Майнор Биоинформатика 2 год 2021/22: различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к навигации Перейти к поиску
← Предыдущая правка
Нет описания правки
 
(не показаны 42 промежуточные версии 2 участников)
Строка 1: Строка 1:


== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
[https://www.hse.ru/edu/courses/346231907 Страница курса]
[https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0rIn0TKC6SFd80nMNxycf3H Видео всех лекций и семинаров]
[https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0rIn0TKC6SFd80nMNxycf3H Видео всех лекций и семинаров]


[https://www.hse.ru/edu/courses/346231907 Страница курса]
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==
[https://www.hse.ru/edu/courses/346231221 Страница курса]
 
[https://youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0pUC2TmTTnc87ZQphTOtGCu Видео всех лекций и семинаров]
 
=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4  +  0.5*ПРОЕКТ)
Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э.
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
 
=== ПРОЕКТ ===
* [https://docs.google.com/document/d/1kU0Q6192Wc4tE080A2ZqZUFkjX7Ls_OVvc2gIDuKYx0 Инструкции для выполнения проекта (индивидуальная часть)]
** Вопросы по индивидуальной части проекта -- '''[https://t.me/Murad_Omar Мурад Омаров]'''
* [https://docs.google.com/document/d/1c-IRwkKbArffkN1RVJHRD_iX0J41pCBBcVPCRd0ExYc Инструкции для выполнения проекта (групповая часть)]
** Вопросы по групповой части проекта -- '''[https://t.me/zelenea Елена Зеленова]'''
 
=== Домашние задания ===
* [https://docs.google.com/document/d/1igEZMUzpndO9n5V0lYjWedxZ0zMDVLbB8XoEiasEK5w/edit Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК]
** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/Murad_Omar Мурад Омаров]'''
* [https://docs.google.com/document/d/1bPVShA20DJureQI5SPLIb8_Ls3vTnrX46WunIZkpgFk/edit Домашнее задание 2 - Модификации гистонов]
** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/markmitt Марк Гарницкий]'''
* [https://docs.google.com/document/d/1Kq3_L6URKQy5O2hg6qmfKQVgOm7fayuZ-BZsdQ7LCA4/edit Домашнее задание 3 - ChromHMM]
** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/zelenea Елена Зеленова]'''
* [https://docs.google.com/document/d/1iHAbO8ygHzO8tXACq_bMFZ1oIp8sl5goqv-KMMOiZ8k/edit Домашнее задание 4 - single-cell RNA-seq]
** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/markmitt Марк Гарницкий]'''


== Модули 3 и 4 ==
=== Лекции и семинары ===
* Занятие 1:
** [https://youtu.be/xMmLFWcwa5I Видео лекции и семинара]
** Лекция '''Введение в эпигеномику''': [https://drive.google.com/file/d/15YfpPcPlrvQJEIHv1CuwotOnJEDZMSAI/view?usp=sharing слайды]
** Семинар '''Формат .bed и утилита bedtools''': [https://drive.google.com/file/d/166d5i3n3xcrK1AzczHynawLrGZ-HtjVH/view?usp=sharing слайды] | [https://colab.research.google.com/drive/1Xni3_z0mD7RSIdxUtOsiM6oWecDYZ6xH?usp=sharing Google Colab ноутбук]
* Занятие 2:
** [https://youtu.be/uWbqlGCopTY Видео лекции и семинара]
** Лекция '''Метилирование ДНК (введение)''': [https://drive.google.com/file/d/1N6fjXW7hKuQASbgK_ERIuSr62d6ZlUNF/view?usp=sharing слайды]
** Семинар '''Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1, Мурад Омаров)'''
* Занятие 3:
** [https://www.youtube.com/watch?v=Fk_-uRiB7hA&list=PLEwK9wdS5g0pUC2TmTTnc87ZQphTOtGCu&index=3 Видео лекции и семинара]
** Лекция '''Методы определения метилирования ДНК''': [https://drive.google.com/file/d/1QJoKQT8lFjlaPIm8qmkpaVrK1TBKaL9t/view?usp=sharing слайды]
** Семинар '''Анализ частоты CpG''': [https://colab.research.google.com/drive/1qlZ6LCmrzVPItzMGCEgVc8OqfB6p2742#scrollTo=G-2YPdmFQoLo Google colab]
* Занятие 4:
** [https://www.youtube.com/watch?v=lZlLCxZ5A0o Видео лекции и семинара]
** Лекция '''Модификации гистонов (введение), проект ENCODE''': [https://drive.google.com/file/d/1TfKWkSw58-bmN7ISU7qDZJKmLaCPV1GE/view?usp=sharing слайды]
** Семинар '''Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)'''
* Занятие 5:
** [https://youtu.be/KSprBrOW1z0 Видео лекции и семинара]
** Лекция '''Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных''': [https://drive.google.com/file/d/1bQ42hP34VKujMWLG_sEC2wP-a5u5JcIR/view?usp=sharing слайды]
** Семинар '''NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2, Марк Гарницкий)'''
* Занятие 6:
** [https://youtu.be/c4Kqb0W0QxQ Видео лекции]
** Лекция '''Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)''': [https://drive.google.com/file/d/1b3BtMKFEakvtf_php88q9GGWlu1TTjEM/view?usp=sharing слайды]
* Занятие 7:
** [https://youtu.be/Gn0FNATr9Lk Видео лекции и семинара]
** Лекция '''ChromHMM''': [https://drive.google.com/file/d/1ce2B12d6XHiDw-SIxSbrA0PGc5cQ1_xH/view?usp=sharing слайды]
** Семинар '''ChromHMM (домашнее задание № 3, Елена Зеленова)'''
** Дополнительная информацию по алгоритму ChromHMM:
*** Оригинальная статья: [https://drive.google.com/file/d/1uftwCcvl1lW4sAVPvka0JFIr5A9kLbF6/view?usp=sharing Ernst and Kellis, 2010] ([https://drive.google.com/file/d/1IpAnwt87zd_BDBHR1OegFKyPSonJdTvY/view?usp=sharing доп. материалы])
*** [https://drive.google.com/file/d/13arbMnbZ0Cgpj_vD-Aq2KtBjPQyoNFgR/view?usp=sharing Manual], [https://drive.google.com/file/d/1HkinpVOt0mZiYvICZiIz7i9YgnlSLYXJ/view?usp=sharing Tutorial]
*** [https://youtu.be/qaalIf6bn1k?t=3679 Запись лекции автора ChromHMM Манолиса Келлиса из MIT]
* Занятие 8:
** [https://youtu.be/cZdfKDz-rWE Видео лекции]
** Лекция '''Одноклеточное секвенирование - scRNA-seq''': [https://drive.google.com/file/d/1enSPQ0fWlHQSRNXdFNCV7Xf2ec29xeJZ/view?usp=sharing слайды]
* Занятие 9:
** [https://youtu.be/roWUZcMF3VU Видео лекции]
** Лекция '''Одноклеточное секвенирование - эпигеномика''': [https://drive.google.com/file/d/1XW0vlNyD81_bwoBXbgrSLI41KnJ9nZus/view?usp=sharing слайды]
* Занятие 10:
** [https://youtu.be/bywqe5_Ck9k Видео лекции]
** Лекция '''Филогенетика''': [https://drive.google.com/file/d/1kE_rbne5e2-pMgLBh34-zEyKxIE8-R39/view?usp=sharing слайды]
* Занятие 11:
** [https://youtu.be/Tpkue0vnjV4 Видео лекции и семинара]
** Лекция '''Генетическая инженерия 1 -- введение''': [https://drive.google.com/file/d/1mrOpFc0qKOd-ErOuinTPat6el_XtPrUE/view?usp=sharing слайды]
* Занятие 12:
** [https://youtu.be/qM0sga4nrvQ Видео лекции и семинара]
** Лекция '''Генетическая инженерия 2 -- CRISPR'''
** Семинар '''single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4)'''
* Занятие 13:
** [https://youtu.be/BK1aib2Ml64 Видео лекции и семинара]
** Лекция '''Генетическая инженерия 3 -- CRISPR'''
** Семинар '''Работа в лаборатории'''
* Занятие 14:
* Занятие 14:
** Видео лекции и семинара (будет добавлено позже)
** [https://youtu.be/BK1aib2Ml64 Видео лекции и семинара]
** Лекция '''Введение в эпигенетику''':
** Лекция '''Генетическая инженерия 4 -- стволовые клетки'''
*** [https://drive.google.com/file/d/15YfpPcPlrvQJEIHv1CuwotOnJEDZMSAI/view?usp=sharing слайды]
** Семинар '''single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4 - обсуждение)'''
** Семинар '''Формат .bed и утилита bedtools''':
* Занятие 15:
*** [https://drive.google.com/file/d/166d5i3n3xcrK1AzczHynawLrGZ-HtjVH/view?usp=sharing слайды]
** [https://youtu.be/E7MFLzMoa78 Видео лекции и семинара]
*** [https://colab.research.google.com/drive/1Xni3_z0mD7RSIdxUtOsiM6oWecDYZ6xH?usp=sharing Google Colab ноутбук]
** Лекция '''Вторичные структуры ДНК''': [https://drive.google.com/file/d/1ypI_MkwDOe0IsEmiIsNhpdYEFygtFhhI/view?usp=sharing слайды]
** Семинар '''Проект - введение'''
* Занятие 16:
** Лекция '''In Silico Medicine''': [https://youtu.be/tx5S9NfvZtA Видео]
** Семинар '''Проект (индивидуальная часть)''': [https://youtu.be/ikFokCLMrh4 Видео]
* Занятие 17:
** Лекция '''MS Decisions''':
** Семинар '''Проект (индивидуальная часть)''': [https://youtu.be/Y8sPgiDXP6I Видео]
* Занятие 18:
** Лекция '''Алан Герберт (Z-DNA)''': [https://youtu.be/EZFeXivuQL8 Видео]
** Семинар '''Проект (групповая часть)''': [https://youtu.be/7tjQOKyhLNM Видео]
* Занятие 19:
** Защиты проекта группами: [https://youtu.be/4vP0GPiwZ4Q Видео]

Текущая версия от 12:43, 19 июня 2022

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Страница курса

Видео всех лекций и семинаров

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Страница курса

Видео всех лекций и семинаров

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4  +  0.5*ПРОЕКТ)
Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э.
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

ПРОЕКТ

Домашние задания

Лекции и семинары

Источник — https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2021/22&oldid=70819