Моделирование пространственной структуры РНК (back-end) (проект) - История изменений

Ira dolgaleva в 07:44, 20 октября 2015

2015-10-20T07:44:01Z

← Предыдущая версия		Версия от 07:44, 20 октября 2015
Строка 7:		Строка 7:
	\|summer=		\|summer=
	\|categorize=yes		\|categorize=yes
			\|is_archived=yes
	}}		}}

Aozalevsky в 12:21, 17 января 2015

2015-01-17T12:21:01Z

← Предыдущая версия		Версия от 12:21, 17 января 2015
Строка 33:		Строка 33:

	=== Направления развития ===		=== Направления развития ===
	* ~~Творчески переработать cуществующий прототип~~ и ~~задокументировать код~~;		* Чтение файлов формата [http://rna.urmc.rochester.edu/Text/File_Formats.html dot-bracket и ct];
	* ~~Реализовать восстановление~~ полноатомной модели;		* Подготовка крупнозернистой модели и входных файлов для GROMACS;
			* Восстановление полноатомной модели;
			* Задокументировать код;
	* Опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО;		* Опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО;
	* Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных;		* Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных;
	* Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот;		* Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.

	=== Критерии оценки ===		=== Критерии оценки ===
	4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, задокументировать код; <br/>		4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда (чтение dot-bracket и ct, крупнозернистая модель), задокументировать код; <br/>
	6-7 Реализовать полноценный бэкенд, реализовать восстановление полноатомной модели;<br/>		6-7 Реализовать полноценный бэкенд, реализовать восстановление полноатомной модели;<br/>
	8-10 Увеличить количество входных форматов. Опубликовать код под СПО лицензией. По желанию, принять участие в конкурсе по оценке качества алгоритмов.		8-10 Увеличить количество входных форматов. Опубликовать код под СПО лицензией. По желанию, принять участие в конкурсе по оценке качества алгоритмов.

Aozalevsky в 15:37, 18 декабря 2014

2014-12-18T15:37:40Z

← Предыдущая версия		Версия от 15:37, 18 декабря 2014
Строка 41:		Строка 41:
	=== Критерии оценки ===		=== Критерии оценки ===
	4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, задокументировать код; <br/>		4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, задокументировать код; <br/>
	6-7 Реализовать полноценный бэкенд, реализовать восстановление полноатомной модели;		6-7 Реализовать полноценный бэкенд, реализовать восстановление полноатомной модели;<br/>
	8-10 Увеличить количество входных форматов. Опубликовать код под СПО лицензией. По желанию, принять участие в конкурсе по оценке качества алгоритмов.		8-10 Увеличить количество входных форматов. Опубликовать код под СПО лицензией. По желанию, принять участие в конкурсе по оценке качества алгоритмов.

Aozalevsky в 15:37, 18 декабря 2014

2014-12-18T15:37:13Z

← Предыдущая версия		Версия от 15:37, 18 декабря 2014
Строка 15:		Строка 15:
	* Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.		* Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.
	* Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.		* Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.
	* Приобретете опыт по разработке веб-сервисов научной направленности.

	=== Какие начальные требования? ===		=== Какие начальные требования? ===
Строка 28:		Строка 27:
	* [http://www.gromacs.org GROMACS]		* [http://www.gromacs.org GROMACS]
	* [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta]		* [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta]
	* [http://www.pymol.org PyMOL~~], [http://jmol.sourceforge.net Jmol]~~		* [http://www.pymol.org PyMOL]
	* [http://www.web2py.com/ Web2Py]

	=== Темы вводных занятий ===		=== Темы вводных занятий ===
Строка 35:		Строка 33:

	=== Направления развития ===		=== Направления развития ===
	* ~~Использовать возможности Nvidia CUDA для работы с линейной алгеброй~~		* Творчески переработать cуществующий прототип и задокументировать код;
	* ~~Задокументировать и опубликовать~~ весь код под одной из лицензий для СПО.		* Реализовать восстановление полноатомной модели;
	* Опубликовать статью о веб-сервисе в рецензируемом англоязычном журнале.		* Опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО;
	* Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных.		* Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных;
	* Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.		* Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот;

	=== Критерии оценки ===		=== Критерии оценки ===
	4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, ~~реализовать минимальный фронтэнд.~~ <br/>		4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, задокументировать код; <br/>
	6-7 Реализовать ~~полноценные бэк- и фронтэнды~~, ~~задокументировать код.<br/>~~		6-7 Реализовать полноценный бэкенд, реализовать восстановление полноатомной модели;
	8-10 Опубликовать ~~исходные коды~~ под ~~одной из лицензий для~~ СПО. ~~uuПринять~~ участие в ~~подготовке статьи к публикации~~.		8-10 Увеличить количество входных форматов. Опубликовать код под СПО лицензией. По желанию, принять участие в конкурсе по оценке качества алгоритмов.

Aozalevsky: Новая страница: «{{Карточка_проекта |name=Моделирование пространственной структуры РНК (back-end) |mentor=Залевски…»

2014-12-18T15:19:44Z

Новая страница: «{{Карточка_проекта |name=Моделирование пространственной структуры РНК (back-end) |mentor=Залевски…»

Новая страница

{{Карточка_проекта
|name=Моделирование пространственной структуры РНК (back-end)
|mentor=Залевский Артур
|mentor_login={{URLENCODE:Aozalevsky|WIKI}}
|semester=Весна 2015
|course=1
|summer=
|categorize=yes
}}

=== Что это за проект? ===
Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.

=== Чему вы научитесь? ===
* Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.
* Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.
* Приобретете опыт по разработке веб-сервисов научной направленности.

=== Какие начальные требования? ===
* Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.
* Развитое пространственное мышление и некоторое знакомство с линейной алгеброй.
* Базовые знания ОС GNU/Linux.
* Базовые знания Shell, Perl, Python.

=== Какие будут использоваться технологии? ===
* mercurial/git
* Shell, Python
* [http://www.gromacs.org GROMACS]
* [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta]
* [http://www.pymol.org PyMOL], [http://jmol.sourceforge.net Jmol]
* [http://www.web2py.com/ Web2Py]

=== Темы вводных занятий ===
* Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.

=== Направления развития ===
* Использовать возможности Nvidia CUDA для работы с линейной алгеброй
* Задокументировать и опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО.
* Опубликовать статью о веб-сервисе в рецензируемом англоязычном журнале.
* Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных.
* Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.

=== Критерии оценки ===
4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, реализовать минимальный фронтэнд. <br/>
6-7 Реализовать полноценные бэк- и фронтэнды, задокументировать код.<br/>
8-10 Опубликовать исходные коды под одной из лицензий для СПО. uuПринять участие в подготовке статьи к публикации.