Моделирование пространственной структуры РНК (проект) - История изменений

Aozalevsky в 15:20, 18 декабря 2014

2014-12-18T15:20:14Z

← Предыдущая версия		Версия от 15:20, 18 декабря 2014
Строка 1:		Строка 1:
	~~{{Карточка_проекта~~
	~~\|name=Моделирование пространственной структуры РНК. Бэкенд.~~
	~~\|mentor=Залевский Артур~~
	~~\|mentor_login={{URLENCODE:Aozalevsky\|WIKI}}~~
	~~\|semester=Весна 2015~~
	~~\|course=1~~
	~~\|summer=~~
	~~\|categorize=yes~~
	}}

	=== Что это за проект? ===		=== Что это за проект? ===
	Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.		Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.

Aozalevsky в 15:13, 18 декабря 2014

2014-12-18T15:13:46Z

← Предыдущая версия		Версия от 15:13, 18 декабря 2014
Строка 1:		Строка 1:
	{{Карточка_проекта		{{Карточка_проекта
	\|name=Моделирование пространственной структуры РНК		\|name=Моделирование пространственной структуры РНК. Бэкенд.
	\|mentor=Залевский Артур		\|mentor=Залевский Артур
	\|mentor_login={{URLENCODE:Aozalevsky\|WIKI}}		\|mentor_login={{URLENCODE:Aozalevsky\|WIKI}}

Aozalevsky в 16:05, 5 декабря 2014

2014-12-05T16:05:57Z

← Предыдущая версия		Версия от 16:05, 5 декабря 2014
Строка 2:		Строка 2:
	\|name=Моделирование пространственной структуры РНК		\|name=Моделирование пространственной структуры РНК
	\|mentor=Залевский Артур		\|mentor=Залевский Артур
	\|mentor_login={{URLENCODE:~~Vita Stepanova~~\|WIKI}}		\|mentor_login={{URLENCODE:Aozalevsky\|WIKI}}
	\|semester=Весна 2015		\|semester=Весна 2015
	\|course=1		\|course=1

Vita Stepanova: /* Направления развития */

2014-11-30T11:34:57Z

Направления развития

← Предыдущая версия		Версия от 11:34, 30 ноября 2014
Строка 35:		Строка 35:

	=== Направления развития ===		=== Направления развития ===
	#* Использовать возможности Nvidia CUDA для работы с линейной алгеброй		* Использовать возможности Nvidia CUDA для работы с линейной алгеброй
	#* Задокументировать и опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО.		* Задокументировать и опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО.
	#* Опубликовать статью о веб-сервисе в рецензируемом англоязычном журнале.		* Опубликовать статью о веб-сервисе в рецензируемом англоязычном журнале.
	#* Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных.		* Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных.
	#* Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.		* Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.

	=== Критерии оценки ===		=== Критерии оценки ===

Vita Stepanova: /* Темы вводных занятий */

2014-11-30T11:34:44Z

Темы вводных занятий

← Предыдущая версия		Версия от 11:34, 30 ноября 2014
Строка 32:		Строка 32:

	=== Темы вводных занятий ===		=== Темы вводных занятий ===
	#* Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.		* Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.

	=== Направления развития ===		=== Направления развития ===

Vita Stepanova: /* Какие будут использоваться технологии? */

2014-11-30T11:34:35Z

Какие будут использоваться технологии?

← Предыдущая версия		Версия от 11:34, 30 ноября 2014
Строка 24:		Строка 24:

	=== Какие будут использоваться технологии? ===		=== Какие будут использоваться технологии? ===
	#* mercurial/git		* mercurial/git
	#* Shell, Python		* Shell, Python
	#* [http://www.gromacs.org GROMACS]		* [http://www.gromacs.org GROMACS]
	#* [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta]		* [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta]
	#* [http://www.pymol.org PyMOL], [http://jmol.sourceforge.net Jmol]		* [http://www.pymol.org PyMOL], [http://jmol.sourceforge.net Jmol]
	#* [http://www.web2py.com/ Web2Py]		* [http://www.web2py.com/ Web2Py]

	=== Темы вводных занятий ===		=== Темы вводных занятий ===

Vita Stepanova: /* Какие начальные требования? */

2014-11-30T11:34:19Z

Какие начальные требования?

← Предыдущая версия		Версия от 11:34, 30 ноября 2014
Строка 18:		Строка 18:

	=== Какие начальные требования? ===		=== Какие начальные требования? ===
	#* Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.		* Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.
	#* Развитое пространственное мышление и некоторое знакомство с линейной алгеброй.		* Развитое пространственное мышление и некоторое знакомство с линейной алгеброй.
	#* Базовые знания ОС GNU/Linux.		* Базовые знания ОС GNU/Linux.
	#* Базовые знания Shell, Perl, Python.		* Базовые знания Shell, Perl, Python.

	=== Какие будут использоваться технологии? ===		=== Какие будут использоваться технологии? ===

Vita Stepanova: /* Чему вы научитесь? */

2014-11-30T11:34:04Z

Чему вы научитесь?

← Предыдущая версия		Версия от 11:34, 30 ноября 2014
Строка 13:		Строка 13:

	=== Чему вы научитесь? ===		=== Чему вы научитесь? ===
	#* Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.		* Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.
	#* Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.		* Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.
	#* Приобретете опыт по разработке веб-сервисов научной направленности.		* Приобретете опыт по разработке веб-сервисов научной направленности.

	=== Какие начальные требования? ===		=== Какие начальные требования? ===

Vita Stepanova: Новая страница, с помощью формы Новый_проект

2014-11-30T11:33:37Z

Новая страница, с помощью формы Новый_проект

Новая страница

{{Карточка_проекта
|name=Моделирование пространственной структуры РНК
|mentor=Залевский Артур
|mentor_login={{URLENCODE:Vita Stepanova|WIKI}}
|semester=Весна 2015
|course=1
|summer=
|categorize=yes
}}

=== Что это за проект? ===
Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.

=== Чему вы научитесь? ===
#* Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.
#* Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.
#* Приобретете опыт по разработке веб-сервисов научной направленности.

=== Какие начальные требования? ===
#* Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.
#* Развитое пространственное мышление и некоторое знакомство с линейной алгеброй.
#* Базовые знания ОС GNU/Linux.
#* Базовые знания Shell, Perl, Python.

=== Какие будут использоваться технологии? ===
#* mercurial/git
#* Shell, Python
#* [http://www.gromacs.org GROMACS]
#* [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta]
#* [http://www.pymol.org PyMOL], [http://jmol.sourceforge.net Jmol]
#* [http://www.web2py.com/ Web2Py]

=== Темы вводных занятий ===
#* Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.

=== Направления развития ===
#* Использовать возможности Nvidia CUDA для работы с линейной алгеброй
#* Задокументировать и опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО.
#* Опубликовать статью о веб-сервисе в рецензируемом англоязычном журнале.
#* Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных.
#* Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.

=== Критерии оценки ===
4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, реализовать минимальный фронтэнд. <br/>
6-7 Реализовать полноценные бэк- и фронтэнды, задокументировать код.<br/>
8-10 Опубликовать исходные коды под одной из лицензий для СПО. uuПринять участие в подготовке статьи к публикации.