Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26: различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к навигации Перейти к поиску
← Предыдущая правка
 
(не показано 28 промежуточных версий этого же участника)
Строка 1: Строка 1:
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==
=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.3*ДЗ  +  0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ  +  0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 22.01
||
Метагеномика часть 1 [https://docs.google.com/presentation/d/15bqSxOUCzDi5Vgq_UofqADtjy457HTTGN9OR_ORR_V0/edit?usp=sharing лекция]
||
Введение в R. [https://drive.google.com/file/d/1MhbDQrK5FaXYJyOsldHprGfLtj5kC_z8/view?usp=drive_link тетрадка]
|-
| 2
|| 29.01
||
Метагеномика часть 2. Abundance analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1uy5lNfQuFqkLTQyOwBQMJIRTc3rc-vFk5P-dyyKbxcI/edit?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1jeXafhrfkndBbi8GxLw_VFxdV6bnZ7SX/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 05.02
||
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation [https://drive.google.com/file/d/1LgblyiGbLogysm4zGPICl22KviMPjIMi/view?usp=sharing лекция]
||
Практика в R. [https://drive.google.com/file/d/1nrMtoaWEql2YKA7G6IhxfiJA3hZPTPqZ/view?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 12.02
||
Метагеномика часть 4. 
||
Практика в R.
|-
| 5
|| 19.02
||
Введение в эпигеномику  [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка] [https://drive.google.com/file/d/1V014Yq3Xs9i2r8ho12WD20Ah6yQlCYi9/view?usp=sharing R]
|-
| 6
|| 26.02
||
Метилирование ДНК  [https://docs.google.com/presentation/d/1EWJ9WSOz1xbmrg9_UUoG5QY43meGW2Zs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Нуклеотидный состав генома и CpG островки.
|-
| 7
|| 05.03
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК  [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://docs.google.com/document/d/1-eXhM63qlxLYeKZJkENXN2JLskTMEqPuhkyXeOX9Yng/edit?usp=sharing текст ДЗ]
|-
| 8
|| 12.03
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Знакомство с Encode.
|-
| 9
|| 19.03
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Модификации гистонов
|-
| 10
|| 02.04
||
Доступность хроматина ATAC-seq [https://docs.google.com/presentation/d/14dSAplW1GagGivLffZIwwmI_Q6fLVksX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
| 11
|| 16.04
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/1bSrhcY8aKIYZWiHLTpBIUh74NtnFQZLg/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 23.04
||
3-dimensional genome [https://docs.google.com/presentation/d/1lMWd_4UpTBfWjrprgEY4krbwCmHB-KRu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Работа с данными HiC [https://colab.research.google.com/drive/1CKbmnzVapuBoXxkFTrqrfS-qFP8h1hyU?usp=sharing тетрадка]
|-
| 13
|| 30.04
||
3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/1BaWkYfWFGTuYcGahDBtsxFvXrfuxNoCV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Cooltools. Cooler
|-
| 14
|| 14.05
|| Секвенирование отдельных клеток в эпигеномике. Мультиомика. [https://docs.google.com/presentation/d/12Ax-fB7VLmU-sI4O6sYV2yHgCCFydft0/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация]
|| Проект (введение)
|-
|}
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==


=== Формула расчет оценки ===
=== Формула расчет оценки ===
  Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.8 )
  Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Строка 18: Строка 136:
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
|-
|
| 2
|| 11.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 18.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
FastQC, MultiQC, cборка генома
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 
||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
InterPro. PFam. HMMER.
|-
| 6
|| 9.10
||
Сдвиг рамки считывания
||
Семинар
|-
| 7
|| 16.10
||
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Infernal, tRNAscan
|-
| 8
|| 23.10
||
Введение в РНК-сек  [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Введение в R, Deseq2
|-
| 9
|| 06.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
|-
| 10
|| 13.11
||
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 27.11
||
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 06.11
||
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ34''' scРНК-сек
|-

Текущая версия от 18:45, 20 мая 2026

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.3*ДЗ  +  0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ - средняя за ДЗ
КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ 
Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле:
Накоп = Округление((0.3*ДЗ  +  0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10)
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 22.01

Метагеномика часть 1 лекция

Введение в R. тетрадка

2 29.01

Метагеномика часть 2. Abundance analysis лекция

Практика в R. тетрадка

3 05.02

Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation лекция

Практика в R. тетрадка

4 12.02

Метагеномика часть 4.

Практика в R.

5 19.02

Введение в эпигеномику слайды

Формат .bed и утилита bedtools тетрадка R

6 26.02

Метилирование ДНК слайды

Нуклеотидный состав генома и CpG островки.

7 05.03

Методы определения метилирования ДНК слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК слайды текст ДЗ

8 12.03

Модификации гистонов, проект ENCODE слайды

Знакомство с Encode.

9 19.03

ChIP-seq слайды 

Модификации гистонов
10 02.04

Доступность хроматина ATAC-seq слайды

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка

11 16.04

Введение в структуру хроматина слайды

higlass: слайды

12 23.04

3-dimensional genome слайды

Работа с данными HiC тетрадка

13 30.04

3-dimensional genome (часть 2) слайды

Cooltools. Cooler

14 14.05 Секвенирование отдельных клеток в эпигеномике. Мультиомика. презентация Проект (введение)

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 04.09

Введение в молекулярную биологию лекция

Создание аккаунтов на серверах инструкция

2 11.09

Методы секвенирования ДНК лекция

Введение в github и Google colab. Sra toolkit тетрадка
3 18.09

Сборка генома слайды

FastQC, MultiQC, cборка генома

4 26.09

Алгоритмы предсказания генов слайды

Алгоритмы предсказания генов. Практика

5 03.10

Аннотация функций генов. Домены. слайды

InterPro. PFam. HMMER.

6 9.10

Сдвиг рамки считывания

Семинар

7 16.10

Некодирующие РНК слайды

Infernal, tRNAscan

8 23.10

Введение в РНК-сек слайды

Введение в R, Deseq2

9 06.11

Анализ данных РНК-сек слайды

ДЗ3 РНК-сек. scRNA-seq QC тетрадка

10 13.11

Анализ данных РНК-сек часть 2 слайды

Семинар тетрадка

9 27.11

Определение типа клеток. слайды

Семинар тетрадка

9 06.11

Остальные виды анализа данных РНК-сек слайды

ДЗ34 scРНК-сек

Источник — https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2025/26&oldid=96607