Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23: различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к навигации Перейти к поиску
← Предыдущая правка
м Поменял местами модули
 
(не показано 6 промежуточных версий этого же участника)
Строка 1: Строка 1:
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
=== Лекции и семинары ===
[https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0pQQKURj55oeaxQ0FpJNsQo Записи всех лекций и семинаров]
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 08.09
||
Введение в молекулярную биологию --
[https://youtu.be/lvqxhF0Yfuo видео],
[https://drive.google.com/file/d/1Ka_0ZNoz9sfYMnsxgu3nl84-7biACr7q/view?usp=sharing слайды]
||
Создание аккаунтов на серверах --
[https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ESGMr8zIPhNEim1lssAaLbQBbd4atyLfPdioG96l2SZxww?e=yodd5R Инструкция 1],
[https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=W12GF5 Инструкция 2],
[https://eduhseru-my.sharepoint.com/:x:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/EQ9D33jzsPBEmntI8ijNBS0BRc01RU4mmnBCmDMNw4vfhg?e=hO4XDu Таблица]
|-
| 2
|| 15.09
||
Методы секвенирования ДНК --
[https://youtu.be/JqK2EXwyDT0 видео],
[https://drive.google.com/file/d/1RqVQzbmJuz_8n66No_Eq0n_m1hmi8RJk/view?usp=sharing слайды]
|| Введение в github и Google colab
|-
| 3
|| 22.09
||
Сборка генома (Артем Касьянов) --
[https://youtu.be/0X7pbcVo8ys видео],
[https://drive.google.com/file/d/1UrV8C8wUsAo5Z3Kq_MuuKRT6C8YokykK/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ1''' Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) --
[https://youtu.be/mww_FcvkScI видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/1vpFZF5F82_xjZPXGcm-ADsh4yhiWc_sUirHaFtQGNDA/edit задание]'''
|-
| 4
|| 29.09
||
Алгоритмы предсказания генов --
[https://youtu.be/mJJbV6bJC9I видео],
[https://drive.google.com/file/d/1XId9DdtndZqzcOlUt519KuFh6GbDbTLv/view?usp=sharing слайды]
||
Разбор домашнего задания 1 --
[https://youtu.be/hfV4x24tGVc видео],
[https://drive.google.com/file/d/1XNE-HZz5uUssyxvM290d6x--iG2rhNnl/view?usp=sharing слайды]
|-
| 5
|| 06.10
||
Аннотация функций генов --
[https://youtu.be/hBsa_WgKwCU видео],
[https://drive.google.com/file/d/1bO7e7TvNavHUsBXMAn5NjVwPvsJ_m2dM/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ2''' Аннотация генома (Иван Геворков) --
[https://youtu.be/YKtfkmwdfJQ видео],
[https://colab.research.google.com/drive/12XnH8WmwZ8gz4o4rDLNrJB0XuIAL72Hr?usp=sharing тетрадка],
'''[https://docs.google.com/document/d/1hDFQYynGaRw43X5QlyPbMek5DDHvKFvzIJZJfSZnjWk/edit задание]'''
|-
| 6
|| 13.10
||
Сдвиг рамки считывания --
[https://youtu.be/nt2nt6wXQ14 видео],
[https://drive.google.com/file/d/1dYyIVzwkqfFTqSTYX7kFNtyldFcHSQ1a/view?usp=sharing слайды]
||
Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) --
[https://youtu.be/Th_BLnSERsc видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1zP82fz-IAhdlxlrQiwpz2bjEavYUCQU_?usp=sharing тетрадка]
|-
| 7
|| 20.10
||
Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) --
[https://youtu.be/ziidx82nAOA видео],
[https://drive.google.com/file/d/1jTL_LELFZc8faKzwTPfnOzCDe59GdwbQ/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ3'''  Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) --
[https://youtu.be/U5WuigrZvr8 видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1bJnuCnWStcupKug_l1N9yaVxfmqtIORn?usp=sharing тетрадка],
'''[https://docs.google.com/document/d/1Z7og5KC2rNgTxrsglcwNWdsqMuPLZnIyQbPZX-VkEts/edit?usp=sharing задание]'''
|-
|
|| 27.10
!scope="row" colspan="2"| Сессия
|-
| 8
|| 03.11
||
Геном человека и некодирующие РНК --
[https://youtu.be/w9osm8OXQaA видео],
[https://drive.google.com/file/d/1o62kgUXVHPxrOh0DDcmH-RJaq11tIhpD/view?usp=sharing слайды]
||
Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/oQmClx83BNQ видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1ACHzlef1u9vidHHocV87cFPMFw-Pke_N?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 10.11
||
Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) --
[https://youtu.be/wo7MC1MSt8o видео],
[https://drive.google.com/file/d/1zmFcAB36_b6HDrsm49fPk5oCMqH5i5t1/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ4''' РНК-сек (Дмитрий Бушнев) --
[https://youtu.be/ATaTRS4ldY0 видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/1em3ictlXzfacZqaG5Rn5i3QAnvNlT-eKPP4yV24_8M4/edit?usp=sharing задание]'''
|-
|
|| 17.11
|colspan="2" style="text-align: center;"| -
|-
| 10
|| 24.11
||
Анализ данных РНК-сек --
[https://youtu.be/_C0Qo2u98cg видео],
[https://drive.google.com/file/d/1s4JYjnPmStFGWen7fx9nTJuZgdA5PIZd/view?usp=sharing слайды]
||
Анализ данных РНК-сек --
[https://youtu.be/PC9NV1HfBAU видео],
[https://drive.google.com/file/d/1s7e2-bCAa4YfCV7H92RguiCditda0sJS/view?usp=sharing слайды]
|-
| 11
|| 01.12
|| Проверочная работа по теме РНК-сек
||
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек (Егор Фурсов) --
[https://youtu.be/-6syXyay2yE видео],
[https://drive.google.com/file/d/1syVhN5IafP1jLUs5Ox9bOpIJWsQvrlMI/view?usp=sharing слайды],
'''[https://docs.google.com/document/d/1VFGHdig_5A6UsRJsmuaqDh3LBoXnKLVmhv9bAfVY3E0/edit задание]'''
|-
| 12
|| 08.12
||
Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) --
[https://drive.google.com/file/d/1tofQ6N7UYhaouDC_8gnJVkf9s2p0a1FQ/view?usp=sharing слайды]
|| GWAS и популяционная генетика
|-
| 13
|| 15.12
||
Развитие жизни на Земле --
[https://drive.google.com/file/d/1uiBu1HJ5g02QFR9TAcRaJIEwN87QthOd/view?usp=sharing слайды]
|| Разбор оценок за все ДЗ
|-
| 14
|| 22.12
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|}
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==


Строка 9: Строка 172:
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
=== ПРОЕКТ ===
* [https://docs.google.com/document/d/1A1lqSbI7bTBetwCoNZIuxQ2QvupbUcAjaKV-X31pav4/edit?usp=sharing Инструкции для выполнения проекта]


=== Лекции и семинары ===
=== Лекции и семинары ===
Строка 174: Строка 340:
| 14
| 14
|| 18.05
|| 18.05
|| Проект (индивидуальная часть)
||
|| TBA
Проект (выбор белков и организация в группы) --
[https://youtu.be/1NuH2Z4RTgY видео]
|| -
|-
|-
| 15
| 15
|| 25.05
|| 25.05
|| Проект (индивидуальная часть)
||
|| TBA
Проект (вводные презентации групп) --
[https://youtu.be/NSRA2xLXzqY видео]
||
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта --
[https://youtu.be/tosO3MSYuu0 видео]
|-
|-
| 16
| 16
|| 01.06
|| 01.06
|| Проект (групповая часть)
||
|| TBA
Проект (вводные презентации групп 2) --
[https://youtu.be/hhAEjb-swds видео]
||
Проект (групповая часть) --
[https://youtu.be/bZQFRPRWJH0 видео]
|-
|-
| 17
| 17
|| 08.06
|| 08.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами -- [https://youtu.be/HXi8yeIw00s видео]
|-
|-
| 18
| 18
|| 15.06
|| 15.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|}
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
=== Лекции и семинары ===
[https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0pQQKURj55oeaxQ0FpJNsQo Записи всех лекций и семинаров]
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 08.09
||
Введение в молекулярную биологию --
[https://youtu.be/lvqxhF0Yfuo видео],
[https://drive.google.com/file/d/1Ka_0ZNoz9sfYMnsxgu3nl84-7biACr7q/view?usp=sharing слайды]
||
Создание аккаунтов на серверах --
[https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ESGMr8zIPhNEim1lssAaLbQBbd4atyLfPdioG96l2SZxww?e=yodd5R Инструкция 1],
[https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=W12GF5 Инструкция 2],
[https://eduhseru-my.sharepoint.com/:x:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/EQ9D33jzsPBEmntI8ijNBS0BRc01RU4mmnBCmDMNw4vfhg?e=hO4XDu Таблица]
|-
| 2
|| 15.09
||
Методы секвенирования ДНК --
[https://youtu.be/JqK2EXwyDT0 видео],
[https://drive.google.com/file/d/1RqVQzbmJuz_8n66No_Eq0n_m1hmi8RJk/view?usp=sharing слайды]
|| Введение в github и Google colab
|-
| 3
|| 22.09
||
Сборка генома (Артем Касьянов) --
[https://youtu.be/0X7pbcVo8ys видео],
[https://drive.google.com/file/d/1UrV8C8wUsAo5Z3Kq_MuuKRT6C8YokykK/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ1''' Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) --
[https://youtu.be/mww_FcvkScI видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/1vpFZF5F82_xjZPXGcm-ADsh4yhiWc_sUirHaFtQGNDA/edit задание]'''
|-
| 4
|| 29.09
||
Алгоритмы предсказания генов --
[https://youtu.be/mJJbV6bJC9I видео],
[https://drive.google.com/file/d/1XId9DdtndZqzcOlUt519KuFh6GbDbTLv/view?usp=sharing слайды]
||
Разбор домашнего задания 1 --
[https://youtu.be/hfV4x24tGVc видео],
[https://drive.google.com/file/d/1XNE-HZz5uUssyxvM290d6x--iG2rhNnl/view?usp=sharing слайды]
|-
| 5
|| 06.10
||
Аннотация функций генов --
[https://youtu.be/hBsa_WgKwCU видео],
[https://drive.google.com/file/d/1bO7e7TvNavHUsBXMAn5NjVwPvsJ_m2dM/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ2''' Аннотация генома (Иван Геворков) --
[https://youtu.be/YKtfkmwdfJQ видео],
[https://colab.research.google.com/drive/12XnH8WmwZ8gz4o4rDLNrJB0XuIAL72Hr?usp=sharing тетрадка],
'''[https://docs.google.com/document/d/1hDFQYynGaRw43X5QlyPbMek5DDHvKFvzIJZJfSZnjWk/edit задание]'''
|-
| 6
|| 13.10
||
Сдвиг рамки считывания --
[https://youtu.be/nt2nt6wXQ14 видео],
[https://drive.google.com/file/d/1dYyIVzwkqfFTqSTYX7kFNtyldFcHSQ1a/view?usp=sharing слайды]
||
Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) --
[https://youtu.be/Th_BLnSERsc видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1zP82fz-IAhdlxlrQiwpz2bjEavYUCQU_?usp=sharing тетрадка]
|-
| 7
|| 20.10
||
Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) --
[https://youtu.be/ziidx82nAOA видео],
[https://drive.google.com/file/d/1jTL_LELFZc8faKzwTPfnOzCDe59GdwbQ/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ3'''  Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) --
[https://youtu.be/U5WuigrZvr8 видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1bJnuCnWStcupKug_l1N9yaVxfmqtIORn?usp=sharing тетрадка],
'''[https://docs.google.com/document/d/1Z7og5KC2rNgTxrsglcwNWdsqMuPLZnIyQbPZX-VkEts/edit?usp=sharing задание]'''
|-
|
|| 27.10
!scope="row" colspan="2"| Сессия
|-
| 8
|| 03.11
||
Геном человека и некодирующие РНК --
[https://youtu.be/w9osm8OXQaA видео],
[https://drive.google.com/file/d/1o62kgUXVHPxrOh0DDcmH-RJaq11tIhpD/view?usp=sharing слайды]
||
Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/oQmClx83BNQ видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1ACHzlef1u9vidHHocV87cFPMFw-Pke_N?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 10.11
||
Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) --
[https://youtu.be/wo7MC1MSt8o видео],
[https://drive.google.com/file/d/1zmFcAB36_b6HDrsm49fPk5oCMqH5i5t1/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ4''' РНК-сек (Дмитрий Бушнев) --
[https://youtu.be/ATaTRS4ldY0 видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/1em3ictlXzfacZqaG5Rn5i3QAnvNlT-eKPP4yV24_8M4/edit?usp=sharing задание]'''
|-
|
|| 17.11
|colspan="2" style="text-align: center;"| -
|-
| 10
|| 24.11
||
Анализ данных РНК-сек --
[https://youtu.be/_C0Qo2u98cg видео],
[https://drive.google.com/file/d/1s4JYjnPmStFGWen7fx9nTJuZgdA5PIZd/view?usp=sharing слайды]
||
Анализ данных РНК-сек --
[https://youtu.be/PC9NV1HfBAU видео],
[https://drive.google.com/file/d/1s7e2-bCAa4YfCV7H92RguiCditda0sJS/view?usp=sharing слайды]
|-
| 11
|| 01.12
|| Проверочная работа по теме РНК-сек
||
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек (Егор Фурсов) --
[https://youtu.be/-6syXyay2yE видео],
[https://drive.google.com/file/d/1syVhN5IafP1jLUs5Ox9bOpIJWsQvrlMI/view?usp=sharing слайды],
'''[https://docs.google.com/document/d/1VFGHdig_5A6UsRJsmuaqDh3LBoXnKLVmhv9bAfVY3E0/edit задание]'''
|-
| 12
|| 08.12
||
Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) --
[https://drive.google.com/file/d/1tofQ6N7UYhaouDC_8gnJVkf9s2p0a1FQ/view?usp=sharing слайды]
|| GWAS и популяционная генетика
|-
| 13
|| 15.12
||
Развитие жизни на Земле --
[https://drive.google.com/file/d/1uiBu1HJ5g02QFR9TAcRaJIEwN87QthOd/view?usp=sharing слайды]
|| Разбор оценок за все ДЗ
|-
| 14
|| 22.12
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|-
|}
|}

Текущая версия от 15:24, 14 августа 2023

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 08.09

Введение в молекулярную биологию -- видео, слайды

Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица

2 15.09

Методы секвенирования ДНК -- видео, слайды

Введение в github и Google colab
3 22.09

Сборка генома (Артем Касьянов) -- видео, слайды

ДЗ1 Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание

4 29.09

Алгоритмы предсказания генов -- видео, слайды

Разбор домашнего задания 1 -- видео, слайды

5 06.10

Аннотация функций генов -- видео, слайды

ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание

6 13.10

Сдвиг рамки считывания -- видео, слайды

Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка

7 20.10

Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание

27.10 Сессия
8 03.11

Геном человека и некодирующие РНК -- видео, слайды

Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

9 10.11

Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ4 РНК-сек (Дмитрий Бушнев) -- видео, задание

17.11 -
10 24.11

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

11 01.12 Проверочная работа по теме РНК-сек

ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

12 08.12

Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды

GWAS и популяционная генетика
13 15.12

Развитие жизни на Земле -- слайды

Разбор оценок за все ДЗ
14 22.12 Экзамен


Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.5*ДЗ  +  0.5*ПРОЕКТ), где
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

ПРОЕКТ

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 19.01

Введение в эпигеномику -- видео, слайды

Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

2 26.01

Метилирование ДНК (введение) -- видео, слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

3 02.02

Методы определения метилирования ДНК -- видео, слайды

Анализ частоты CpG (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

4 09.02

Модификации гистонов, проект ENCODE -- видео, слайды

ДЗ-2 Модификации гистонов (Иван Геворков) -- видео, задание

5 16.02

ChIP-seq -- видео, слайды

NSG-plot (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

23.02 Выходной (день защитника Отечества)
6 02.03

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) -- видео, слайды

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

09.03 - -
7 16.03

ChromHMM -- видео, слайды

ДЗ-3 ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание

8 23.03

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика -- видео, слайды

Виртуальные окружения и VS Code -- видео, заметки

30.03 Сессия
9 06.04

Введение в структуру хроматина -- видео, презентация

higlass: видео, ссылка 1, ссылка 2

10 13.04

3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) -- видео, презентация

Работа с данными HiC -- видео, материалы, тетрадка

11 20.04

3-dimensional genome (часть 2) -- видео

Cooltools. Cooler -- видео, Тетрадка, данные

12 27.04

Chromatin structure: feature calling -- видео

Квиз
04.05 Майские праздники
13 11.05

Проект (введение) -- видео

-
14 18.05

Проект (выбор белков и организация в группы) -- видео

-
15 25.05

Проект (вводные презентации групп) -- видео

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта -- видео

16 01.06

Проект (вводные презентации групп 2) -- видео

Проект (групповая часть) -- видео

17 08.06 Защита проектов группами -- видео
18 15.06 Экзамен
Источник — https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2022/23&oldid=78736