Майнор Биоинформатика 2 год 2023/24: различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к навигации Перейти к поиску
← Предыдущая правкаСледующая правка →
Строка 59: Строка 59:
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
|-
|  
| 7
|| 22.02
|| 22.02
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.  
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.  
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
|-
|-
| 7
| 8
|| 29.02
|| 29.02
||
||
Строка 71: Строка 71:
'''ДЗ-3''' ChromHMM  
'''ДЗ-3''' ChromHMM  
|-
|-
| 8
| 9
|| 07.03
|| 07.03
||
||
Строка 79: Строка 79:
Виртуальные окружения и VS Code  
Виртуальные окружения и VS Code  
|-
|-
| 9
| 10
|| 14.03
|| 14.03
||
||
Строка 86: Строка 86:
higlass:  
higlass:  
|-
|-
| 10
| 11
|| 21.04
|| 21.04
||
||
Строка 93: Строка 93:
Работа с данными HiC  
Работа с данными HiC  
|-
|-
| 11
| 12
|| 04.04
|| 04.04
||
||
Строка 100: Строка 100:
Cooltools. Cooler
Cooltools. Cooler
|-
|-
| 12
| 13
|| 11.04
|| 11.04
||
||
Строка 106: Строка 106:
|| Квиз
|| Квиз
|-
|-
| 13
| 14
|| 18.04
|| 18.04
||
||
Строка 112: Строка 112:
|| -
|| -
|-
|-
| 14
| 15
|| 25.04
|| 25.04
||
||
Строка 118: Строка 118:
|| -
|| -
|-
|-
| 15
| 16
|| 16.05
|| 16.05
||
||
Строка 125: Строка 125:
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта  
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта  
|-
|-
| 16
| 17
|| 23.05
|| 23.05
||
||
Строка 132: Строка 132:
Проект (групповая часть)  
Проект (групповая часть)  
|-
|-
| 17
| 18
|| 30.05
|| 30.05
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами  
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами  
|-
|-
| 18
| 19
|| 06.06
|| 06.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен

Версия от 07:45, 22 февраля 2024

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале


Примерный план занятий

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 11.01

Введение в эпигеномику видео слайды

Формат .bed и утилита bedtools тетрадка

2 18.01

Метилирование ДНК (введение) видео слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК текст слайды

3 25.01

Методы определения метилирования ДНК слайды видео

Анализ частоты CpG тетрадка

4 01.02

Модификации гистонов, проект ENCODE слайды видео

ДЗ-2 Модификации гистонов текст

5 08.02

ChIP-seq слайды видео

NSG-plot

6 15.02

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка

7 22.02 miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы. miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
8 29.02

ChromHMM

ДЗ-3 ChromHMM

9 07.03

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика

Виртуальные окружения и VS Code

10 14.03

Введение в структуру хроматина

higlass:

11 21.04

3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis)

Работа с данными HiC

12 04.04

3-dimensional genome (часть 2)

Cooltools. Cooler

13 11.04

Chromatin structure: feature calling

Квиз
14 18.04

Проект (введение)

-
15 25.04

Проект (выбор белков и организация в группы)

-
16 16.05

Проект (вводные презентации групп)

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта

17 23.05

Проект (вводные презентации групп 2)

Проект (групповая часть)

18 30.05 Защита проектов группами
19 06.06 Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 07.09

Введение в молекулярную биологию презентация видео

Создание аккаунтов на серверах инструкция

2 14.09

Методы секвенирования ДНК слайды видео

Введение в github и Google colab команды с занятия
3 21.09

Сборка генома слайды видео

ДЗ1 Сборка генома текст

4 28.09

Алгоритмы предсказания генов слайдывидео

Алгоритмы предсказания генов. Практика

5 05.10

Аннотация функций генов видео слайды

ДЗ2 Аннотация генома

6 12.10

Сдвиг рамки считывания слайды видео

Семинар тетрадка

7 19.10

Геном человека и некодирующие РНК видео слайды

ДЗ3 Предсказание генов текст

Сессия
8 02.11

Введение в РНК-сек видео слайды

ДЗ4 РНК-сек текст

9 09.11

Анализ данных РНК-сек слайды видео

Анализ данных РНК-сек

11 16.11

Секвенирование отдельных клеток видео слайды

ДЗ5 single cell РНК-сек текст

12 23.11 Проверочная работа по теме РНК-сек Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек видео
13 30.11 GWAS видео слайды GWAS видео слайды
14 07.12 Метагеномика. Лекция ссылка Семинар
15 14.12 Заключение Заключение. Дописывание квиза.
16 21.12 Экзамен
Источник — https://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2023/24&oldid=83811