Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23: различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к навигации Перейти к поиску
← Предыдущая правка
Нет описания правки
м Поменял местами модули
 
(не показано 12 промежуточных версий 2 участников)
Строка 1: Строка 1:
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==
=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.5*ДЗ  +  0.5*ПРОЕКТ), где
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
=== Лекции и семинары ===
[https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0qvZ1dO-dAxqGLGafjlXBNl Записи всех лекций и семинаров]
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 19.01
||
Введение в эпигеномику --
[https://youtu.be/VEe4DRuL3E4 видео],
[https://drive.google.com/file/d/197lHizC7dxyWF9Or7-BAVtEUUM3YUy8r/view?usp=sharing слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/7LZX93Jrx5s видео],
[https://colab.research.google.com/drive/12KTBm9wAQGoLmKjPIkublh6zjw4njlRl?usp=sharing тетрадка]
|-
| 2
|| 26.01
||
Метилирование ДНК (введение) --
[https://youtu.be/T2qrBr092Ig видео],
[https://drive.google.com/file/d/1CoFnoYfSX2upXNvNT1Sw6dlAcKeiI6J_/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК (Егор Фурсов) --
[https://youtu.be/UfA1v9boSYw видео],
[https://drive.google.com/file/d/1DnljcuBgninbEommCLm8gObYa74nvMmb/view?usp=sharing слайды],
'''[https://docs.google.com/document/d/1JVDjncf7GVNnedVyGENkWDJHUgcRdAbX4RIuDl44D9Y/edit задание]'''
|-
| 3
|| 02.02
||
Методы определения метилирования ДНК --
[https://youtu.be/ohqb4f9QXSI видео],
[https://drive.google.com/file/d/1LqB3HhmGhC2DY190d8JAQ7XQNaIqK3Tj/view?usp=sharing слайды]
||
Анализ частоты CpG (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/_RxsnIceOFI видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1hkMeUfRTvbfBn-FUPdZ_S1b7X-PJKn_V?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 09.02
||
Модификации гистонов, проект ENCODE --
[https://youtu.be/z25ouKG9YqI видео],
[https://drive.google.com/file/d/1QcL0iyQ6uoxlFGuW5tuHSdVEbqzBuR8b/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов (Иван Геворков) --
[https://youtu.be/an5ZU-e6sGA видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/1D6jDSxFTR2fFBk94U9kbXsdJ5v55E2G7dRdFTEE7A-Q/edit?usp=sharing задание]'''
|-
| 5
|| 16.02
||
ChIP-seq --
[https://youtu.be/gt1LcWgOJIs видео],
[https://drive.google.com/file/d/1QSr2LHrW1y-xfqa6dHuxou02ms-QohvI/view?usp=sharing слайды]
||
NSG-plot (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/C2kkLyFPlZ4 видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1SuU_WIYZcKzIynIKWi5fqkearYvTeK4W?usp=sharing тетрадка]
|-
|
|| 23.02
|colspan="2" style="text-align: center;"| Выходной (день защитника Отечества)
|-
| 6
|| 02.03
||
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) --
[https://youtu.be/02euh43y5fY видео],
[https://drive.google.com/file/d/1pSgALPmyHkPBIawILYrrv5Sx0xPZKcGj/view?usp=sharing слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy --
[https://youtu.be/rTT90s__I-U видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
|
|| 09.03
|| -
|| -
|-
| 7
|| 16.03
||
ChromHMM --
[https://youtu.be/lYtcOk9GWhU видео],
[https://drive.google.com/file/d/1-Cu59Osfa6lElpUtykQdmChPMtTIXtsR/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-3''' ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) --
[https://youtu.be/27G5uSLESWE?t=682 видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/10Fi1JC5DOCkbSYRvbMy3L5VMOmR5bYCDc4VYlgeqF2I/edit задание]'''
|-
| 8
|| 23.03
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика --
[https://youtu.be/C4wNYF9I5Uo видео],
[https://drive.google.com/file/d/11Wb0XVGJ0S7hsVLr58ijBIxBhMVbVl12/view?usp=sharing слайды]
||
Виртуальные окружения и VS Code --
[https://youtu.be/NlVY0TCqsmo видео],
[https://docs.google.com/document/d/1-xiuzGdldSnNDOD8HjE4HN59FRFPm1JzII2cW1ieaeY/edit?usp=sharing заметки]
|-
|
|| 30.03
|colspan="2" style="text-align: center;"| Сессия
|-
| 9
|| 06.04
|| Введение в структуру хроматина [https://drive.google.com/file/d/1ShjC4BwnMBy5bqfM3uEUICnRKGsP0Iaw/view?usp=sharing презентация]
|| Ссылки для семинара [http://higlass.io/l/?d=LMb6eMieSiCVkp0JoK1juQ 1] [http://higlass.io/l/?d=EltOzSM-SdO6aLWnuCaMjg 2]
|-
| 10
|| 13.04
|| 3-dimensional genome:
сhromatin conformation analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1yg-5z5kfswh7_8D1Y1OmBx_nzVXEl6XN/edit?usp=sharing&ouid=101690403665513115529&rtpof=true&sd=true презентация ]
|| [https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing Материалы к семинару] [https://colab.research.google.com/drive/1lsPiDVsKf7DZ3C-MKn3gFXLeBYsVqE3t?usp=share_link тетрадка]
|-
| 11
|| 20.04
|| Блок по структуре хроматина?
|| TBA
|-
| 12
|| 27.04
|| Блок по структуре хроматина?
|| TBA
|-
|
|| 04.05
|colspan="2" style="text-align: center;"| Майские праздники
|-
| 13
|| 11.05
|| Проект - введение
|| TBA
|-
| 14
|| 18.05
|| Проект (индивидуальная часть)
|| TBA
|-
| 15
|| 25.05
|| Проект (индивидуальная часть)
|| TBA
|-
| 16
|| 01.06
|| Проект (групповая часть)
|| TBA
|-
| 17
|| 08.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами
|-
| 18
|| 15.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|}
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==


Строка 331: Строка 157:
| 14
| 14
|| 22.12
|| 22.12
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|}
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==
=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.5*ДЗ  +  0.5*ПРОЕКТ), где
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
=== ПРОЕКТ ===
* [https://docs.google.com/document/d/1A1lqSbI7bTBetwCoNZIuxQ2QvupbUcAjaKV-X31pav4/edit?usp=sharing Инструкции для выполнения проекта]
=== Лекции и семинары ===
[https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0qvZ1dO-dAxqGLGafjlXBNl Записи всех лекций и семинаров]
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 19.01
||
Введение в эпигеномику --
[https://youtu.be/VEe4DRuL3E4 видео],
[https://drive.google.com/file/d/197lHizC7dxyWF9Or7-BAVtEUUM3YUy8r/view?usp=sharing слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/7LZX93Jrx5s видео],
[https://colab.research.google.com/drive/12KTBm9wAQGoLmKjPIkublh6zjw4njlRl?usp=sharing тетрадка]
|-
| 2
|| 26.01
||
Метилирование ДНК (введение) --
[https://youtu.be/T2qrBr092Ig видео],
[https://drive.google.com/file/d/1CoFnoYfSX2upXNvNT1Sw6dlAcKeiI6J_/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК (Егор Фурсов) --
[https://youtu.be/UfA1v9boSYw видео],
[https://drive.google.com/file/d/1DnljcuBgninbEommCLm8gObYa74nvMmb/view?usp=sharing слайды],
'''[https://docs.google.com/document/d/1JVDjncf7GVNnedVyGENkWDJHUgcRdAbX4RIuDl44D9Y/edit задание]'''
|-
| 3
|| 02.02
||
Методы определения метилирования ДНК --
[https://youtu.be/ohqb4f9QXSI видео],
[https://drive.google.com/file/d/1LqB3HhmGhC2DY190d8JAQ7XQNaIqK3Tj/view?usp=sharing слайды]
||
Анализ частоты CpG (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/_RxsnIceOFI видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1hkMeUfRTvbfBn-FUPdZ_S1b7X-PJKn_V?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 09.02
||
Модификации гистонов, проект ENCODE --
[https://youtu.be/z25ouKG9YqI видео],
[https://drive.google.com/file/d/1QcL0iyQ6uoxlFGuW5tuHSdVEbqzBuR8b/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов (Иван Геворков) --
[https://youtu.be/an5ZU-e6sGA видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/1D6jDSxFTR2fFBk94U9kbXsdJ5v55E2G7dRdFTEE7A-Q/edit?usp=sharing задание]'''
|-
| 5
|| 16.02
||
ChIP-seq --
[https://youtu.be/gt1LcWgOJIs видео],
[https://drive.google.com/file/d/1QSr2LHrW1y-xfqa6dHuxou02ms-QohvI/view?usp=sharing слайды]
||
NSG-plot (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/C2kkLyFPlZ4 видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1SuU_WIYZcKzIynIKWi5fqkearYvTeK4W?usp=sharing тетрадка]
|-
|
|| 23.02
|colspan="2" style="text-align: center;"| Выходной (день защитника Отечества)
|-
| 6
|| 02.03
||
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) --
[https://youtu.be/02euh43y5fY видео],
[https://drive.google.com/file/d/1pSgALPmyHkPBIawILYrrv5Sx0xPZKcGj/view?usp=sharing слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/rTT90s__I-U видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
|
|| 09.03
|| -
|| -
|-
| 7
|| 16.03
||
ChromHMM --
[https://youtu.be/lYtcOk9GWhU видео],
[https://drive.google.com/file/d/1-Cu59Osfa6lElpUtykQdmChPMtTIXtsR/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-3''' ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) --
[https://youtu.be/27G5uSLESWE?t=682 видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/10Fi1JC5DOCkbSYRvbMy3L5VMOmR5bYCDc4VYlgeqF2I/edit задание]'''
|-
| 8
|| 23.03
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика --
[https://youtu.be/C4wNYF9I5Uo видео],
[https://drive.google.com/file/d/11Wb0XVGJ0S7hsVLr58ijBIxBhMVbVl12/view?usp=sharing слайды]
||
Виртуальные окружения и VS Code --
[https://youtu.be/NlVY0TCqsmo видео],
[https://docs.google.com/document/d/1-xiuzGdldSnNDOD8HjE4HN59FRFPm1JzII2cW1ieaeY/edit?usp=sharing заметки]
|-
|
|| 30.03
|colspan="2" style="text-align: center;"| Сессия
|-
| 9
|| 06.04
||
Введение в структуру хроматина --
[https://youtu.be/TRVF1AQSRx8 видео],
[https://drive.google.com/file/d/1ShjC4BwnMBy5bqfM3uEUICnRKGsP0Iaw/view?usp=sharing презентация]
||
higlass:
[https://youtu.be/TRVF1AQSRx8?t=5785 видео],
[http://higlass.io/l/?d=LMb6eMieSiCVkp0JoK1juQ ссылка 1],
[http://higlass.io/l/?d=EltOzSM-SdO6aLWnuCaMjg ссылка 2]
|-
| 10
|| 13.04
||
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) --
[https://youtu.be/-rdl_5r_ECw видео],
[https://docs.google.com/presentation/d/1yg-5z5kfswh7_8D1Y1OmBx_nzVXEl6XN/edit?usp=sharing&ouid=101690403665513115529&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Работа с данными HiC --
[https://youtu.be/JLOd3lFzpgo видео],
[https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing материалы],
[https://colab.research.google.com/drive/1lsPiDVsKf7DZ3C-MKn3gFXLeBYsVqE3t?usp=share_link тетрадка]
|-
| 11
|| 20.04
||
3-dimensional genome (часть 2) --
[https://youtu.be/XjKu3Yv3c5g видео]
||
Cooltools. Cooler --
[https://youtu.be/VmkWkajO8hY видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1vcxV9b_GD4oYD5LR5m5HTsF_1cfGUmr7?usp=sharing Тетрадка],
[https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing данные]
|-
| 12
|| 27.04
||
Chromatin structure: feature calling --
[https://youtu.be/rOdANjyWEb4 видео]
|| Квиз
|-
|
|| 04.05
|colspan="2" style="text-align: center;"| Майские праздники
|-
| 13
|| 11.05
||
Проект (введение) --
[https://youtu.be/As32dzBOX_4 видео]
|| -
|-
| 14
|| 18.05
||
Проект (выбор белков и организация в группы) --
[https://youtu.be/1NuH2Z4RTgY видео]
|| -
|-
| 15
|| 25.05
||
Проект (вводные презентации групп) --
[https://youtu.be/NSRA2xLXzqY видео]
||
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта --
[https://youtu.be/tosO3MSYuu0 видео]
|-
| 16
|| 01.06
||
Проект (вводные презентации групп 2) --
[https://youtu.be/hhAEjb-swds видео]
||
Проект (групповая часть) --
[https://youtu.be/bZQFRPRWJH0 видео]
|-
| 17
|| 08.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами -- [https://youtu.be/HXi8yeIw00s видео]
|-
| 18
|| 15.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|-
|}
|}

Текущая версия от 15:24, 14 августа 2023

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 08.09

Введение в молекулярную биологию -- видео, слайды

Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица

2 15.09

Методы секвенирования ДНК -- видео, слайды

Введение в github и Google colab
3 22.09

Сборка генома (Артем Касьянов) -- видео, слайды

ДЗ1 Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание

4 29.09

Алгоритмы предсказания генов -- видео, слайды

Разбор домашнего задания 1 -- видео, слайды

5 06.10

Аннотация функций генов -- видео, слайды

ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание

6 13.10

Сдвиг рамки считывания -- видео, слайды

Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка

7 20.10

Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание

27.10 Сессия
8 03.11

Геном человека и некодирующие РНК -- видео, слайды

Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

9 10.11

Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ4 РНК-сек (Дмитрий Бушнев) -- видео, задание

17.11 -
10 24.11

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

11 01.12 Проверочная работа по теме РНК-сек

ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

12 08.12

Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды

GWAS и популяционная генетика
13 15.12

Развитие жизни на Земле -- слайды

Разбор оценок за все ДЗ
14 22.12 Экзамен


Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.5*ДЗ  +  0.5*ПРОЕКТ), где
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

ПРОЕКТ

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 19.01

Введение в эпигеномику -- видео, слайды

Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

2 26.01

Метилирование ДНК (введение) -- видео, слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

3 02.02

Методы определения метилирования ДНК -- видео, слайды

Анализ частоты CpG (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

4 09.02

Модификации гистонов, проект ENCODE -- видео, слайды

ДЗ-2 Модификации гистонов (Иван Геворков) -- видео, задание

5 16.02

ChIP-seq -- видео, слайды

NSG-plot (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

23.02 Выходной (день защитника Отечества)
6 02.03

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) -- видео, слайды

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

09.03 - -
7 16.03

ChromHMM -- видео, слайды

ДЗ-3 ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание

8 23.03

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика -- видео, слайды

Виртуальные окружения и VS Code -- видео, заметки

30.03 Сессия
9 06.04

Введение в структуру хроматина -- видео, презентация

higlass: видео, ссылка 1, ссылка 2

10 13.04

3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) -- видео, презентация

Работа с данными HiC -- видео, материалы, тетрадка

11 20.04

3-dimensional genome (часть 2) -- видео

Cooltools. Cooler -- видео, Тетрадка, данные

12 27.04

Chromatin structure: feature calling -- видео

Квиз
04.05 Майские праздники
13 11.05

Проект (введение) -- видео

-
14 18.05

Проект (выбор белков и организация в группы) -- видео

-
15 25.05

Проект (вводные презентации групп) -- видео

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта -- видео

16 01.06

Проект (вводные презентации групп 2) -- видео

Проект (групповая часть) -- видео

17 08.06 Защита проектов группами -- видео
18 15.06 Экзамен
Источник — https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2022/23&oldid=78736