Просмотр кода страницы Факультатив Биоинформатика 2015

Это страница факультатива по биоинформатике, который читается на Факультете Компьютерных Наук в 1-2 модулях в 2015-2016 учебном году.

Проходит по вторникам в 301 аудитории в здании на Кончовском.

'''Лекторы и Семинаристы''' [http://wiki.cs.hse.ru/%D0%A3%D1%87%D0%B0%D1%81%D1%82%D0%BD%D0%B8%D0%BA:Vita_Stepanova В. Степанова], [http://wiki.cs.hse.ru/%D0%A3%D1%87%D0%B0%D1%81%D1%82%D0%BD%D0%B8%D0%BA:Aozalevsky А. Залевский], [http://wiki.cs.hse.ru/%D0%A3%D1%87%D0%B0%D1%81%D1%82%D0%BD%D0%B8%D0%BA:Ignat И. Колесниченко]

'''Контакты:''' по всем вопросам можно писать на почту ignat1990@gmail.com

===Описание курса===

Цель курса познакомиться с задачами, которыми занимается биоинформатика и изучать популярные инструменты для решения этих задач.

План курса следующий:

1. Введение в молекулярну биолгию (Мендель, белки)

2. Секвенирование. Секвенаторы. Сборка de novo, сборка выравниванием.

3. Базы данных геномов. Последовательности ДНК. Геномный контекст. Выравнивания нуклеотидных последовательностей. BLAST.

4. Сравнительная геномика. Филогения, аннотация.

5. Экспрессия генов. Сплайсинг. Секвенирование РНК. Дифференциальная экспрессия.

6. Трансляция белков. Базы данных белков (Uniprot, PDB). Белковые выравнивания и фолдинг белков.

7. Молекулярные механизмы работы лекарств. Процесс разработки лекарств. Скрининг. Докинг.

8. Полиморфизмы. Базы данных снипов. SNP-calling. Соотнесение со структурой.

9. Работа лекарств в организме. Метаболические пути. Токсичность, утилизация. Метаболиты распада.

10. Популяционная медицина. Тестирование на пациентах.

===Отчётность по курсу и критерии оценки===

В течении курса вам будет предложено выполнить 8-12 домашних заданий. Для получения зачета по курсу необходимо сделать 80% из всех домашних заданий. Все домашние задания будут иметь deadline-ы, после которых они приниматься не будут.

В случае, если вы сдадите хотя бы 50% домашних заданий, в конце семестра у вас будет возможность выбрать себе проект или статью, согласовать её с нами и в течении нескольких недель выполнить (проекта) или разобраться в статье. После чего статью/проект надо будет защитить.

===Домашние задания  ===

Здесь будут публиковаться домашние задания по курсу.

===Лекции и семинары===

====Лекция 1. (15.09.2015)====
Что такое биоинформатика. Внутреннее устройство эукариотической клетки. [https://yadi.sk/i/KYto_g6ujHJiu Слайды].

====Семинар 1. (15.09.2015)====
Введение в LINUX: учились заходить на учебный сервер, решали несложную задачку по работе с файлами. [https://yadi.sk/i/S3WvkkWXjHJfz Слайды].

====Лекция 2. (22.09.2015)====
Подробное описание структуры ДНК, хроматина, хромосом. Описание механизма репликации ДНК.

====Семинар 2. (22.09.2015)====
Bash. Основные конструкции языка: строки, числа, циклы, if-ы. Полезные утилиты: grep, find, wc, tmux. [https://yadi.sk/i/wLv9tn5IjHJht Слайды].

===Рекомендуемая литература  ===
==== Молекулярная биология ====
# [http://www.chem.msu.su/rus/elibrary/pic-sternberg/all.pdf Введение в молекулярную биологию], Э. Рис, М. Стернберг
# [http://biology.org.ua/files/lib/Alberts_et_al_vol1.pdf Молекулярная биология клетки], Б. Альбертс
# Курс [https://stepic.org/course/%D0%9C%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%BA%D1%83%D0%BB%D1%8F%D1%80%D0%BD%D0%B0%D1%8F-%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F-%D0%B8-%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0-70/syllabus?section=1 Молекулярной биологии] на stepic.org
==== Биоинформатика ====
# [http://www.sanger.ac.uk/resources/software/pagit/ Post Assembly Genome Improvement Toolkit]

===Новости===

В этом разделе публикуется текущая информация по курсу (переносы лекций, изменения в запланированной программе,...)