Майнор Биоинформатика 2 год 2023/24: различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к навигации Перейти к поиску
← Предыдущая правка
 
(не показаны 33 промежуточные версии этого же участника)
Строка 1: Строка 1:
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==
=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Примерный план занятий
=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 11.01
||
Введение в эпигеномику [https://disk.yandex.ru/i/OO5NIkkWsgDjRQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1BeYSPdQh0GgXQn74wR1yS375LO4QvoVn/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/12KTBm9wAQGoLmKjPIkublh6zjw4njlRl?usp=sharing тетрадка]
|-
| 2
|| 18.01
||
Метилирование ДНК (введение) [https://disk.yandex.ru/i/OJU43cA8rspOBQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1aP6mQBnXY-3dtgucSDh2BLiTNgFbUn8p/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/document/d/1PpUvPFn1yhvFUM6D6-0q6HNvwHJwUzbW93yq-kLrZvM/edit?usp=sharing текст] [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 3
|| 25.01
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1xLhH_i9tJtSFbV0vtNVIqEheCZlCYb5I/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/8sPsoWXwB04RuQ видео]
||
Анализ частоты CpG [https://colab.research.google.com/drive/1hkMeUfRTvbfBn-FUPdZ_S1b7X-PJKn_V?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 01.02
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/sAyTLG1_xxOK_Q видео]
||
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов [https://docs.google.com/document/d/18jRc5YmGriclwmLXh7dLODdslgzvqXtMTcBgAy76vvc/edit?usp=sharing текст]
|-
| 5
|| 08.02
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/1KJ_LJT-Ao6ntrm-TchbONtsVCiCUvr1K/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/TpqbyQ4h6meZ4A видео]
||
NSG-plot
|-
|| 6
|| 15.02
||
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) [https://docs.google.com/presentation/d/1CHjWdzeHJTYSb-LM5bmyg0nastwF_deJ/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://youtu.be/BFDxSyHdzo8?si=EgmWyry_o2vL842P видео]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] [https://disk.yandex.ru/i/r8YnixlTjj3qfg видео]
|-
| 7
|| 22.02
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
|-
| 8
|| 29.02
||
ChromHMM [https://docs.google.com/presentation/d/1zESDh1_SPOHCWHf5ssLNAX-VZuFcRh0e_-mBS-SJ7Ts/edit?usp=sharing слайды][https://disk.yandex.ru/i/prRpcFfN9ysDcA видео]
||
'''ДЗ-3''' ChromHMM [https://docs.google.com/document/d/1G5T6NO4f769bvVnoGs7kOHdPIbO5NLHj9clu4E-95YE/edit?usp=sharing текст]
|-
| 9
|| 07.03
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/vAJZyLvL5H-7hA видео]
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 10
|| 14.03
||
Пространственная транскриптомика [https://docs.google.com/presentation/d/1135gwMgU25gXW7k03iEMpnfoJ_fC2ddu5_iMvOKwNeQ/edit?usp=sharing слайды] [https://disk.yandex.ru/i/A5n4fWjP1HmOoA видео]
||
Работа с данными [https://colab.research.google.com/drive/1MCIsPeeqUvetNYOxjK9CS4k3iCppanz2?usp=sharing тетрадка]
|-
| 11
|| 21.03
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды][https://disk.yandex.ru/i/AKSSCRgd3OqvpA видео]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 04.04
||
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) [https://docs.google.com/presentation/d/10L4cMKE3xdk61JZP39erzkcm46ubLuis/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/aq_m2oyxqOWVhg видео]
||
Работа с данными HiC
|-
| 13
|| 11.04
||
3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/1L3syoghY0E04aKEZKJdIFSHudjuHI0SB/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/mHbcQ0N7bfAFNw видео]
||
Cooltools. Cooler
|-
| 13
|| 18.04
||
Chromatin structure: feature calling [https://docs.google.com/presentation/d/1x__gdMtAcUyYrtqPkeJTLGZE60e2yU8u2GjafHhBgeA/edit?usp=sharing слайды] [https://disk.yandex.ru/i/XKiJ6YNyiuEEGw видео]
|| Chromatin structure: feature calling
|-
| 14
|| 25.04
|| Квиз
|| Проект (введени)
|-
| 15
|| 16.05
||
Проект (выбор белков и организация в группы) [https://disk.yandex.ru/i/ql993LXa2WwqjA видео]
|| -
|-
| 16
|| 23.05
||
Проект (вводные презентации групп) [https://disk.yandex.ru/i/G_1lTYTQ-6oX1Q видео]
||
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта
|-
| 17
|| 30.05
||
Проект (вводные презентации групп 2)
||
Проект (групповая часть)
|-
| 18
|| 06.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами
|-
| 19
|| 13.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|
|}
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==


Строка 7: Строка 155:


=== Лекции и семинары ===
=== Лекции и семинары ===
Это примерный план, будут изменения.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|-
|-
Строка 25: Строка 170:
||
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1psM1yVHSo7Nw3o2XMuGvBD11oylynJFu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/9IP3uZpyI6Ua5Q видео]
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1psM1yVHSo7Nw3o2XMuGvBD11oylynJFu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/9IP3uZpyI6Ua5Q видео]
|| Введение в github и Google colab
|| Введение в github и Google colab [https://colab.research.google.com/drive/1YlGpA_OLwR48mIO3MWuHbwFZk4D4fYwS?usp=sharing команды с занятия]
|-
|-
| 3
| 3
|| 21.09
|| 21.09
||
||
Сборка генома  [https://docs.google.com/presentation/d/16sZRHNNLHTl8FSH5GXlwgHwLNN_jJro0/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
Сборка генома  [https://docs.google.com/presentation/d/16sZRHNNLHTl8FSH5GXlwgHwLNN_jJro0/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/HF46XKDfPQSwxg видео]
||
||
'''ДЗ1''' Сборка генома [https://docs.google.com/document/d/1crbL0gFkk2kBEFMSB9gfqFCCE1LeV9wf61u3l0Q2ADo/edit?usp=sharing текст]
'''ДЗ1''' Сборка генома [https://docs.google.com/document/d/1crbL0gFkk2kBEFMSB9gfqFCCE1LeV9wf61u3l0Q2ADo/edit?usp=sharing текст]
Строка 37: Строка 182:
|| 28.09
|| 28.09
||
||
Алгоритмы предсказания генов  
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/17Ls3CJf72FO4CIr_opALrZK4X3aYbGI1/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды][https://disk.yandex.ru/i/HNzi6StDoIE9wg видео]


||
||
Разбор домашнего задания 1
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
|-
| 5
| 5
|| 05.10
|| 05.10
||
||
Аннотация функций генов  
Аннотация функций генов [https://disk.yandex.ru/i/PYUo8Fj5fnOhmg видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
||
'''ДЗ2''' Аннотация генома   
'''ДЗ2''' Аннотация генома   
Строка 52: Строка 197:
|| 12.10
|| 12.10
||
||
Сдвиг рамки считывания  
Сдвиг рамки считывания [https://docs.google.com/presentation/d/1-0qj9XnMwz_tT8xYVSTlu-oNwIYOzNNn/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/ewVdnEGMomWDbQ видео]
||
||
Семинар
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1big1iWBEjcaKkpqkkUn7UGAagffXRluf?usp=sharing тетрадка]
|-
|-
| 7
| 7
|| 19.10
|| 19.10
||
||
Генная инженерия  
Геном человека и некодирующие РНК [https://disk.yandex.ru/i/JEkyK9sU6NzDhA видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1Ej6zMr7t979QKULmTQOeCNMExD5Rd3LU/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
||
'''ДЗ3''' Предсказание генов
'''ДЗ3''' Предсказание генов [https://docs.google.com/document/d/1on3buu4MTF_E5IC6Aa2jwGncWPoUR-Xvw1LeLomSz6Q/edit?usp=sharing текст]
|-
|-
|  
|  
Строка 68: Строка 213:
|-
|-
| 8
| 8
|| 02.11
||
||
Введение в РНК-сек  [https://disk.yandex.ru/i/OPTAZfvSDj_Ljw видео] [https://docs.google.com/presentation/d/12j8h7g6biR1L28TXsN8K3I2kuSpBC4Uy/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
||
Геном человека и некодирующие РНК
'''ДЗ4''' РНК-сек [https://docs.google.com/document/d/1EBUeVC1JdKV3eRgfAFVvFxlPxuF4Wgo4AFG6KDHIc6c/edit?usp=sharing текст]
||
Повторы в геноме человека 
|-
|-
| 9
| 9
||  
|| 09.11
||
Введение в РНК-сек 
||
'''ДЗ4''' РНК-сек 
|-
|
||
|colspan="2" style="text-align: center;"| -
|-
| 10
||
||
||
Анализ данных РНК-сек  
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/14YX0cJuSRs33FSZRO64VG851Mjqq37ch/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/yRTjy5O7i1sY9A видео ]
||
||
Анализ данных РНК-сек  
Анализ данных РНК-сек  
|-
|-
| 11
| 11
|| 16.11
||  
||  
||
Секвенирование отдельных клеток [https://disk.yandex.ru/i/Q6CkgPoxnQ7NIg видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1TkAd7eVwyzJOvxHX1HquhIwWHJGRoepv/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
Проверочная работа по теме РНК-сек
||
||
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек   
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек  [https://docs.google.com/document/d/1ugGy1wBI2SI0rvMdN8pi-MaXEvqEGYtJGOiyF3vYsEM/edit?usp=sharing текст]
|-
|-
| 12
| 12
||  
|| 23.11
||
|| Проверочная работа по теме РНК-сек
Секвенирование отдельных клеток
|| Разбор '''ДЗ5''' single cell РНК-сек [https://disk.yandex.ru/i/cYa27Ev-7A08xg видео]
|| GWAS и популяционная генетика
|-
|-
| 13
| 13
||  
|| 30.11
||
|| GWAS [https://disk.yandex.ru/i/bOKkqErQXUBsRQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1QP58986eOHH7wCEQHQeL-TR50Dsaiw9L/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
Развитие жизни на Земле
|| GWAS [https://disk.yandex.ru/i/bOKkqErQXUBsRQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1QP58986eOHH7wCEQHQeL-TR50Dsaiw9L/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|| Разбор оценок за все ДЗ
|-
|-
| 14
| 14
||  
|| 07.12
|| Метагеномика. Лекция [https://docs.google.com/presentation/d/1jysJ0qOUvN0ohjSezbiWUATvIX0AX9f93LdMuulMjww/edit?usp=sharing ссылка]
|| Семинар
|-
| 15
|| 14.12
|| Заключение
|| Заключение. Дописывание квиза.
|-
| 16
||  21.12
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|-
|}
|}

Текущая версия от 14:22, 28 мая 2024

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале


Примерный план занятий

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 11.01

Введение в эпигеномику видео слайды

Формат .bed и утилита bedtools тетрадка

2 18.01

Метилирование ДНК (введение) видео слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК текст слайды

3 25.01

Методы определения метилирования ДНК слайды видео

Анализ частоты CpG тетрадка

4 01.02

Модификации гистонов, проект ENCODE слайды видео

ДЗ-2 Модификации гистонов текст

5 08.02

ChIP-seq слайды видео

NSG-plot

6 15.02

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) слайды видео

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка видео

7 22.02 miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы. miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
8 29.02

ChromHMM слайдывидео

ДЗ-3 ChromHMM текст

9 07.03

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды видео

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды

10 14.03

Пространственная транскриптомика слайды видео

Работа с данными тетрадка

11 21.03

Введение в структуру хроматина слайдывидео

higlass: слайды

12 04.04

3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) слайды видео

Работа с данными HiC

13 11.04

3-dimensional genome (часть 2) слайды видео

Cooltools. Cooler

13 18.04

Chromatin structure: feature calling слайды видео

Chromatin structure: feature calling
14 25.04 Квиз Проект (введени)
15 16.05

Проект (выбор белков и организация в группы) видео

-
16 23.05

Проект (вводные презентации групп) видео

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта

17 30.05

Проект (вводные презентации групп 2)

Проект (групповая часть)

18 06.06 Защита проектов группами
19 13.06 Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 07.09

Введение в молекулярную биологию презентация видео

Создание аккаунтов на серверах инструкция

2 14.09

Методы секвенирования ДНК слайды видео

Введение в github и Google colab команды с занятия
3 21.09

Сборка генома слайды видео

ДЗ1 Сборка генома текст

4 28.09

Алгоритмы предсказания генов слайдывидео

Алгоритмы предсказания генов. Практика

5 05.10

Аннотация функций генов видео слайды

ДЗ2 Аннотация генома

6 12.10

Сдвиг рамки считывания слайды видео

Семинар тетрадка

7 19.10

Геном человека и некодирующие РНК видео слайды

ДЗ3 Предсказание генов текст

Сессия
8 02.11

Введение в РНК-сек видео слайды

ДЗ4 РНК-сек текст

9 09.11

Анализ данных РНК-сек слайды видео

Анализ данных РНК-сек

11 16.11

Секвенирование отдельных клеток видео слайды

ДЗ5 single cell РНК-сек текст

12 23.11 Проверочная работа по теме РНК-сек Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек видео
13 30.11 GWAS видео слайды GWAS видео слайды
14 07.12 Метагеномика. Лекция ссылка Семинар
15 14.12 Заключение Заключение. Дописывание квиза.
16 21.12 Экзамен
Источник — https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2023/24&oldid=85136