Майнор Биоинформатика 2 год 2024/25: различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к навигации Перейти к поиску
Новая страница: «== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования == === Формула расчет оценки === Накоп = Округле…»
 
 
(не показаны 22 промежуточные версии этого же участника)
Строка 1: Строка 1:
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==
=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 09.01
||
Введение в эпигеномику  [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка]
|-
| 2
|| 16.01
||
Метилирование ДНК (введение) [https://docs.google.com/presentation/d/1aP6mQBnXY-3dtgucSDh2BLiTNgFbUn8p/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Анализ частоты CpG [https://colab.research.google.com/drive/1hkMeUfRTvbfBn-FUPdZ_S1b7X-PJKn_V?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 23.01
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК  [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 4
|| 30.01
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Структура гистонов в pymol. Знакомство с Encode.
|-
| 5
|| 06.02
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов
|-
| 5
|| 13.02
||
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) [https://docs.google.com/presentation/d/15op2dKfqtb9QW1zTm9867EIXLxp6cbNP/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
| 7
|| 20.02
||
ChromHMM [https://docs.google.com/presentation/d/1BBCi6WUBEdUS_1vky6UKGiKtM6d2kFlS9UEvpPPsQgE/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-3''' ChromHMM [https://docs.google.com/document/d/1G5T6NO4f769bvVnoGs7kOHdPIbO5NLHj9clu4E-95YE/edit?usp=sharing текст]
|-
| 9
|| 27.02
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 10
|| 06.03
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/1bSrhcY8aKIYZWiHLTpBIUh74NtnFQZLg/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 13.03
||
3-dimensional genome [https://docs.google.com/presentation/d/1lMWd_4UpTBfWjrprgEY4krbwCmHB-KRu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Работа с данными HiC
|-
| 13
|| 20.03
||
3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/16mHjHIB287RwQO9NMBbMaFLVGTn_DCxl/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Cooltools. Cooler
|-
| 13
|| 18.04
||
Chromatin structure: feature calling [https://docs.google.com/presentation/d/1fFmed9Q88KJM7WPgSkGEyIJyyjCI4TVvm-Mb8j2yMrs/edit?usp=sharing слайды]
|| Chromatin structure: feature calling
|-
| 14
|| 25.04
|| Квиз
|| Проект (введение)
|-
| 15
|| 15.05
||
Проект (выбор организмов и организация в группы)
|| -
|-
| 16
|| 22.05
||
Проект (вводные презентации групп)
||
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта
|-
| 17
|| 29.05
||
Проект (вводные презентации групп 2)
||
|-
| 18
|| 05.05
||
Предзащита проекта
||
|-
| 19
|| 19.05
||
Экзамен
||
|-
|}
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==


Строка 14: Строка 151:
|| 05.09
|| 05.09
||
||
Введение в молекулярную биологию  
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
||
||
Создание аккаунтов на серверах  
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
|-
| 2
| 2
|| 12.09  
|| 12.09  
||
||
Методы секвенирования ДНК  
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab  
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
|-
| 3
| 3
|| 19.09
|| 19.09
||
||
Сборка генома  
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
||
'''ДЗ1''' Сборка генома  
'''ДЗ1''' Сборка генома [https://docs.google.com/document/d/1crbL0gFkk2kBEFMSB9gfqFCCE1LeV9wf61u3l0Q2ADo/edit?usp=sharing текст]
|-
|-
| 4
| 4
|| 26.09
|| 26.09
||
||
Алгоритмы предсказания генов  
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]


||
||
Строка 40: Строка 177:
|-
|-
| 5
| 5
|| 10.10
|| 03.10
||
||
Аннотация функций генов  
Аннотация функций генов [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
||
'''ДЗ2''' Аннотация генома   
'''ДЗ2''' Аннотация генома  [https://docs.google.com/document/d/1IVYr_tCQwJmstoXm8Mzs5P6qYLWrTOJhiN8u3Fn7ZX0/edit?usp=sharing текст]
|-
|-
| 6
| 6
|| 17.10
|| 10.10
||
||
Сдвиг рамки считывания  
Сдвиг рамки считывания [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
||
Семинар  
Семинар  
Строка 56: Строка 193:
|| 24.10
|| 24.10
||
||
Геном человека и некодирующие РНК   
Геном человека и некодирующие РНК  [https://docs.google.com/presentation/d/1Ej6zMr7t979QKULmTQOeCNMExD5Rd3LU/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
||
'''ДЗ3''' Предсказание генов  
'''ДЗ3''' Предсказание генов [https://docs.google.com/document/d/1Z7D_lD1XCBrbj-3xcvW1klgtN96ks-AbGPae_vMGAtQ/edit?usp=sharing текст]
|-
|
||
!scope="row" colspan="2"| Сессия
|-
|-
| 8
| 8
|| 31.10
|| 31.10
||
||
Введение в РНК-сек   
Введение в РНК-сек  [https://docs.google.com/presentation/d/12j8h7g6biR1L28TXsN8K3I2kuSpBC4Uy/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
||
'''ДЗ4''' РНК-сек  
Семинар о РНК-сек
|-
|
||
!scope="row" colspan="2"| Сессия
|-
|-
| 9
| 9
|| 07.11
|| 07.11
||
||
Анализ данных РНК-сек  
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/14YX0cJuSRs33FSZRO64VG851Mjqq37ch/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
||
Анализ данных РНК-сек  
'''ДЗ4''' РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1ZFBj0o-Hv7sECVVPSx7ULhOHKIz2bYeX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
|-
| 11
| 11
|| 14.11
|| 14.11
||  
||  
Секвенирование отдельных клеток [
Секвенирование отдельных клеток [https://docs.google.com/presentation/d/1TkAd7eVwyzJOvxHX1HquhIwWHJGRoepv/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
||
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек  
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек  
Строка 97: Строка 234:
| 14
| 14
|| 05.12
|| 05.12
|| Метагеномика. Лекция  
|| Метагеномика. Лекция [https://docs.google.com/presentation/d/1igHG5VHqRrtmkTNgjRHvFtiR6a7YdxpjBVXat4FtWqI/edit?usp=sharing ссылка]
|| Семинар
|| Семинар
|-
|-

Текущая версия от 11:44, 23 апреля 2026

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 09.01

Введение в эпигеномику слайды

Формат .bed и утилита bedtools тетрадка

2 16.01

Метилирование ДНК (введение) слайды

Анализ частоты CpG тетрадка

3 23.01

Методы определения метилирования ДНК слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК слайды

4 30.01

Модификации гистонов, проект ENCODE слайды

Структура гистонов в pymol. Знакомство с Encode.

5 06.02

ChIP-seq слайды

ДЗ-2 Модификации гистонов

5 13.02

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) слайды

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка

7 20.02

ChromHMM слайды

ДЗ-3 ChromHMM текст

9 27.02

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды

10 06.03

Введение в структуру хроматина слайды

higlass: слайды

12 13.03

3-dimensional genome слайды

Работа с данными HiC

13 20.03

3-dimensional genome (часть 2) слайды

Cooltools. Cooler

13 18.04

Chromatin structure: feature calling слайды

Chromatin structure: feature calling
14 25.04 Квиз Проект (введение)
15 15.05

Проект (выбор организмов и организация в группы)

-
16 22.05

Проект (вводные презентации групп)

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта

17 29.05

Проект (вводные презентации групп 2)

18 05.05

Предзащита проекта

19 19.05

Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.8 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 05.09

Введение в молекулярную биологию лекция

Создание аккаунтов на серверах инструкция

2 12.09

Методы секвенирования ДНК лекция

Введение в github и Google colab. Sra toolkit тетрадка
3 19.09

Сборка генома слайды

ДЗ1 Сборка генома текст

4 26.09

Алгоритмы предсказания генов слайды

Алгоритмы предсказания генов. Практика

5 03.10

Аннотация функций генов слайды

ДЗ2 Аннотация генома текст

6 10.10

Сдвиг рамки считывания слайды

Семинар

7 24.10

Геном человека и некодирующие РНК слайды

ДЗ3 Предсказание генов текст

8 31.10

Введение в РНК-сек слайды

Семинар о РНК-сек

Сессия
9 07.11

Анализ данных РНК-сек слайды

ДЗ4 РНК-сек слайды

11 14.11

Секвенирование отдельных клеток слайды

ДЗ5 single cell РНК-сек

12 21.11 Проверочная работа по теме РНК-сек Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек
13 28.11 GWAS GWAS
14 05.12 Метагеномика. Лекция ссылка Семинар
15 12.12 Заключение Заключение. Дописывание квиза.
16 19.12 Экзамен
Источник — https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2024/25&oldid=96364