Майнор Биоинформатика 2 год 2024/25: различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к навигации Перейти к поиску
← Предыдущая правка
 
(не показано 8 промежуточных версий этого же участника)
Строка 4: Строка 4:
  Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
  Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
  ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
  ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
   
  ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Строка 43: Строка 44:
|-
|-
| 5
| 5
|| 08.02
|| 06.02
||
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]  
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]  
||
||
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов  
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов  
|-
| 5
|| 13.02
||
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) [https://docs.google.com/presentation/d/15op2dKfqtb9QW1zTm9867EIXLxp6cbNP/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
| 7
|| 20.02
||
ChromHMM [https://docs.google.com/presentation/d/1BBCi6WUBEdUS_1vky6UKGiKtM6d2kFlS9UEvpPPsQgE/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-3''' ChromHMM [https://docs.google.com/document/d/1G5T6NO4f769bvVnoGs7kOHdPIbO5NLHj9clu4E-95YE/edit?usp=sharing текст]
|-
| 9
|| 27.02
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 10
|| 06.03
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/1bSrhcY8aKIYZWiHLTpBIUh74NtnFQZLg/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 13.03
||
3-dimensional genome [https://docs.google.com/presentation/d/1lMWd_4UpTBfWjrprgEY4krbwCmHB-KRu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Работа с данными HiC
|-
| 13
|| 20.03
||
3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/16mHjHIB287RwQO9NMBbMaFLVGTn_DCxl/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Cooltools. Cooler
|-
| 13
|| 18.04
||
Chromatin structure: feature calling [https://docs.google.com/presentation/d/1fFmed9Q88KJM7WPgSkGEyIJyyjCI4TVvm-Mb8j2yMrs/edit?usp=sharing слайды]
|| Chromatin structure: feature calling
|-
| 14
|| 25.04
|| Квиз
|| Проект (введение)
|-
| 15
|| 15.05
||
Проект (выбор организмов и организация в группы)
|| -
|-
| 16
|| 22.05
||
Проект (вводные презентации групп)
||
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта
|-
| 17
|| 29.05
||
Проект (вводные презентации групп 2)
||
|-
| 18
|| 05.05
||
Предзащита проекта
||
|-
| 19
|| 19.05
||
Экзамен
||
|-
|}
|}


Текущая версия от 11:44, 23 апреля 2026

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 09.01

Введение в эпигеномику слайды

Формат .bed и утилита bedtools тетрадка

2 16.01

Метилирование ДНК (введение) слайды

Анализ частоты CpG тетрадка

3 23.01

Методы определения метилирования ДНК слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК слайды

4 30.01

Модификации гистонов, проект ENCODE слайды

Структура гистонов в pymol. Знакомство с Encode.

5 06.02

ChIP-seq слайды

ДЗ-2 Модификации гистонов

5 13.02

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) слайды

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка

7 20.02

ChromHMM слайды

ДЗ-3 ChromHMM текст

9 27.02

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды

10 06.03

Введение в структуру хроматина слайды

higlass: слайды

12 13.03

3-dimensional genome слайды

Работа с данными HiC

13 20.03

3-dimensional genome (часть 2) слайды

Cooltools. Cooler

13 18.04

Chromatin structure: feature calling слайды

Chromatin structure: feature calling
14 25.04 Квиз Проект (введение)
15 15.05

Проект (выбор организмов и организация в группы)

-
16 22.05

Проект (вводные презентации групп)

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта

17 29.05

Проект (вводные презентации групп 2)

18 05.05

Предзащита проекта

19 19.05

Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.8 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 05.09

Введение в молекулярную биологию лекция

Создание аккаунтов на серверах инструкция

2 12.09

Методы секвенирования ДНК лекция

Введение в github и Google colab. Sra toolkit тетрадка
3 19.09

Сборка генома слайды

ДЗ1 Сборка генома текст

4 26.09

Алгоритмы предсказания генов слайды

Алгоритмы предсказания генов. Практика

5 03.10

Аннотация функций генов слайды

ДЗ2 Аннотация генома текст

6 10.10

Сдвиг рамки считывания слайды

Семинар

7 24.10

Геном человека и некодирующие РНК слайды

ДЗ3 Предсказание генов текст

8 31.10

Введение в РНК-сек слайды

Семинар о РНК-сек

Сессия
9 07.11

Анализ данных РНК-сек слайды

ДЗ4 РНК-сек слайды

11 14.11

Секвенирование отдельных клеток слайды

ДЗ5 single cell РНК-сек

12 21.11 Проверочная работа по теме РНК-сек Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек
13 28.11 GWAS GWAS
14 05.12 Метагеномика. Лекция ссылка Семинар
15 12.12 Заключение Заключение. Дописывание квиза.
16 19.12 Экзамен
Источник — https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2024/25&oldid=96364