск мотивов de novo с помощью сайта MEME, RSAT и программы homer. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dk-fBBka2d1oedX4Vp1WDnwZrp3_lsBV содержание] [https://drive.google.com/open?id=1cPxSHB4MIPzjquzaTwfusq5M-mZ91vyJ данные]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Методы определения альфа-спирали и бета-структуры. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mE50tGlmffM1mqzUBGeeB8-x-eSLtNS9 содержание]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ctKRASiBBk1ni2rYMv1OEYMnlmewcBMm содержание] <br />
<br />
'''Семинар 12.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RzTM93wy1eijtbLGiLJD123NhL2PbZSk содержание]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1446-4Vz4nvi4Z5qr1fRwH-f8MSX141na содержание]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Серверы аннотации геномов Prokka, RAST, SEED. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=13f--z2iaCSnQz-JhhRiy0Vcb1nDWkltO содержание]<br />
<br />
<br />
'''Часть 2. Медицинская биоинформатика (модули 3-4)'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.<br />
<br />
<br />
'''Модуль 3. Геномика человека'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1QJo71NnlXMOVm933a2B9NIkercAQTtLz презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1x79MR89qmNK0EM2S2ckxHFsQRIpPDbEj содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1pUxqK8_GQTAeAB5Iv8er-Pfb-zTUt8v8 презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1wJT9C3P8A13AYTPtrD3KUUk3toqIOnjl содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11cX9S2lDRBJ7iHAPrZ9779MO1mZ_UNvl презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1sEc5Cl8zgsPSMvHP4WQ64gOaRa06Gik5 содержание]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1eQ7NwWRA9aUs5R8n7efcctZsa1iLsnmD презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генетическая карта России. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RfFmdAE7d8Qw1Sa-DpxxOFpdGHBu7x2b содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dfGVgjTRm3vGJQ8op4WRAnT9bOgzgUnr презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1PPqAGcQBRH22ZBido_D46kTvNnTME7Pq содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Bs0EKBUCM6N3wW6I6c2rS6SNE4PpXScd презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1MV4AHEoakFinvamwNSb7ljKtT0JC_dL6 содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17-CHe5OCsCtYkjR1MQryCl8yIhzQey0d презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1kBVaCkmxvbw44vQdwJ0Lp1lX9Pg2C_h3 содержание] [https://drive.google.com/open?id=1SM4MOaB1HgRUe-xLIylkgpGCK0ppC0VB данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Чем и почему разные народы отличаются на уровне генов? <br /><br />
Светлана Александровна Боринская, доктор биологических наук, зав.лаб анализа генома Института общей генетики им. Н.И.Вавилова <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1lg_i2c-qGwRS-IwTQO_HEhM2_EwO_BfC презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8''' Распределение частот аллелей гена для MAOA в этнических группах, для LCT в единственной группе русских. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17XjDZQNyw_cN_eS3tB3xMy2Cq1AgFgIl содержание] [https://drive.google.com/open?id=1VD5TXHgLjAeoGVXU2jzbEPLl1CXDqE3y данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Вирусы. Общее строение и цикл воспроизведения. Структура коронавируса SARS-CoV-2. Как коронавирус заражает клетки человека. Вакцины и иммунный ответ. Вирус гриппа. <br />
[https://drive.google.com/open?id=1OQnC4riWK3eBBJp6cIoZ92Fxt1cHKbMz презентация]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Коронавирусы. Семейство коронавирусов. Геномика и протеомика. Эволюционный анализ коронавирусов SARS-cov-1 и SARS-cov-2 человека, летучих мышей и панголин. Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Y-ceNwkL1Ge4W0AtQBsHH4aT-rjs7iUa презентация] [https://drive.google.com/open?id=11VR2Q_dw31vpl1Ov2ZWhpHlft9m9kGpD видео]<br />
<br />
'''Семинар 10''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1DJ3F71jQlBuak2H0cq7FxWK0X1POfPV- содержание] [https://drive.google.com/open?id=1sB-_muNqfG5IIJoSnLyZg4-tqqo7rZo7 данные]</div>
Mpoptsova