Майнор Биоинформатика 2 год 2021/22

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Страница курса

Видео всех лекций и семинаров

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Страница курса

Видео всех лекций и семинаров

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4  +  0.5*ПРОЕКТ)
Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э.
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

ПРОЕКТ

• Инструкции для выполнения проекта (индивидуальная часть)
  • Вопросы по индивидуальной части проекта -- Мурад Омаров
• Инструкции для выполнения проекта (групповая часть)
  • Вопросы по групповой части проекта -- Елена Зеленова

Домашние задания

• Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК
  • Вопросы по ДЗ и его проверке -- Мурад Омаров
• Домашнее задание 2 - Модификации гистонов
  • Вопросы по ДЗ и его проверке -- Марк Гарницкий
• Домашнее задание 3 - ChromHMM
  • Вопросы по ДЗ и его проверке -- Елена Зеленова
• Домашнее задание 4 - single-cell RNA-seq
  • Вопросы по ДЗ и его проверке -- Марк Гарницкий

Лекции и семинары

• Занятие 1:
  • Видео лекции и семинара
  • Лекция Введение в эпигеномику: слайды
  • Семинар Формат .bed и утилита bedtools: слайды | Google Colab ноутбук
• Занятие 2:
  • Видео лекции и семинара
  • Лекция Метилирование ДНК (введение): слайды
  • Семинар Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1, Мурад Омаров)
• Занятие 3:
  • Видео лекции и семинара
  • Лекция Методы определения метилирования ДНК: слайды
  • Семинар Анализ частоты CpG: Google colab
• Занятие 4:
  • Видео лекции и семинара
  • Лекция Модификации гистонов (введение), проект ENCODE: слайды
  • Семинар Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)
• Занятие 5:
  • Видео лекции и семинара
  • Лекция Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных: слайды
  • Семинар NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2, Марк Гарницкий)
• Занятие 6:
  • Видео лекции
  • Лекция Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq): слайды
• Занятие 7:
  • Видео лекции и семинара
  • Лекция ChromHMM: слайды
  • Семинар ChromHMM (домашнее задание № 3, Елена Зеленова)
  • Дополнительная информацию по алгоритму ChromHMM:
    • Оригинальная статья: Ernst and Kellis, 2010 (доп. материалы)
    • Manual, Tutorial
    • Запись лекции автора ChromHMM Манолиса Келлиса из MIT
• Занятие 8:
  • Видео лекции
  • Лекция Одноклеточное секвенирование - scRNA-seq: слайды
• Занятие 9:
  • Видео лекции
  • Лекция Одноклеточное секвенирование - эпигеномика: слайды
• Занятие 10:
  • Видео лекции
  • Лекция Филогенетика: слайды
• Занятие 11:
  • Видео лекции и семинара
  • Лекция Генетическая инженерия 1 -- введение: слайды
• Занятие 12:
  • Видео лекции и семинара
  • Лекция Генетическая инженерия 2 -- CRISPR
  • Семинар single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4)
• Занятие 13:
  • Видео лекции и семинара
  • Лекция Генетическая инженерия 3 -- CRISPR
  • Семинар Работа в лаборатории
• Занятие 14:
  • Видео лекции и семинара
  • Лекция Генетическая инженерия 4 -- стволовые клетки
  • Семинар single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4 - обсуждение)
• Занятие 15:
  • Видео лекции и семинара
  • Лекция Вторичные структуры ДНК: слайды
  • Семинар Проект - введение
• Занятие 16:
  • Лекция In Silico Medicine: Видео
  • Семинар Проект (индивидуальная часть): Видео
• Занятие 17:
  • Лекция MS Decisions:
  • Семинар Проект (индивидуальная часть): Видео
• Занятие 18:
  • Лекция Алан Герберт (Z-DNA): Видео
  • Семинар Проект (групповая часть): Видео
• Занятие 19:
  • Защиты проекта группами: Видео